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华西协合大学博物馆是中国近代最早成立的博物馆之一，在中国近代博物馆史上占据重要地位。据黄思礼《华西协合大学》一书记载，建校之际，华西协合大学博物馆就开始筹建,是西方基督教会在西南地区最早建立的博物馆之一。华西协合大学博物馆包括考古、自然科学、医牙３个博物馆，考古学博物馆位于图书馆内，自然历史博物馆位于嘉德堂，医牙博物馆位于医牙学院大楼内。
自然博物馆及博物馆收藏品——周虎镦
考古学博物馆建馆之初，因经费有限而进展迟缓，标本多为戴谦和所采集，或为热心人士所捐赠，尤其得到美国圣经公会的陶然士和叶长青两位藏学研究专家的支持。
博物馆收藏始于1909年收集的一座校钟，1930年，得到美国哈佛燕京学社的资金援助，馆藏渐渐丰富起来，至1931年，馆内已有标本6000余件，悉数储藏陈列于华西协合大学赫斐院，即医牙楼中。1932年，华西协合大学博物馆正式成立，美国哈佛燕京学社派葛维汉接任馆长。葛维汉才学兼长，精于研究，在他的主持下，华西协合大学考古学大放异彩，博物馆也得到前所未有的发展。
华西协合大学博物馆的定位是，在成为文物收藏中心的同时，要加强藏品的科学研究，编撰刊物、著作，加强学术交流活动。自1929年始，博物馆主持编辑、出版、发行大型世界性学术刊物《华西边疆研究学会杂志》，至今仍是世界各国研究我国西南地区人类学、民族学、考古学、地质学、古生物学、动植物分类学等学科的学者必须参考、引证的重要文献。博物馆同时还将馆藏特色文物进行陈列展览，以供外界人士欣赏和研究。1936年，馆藏文物达15885件，主要包括民族文物、川藏交界地带的新旧石器。其中，清代服装及刺绣700余件，鼻烟壶约400件，瓷器约1000件，还有铜器、玉器、古钱币、汉俑、清代珠翠及装饰品等。《成都国民日报》所载《参观华大博物馆》一文盛赞该馆：“收藏珍贵之历史遗物甚多，永为西南最完善之博物馆”。
1937年抗日战争爆发后，金陵大学、金陵女子文理学院、齐鲁大学等高校、学术机构迁往成都，来蓉的学者、教员和学生们成为华西协合大学博物馆的主要参观人员。徐中枢、顾颉刚、商承祚、蒙文通、马寅初、朱光潜等知名学者都曾来馆参观，并对博物馆文物考古工作提出了很多意见和建议。当时国民党政府要员也前往参观，蒋介石、宋庆龄、刘湘、张群等均是博物馆的客人。
1941年，被誉为“四川考古学之父”的郑德坤任华西协合大学博物馆第二任馆长。郑德坤在任时期对博物馆极为看重，他指出：“华大博物馆地处古蜀国首都，居川省之中心，在考古学上为未开发之原野，千百原始文化遗址，尚无人问津，其能成为人类学研究中心，当可无疑。”郑德坤先后主持了4次四川的考古发掘，还进行了若干次外出考察，收集了大量的文物标本，并对成都西北部一些制陶场进行了深度研究，后组织整理、陈列，完成了博物馆馆藏目录工作。
至1947年，馆藏文物上起史前石器，下迄明清金石书画，应有尽有。边民民族极为丰富，包括羌族、彝族以及摩西、摆夷、开钦等民族器物，被誉为“世界各博物馆之冠”。博物馆不定期推出特别展览，如1942年灯影展、1944年古玉展、1945年佛教雕刻展和藏画展、1946年陶瓷展、1947年古代名纸以及英国刻画展、美国建筑展等，一定程度上满足了成都市民的文化需求。研究方面，有林名均、宋蜀青、宋蜀华、苏立文、梁钊韬等学者，并聘有四川省博物馆馆长冯汉骥，华西协合大学中国文化研究所主任闻宥，著名探险家、民族学家庄学本等作顾问。
郑德坤把博物馆建成了一个教育和收藏中心，不仅本地人常来参观，“来自外省及国外之人士，达官要员，国际名士，友邦空军，来此一游者颇多”，博物馆也被誉为成都当时的“重要名胜之一”。
当时任教于华西协合大学的著名藏学专家李安宅曾高度评价华西协合大学“其自然史和民俗考古两博物馆庋藏之富，地域之宜，亦无过之者”。
解放战争期间，华西协合大学博物馆曾九易馆长。1951年，中国文化研究所所长闻宥担任馆长。闻宥积极推进馆务，着手清点标本，趁民间大批古物出现市面，购入大量珍贵文物，并努力筹划出刊《华西文物》，鼓励全馆同仁从事研究。至1951年底，博物馆藏品达35000余件。
1952年全国高等院校院系调整，博物馆大部分藏品拨归四川大学，并更名为四川大学历史博物馆。郭沫若、启功、李政道等知名学者和专家来馆参观、交流及进行藏品鉴定工作，全国各省市及各地高校来馆参观调研数不胜数。至20世纪50年代末，四川大学历史博物馆文物收藏超过3万件，期间，华西协合大学自然历史博物馆并入四川大学，成为后来的四川大学自然博物馆。医牙博物馆则得以保留，成为后来的中国口腔医学博物馆。
20世纪60年代中期，四川大学历史博物馆划归给历史系代管，更名为四川大学历史系博物馆。1984年，博物馆命名为四川大学博物馆，著名考古学家童恩正教授出任馆长。自此，四川大学博物馆进入了一个新的发展时期。馆址位于四川大学文史楼，藏品已达4万余件，由教育部拨款改造了民族学、民俗学、葬俗艺术、书画、石刻艺术、教学参考等6个陈列室。新陈列室突破了传统的通史陈列方式，以艺术化的复原式陈列，使展品的艺术性、科学性得到展现，新颖独特的展览吸引了校内外师生以及社会民众踊跃参观。四川大学博物馆成为当时来川访问、交流和学习的国内人士的一个重要文化交流平台。
四川大学博物馆服饰艺术展厅
1992年，博物馆从四川大学文史楼迁至东区荷花池畔老图书馆楼。2005年，四川大学博物馆新馆建成，新馆坐落在风景秀丽的锦江河畔，与望江楼公园为邻，总建筑面积达14000平方米，其中展区面积近8000平方米。新馆在吸纳原馆展示风格的基础上，推陈出新，充分运用现代声、光、电等多种辅助手法营造气氛，开辟出考古学陈列、石刻艺术陈列、民俗学陈列、民族学陈列、古代瓷器艺术、古代服饰艺术、书画艺术等７个特色馆、厅，共展出文物近2000件。在展馆设置和展品选择上，新馆更注重再现四川大学博物馆作为西南民族民俗文化收藏和研究中心的特点，面向全社会开放，发挥博物馆作为爱国主义教育基地和科普教育基地的作用。
百年铸名馆，世纪藏珍品。从前身华西协合大学博物馆时期开始，四川大学博物馆就不只是一个单纯的文物收藏机构，还是西南地区考古、艺术和人类学研究的中心。经过几代学者的不懈努力，今天的四川大学博物馆，包括人文博物馆、自然博物馆、口腔医学博物馆，已成为全国高等院校中最重要的综合性博物馆之一，在文物收藏、陈列展览、学术研究、对外交流合作等方面均取得了令人瞩目的成就，焕发着前所未有的蓬勃生机。
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