簡單地說，就是到稅務局辦稅大廳綜合窗口去開具稅票，然後稅務局系統通過稅銀協議把稅款劃轉到國庫。
但在實際操作中有不同的方法：
這種情況下，稅務局對你的檢查已經結束並且形成了最後的處理決定，多數情況下你只有服從的份了。就是要在稅務處理決定書上要求的期限前，按照稅務局的處理決定上載明的稅款和罰款，到辦稅大廳補繳稅款，當然，還要按稅款形成月份按日加收萬分之五的滯納金。
如果你對稅務局的處理決定有異議，準備行政複議或行政訴訟，按照稅收徵管法的規定，不能直接提起行政複議或行政訴訟，要先
把稅務局的處理決定書上載明的稅款和罰款繳納完畢才能提出行政複議或行政訴訟
如果你對稅務局的處理決定有異議，準備行政複議或行政訴訟，按照稅收徵管法的規定，不能直接提起行政複議或行政訴訟，要先把稅務局的處理決定書上載明的稅款和罰款繳納完畢才能提出行政複議或行政訴訟。
如果你對稅務局的處理決定有異議，準備行政複議或行政訴訟，按照稅收徵管法的規定，不能直接提起行政複議或行政訴訟，要先把稅務局的處理決定書上載明的稅款和罰款繳納完畢才能提出行政複議或行政訴訟。
也就是說，稅務檢查人員已經查出了你的問題，你也沒有異議，為了表明自己的態度，減少後續的損失，提前主動去補繳稅款。這時候，就需要你自行填寫好納稅申報表，自行到辦稅大廳去繳納稅款。不過要注意，填寫納稅申報表時要按稅種、按稅款發生的月份分別填寫，不能籠統地填寫在一起。比如稅務局初步查實你少繳稅款10萬元，其中增值稅是某年1月份1萬元，2月份1萬元，5月份3萬元，企業所得稅某年5萬元。你就需要分別填寫3張增值稅申報表和1張企業所得稅申報表，蓋章後帶著到辦稅廳去補交稅款，當然滯納金都少不了，稅務局系統會自動計算加收。
也就是說，稅務檢查人員已經查出了你的問題，你也沒有異議，為了表明自己的態度，減少後續的損失，提前主動去補繳稅款。這時候，就需要你自行填寫好納稅申報表，自行到辦稅大廳去繳納稅款。不過要注意，填寫納稅申報表時要按稅種、按稅款發生的月份分別填寫，不能籠統地填寫在一起。比如稅務局初步查實你少繳稅款10萬元，其中增值稅是某年1月份1萬元，2月份1萬元，5月份3萬元，企業所得稅某年5萬元。你就需要分別填寫3張增值稅申報表和1張企業所得稅申報表，蓋章後帶著到辦稅廳去補交稅款，當然滯納金都少不了，稅務局系統會自動計算加收。
也就是說，稅務檢查人員已經查出了你的問題，你也沒有異議，為了表明自己的態度，減少後續的損失，提前主動去補繳稅款。這時候，就需要你自行填寫好納稅申報表，自行到辦稅大廳去繳納稅款。不過要注意，填寫納稅申報表時要按稅種、按稅款發生的月份分別填寫，不能籠統地填寫在一起。比如稅務局初步查實你少繳稅款10萬元，其中增值稅是某年1月份1萬元，2月份1萬元，5月份3萬元，企業所得稅某年5萬元。你就需要分別填寫3張增值稅申報表和1張企業所得稅申報表，蓋章後帶著到辦稅廳去補交稅款，當然滯納金都少不了，稅務局系統會自動計算加收。
這種做法有個好處，就是可以減少滯納金的繳納，因為稅務檢查程序是比較長的，經常光檢查環節就2-3個月，有時候檢查結束了，內部的審理程序也可能會拖好幾個月，所以如果沒有異議的話，如果在稅務處理決定書下發之前繳納，一是可以減少滯納金的繳納，畢竟滯納金是按日加收萬分之五，三個月就將近5%的稅款，金額還是很大的。二是表明積極配合的態度，稅務局在加收罰款時會考慮到你積極配合的因素，有可能會按照0.5倍的底限來加收罰款。
補交稅款的程序很簡單，但操作方法不一樣，產生的後果也不一樣。在被查實之後 ，還是希望能主動去補交稅款，爭取寬大處理。
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