洪武五年（1372年）朱元璋的派徐達為主帥的第二次北伐，雖然可謂是深入兩千餘里的歷史壯舉，然而此役不但損耗了大量的財力、物力，也折損了數萬大明的精銳之師，這讓朱元璋有了一個解不開的心結，抱憾終身。
正三十年（1370年，洪武三年）四月二十八日，元昭宗愛猷識理達臘繼承皇位，他一直說是痛定思痛，力圖恢復中原，中興元朝。所以他改年號為“宣光”，取杜甫《北征》詩中“周漢獲再興，宣光果明哲”之意，希望成為周宣王、漢光武帝那樣中興國家的君主。
元昭宗不計前嫌，重用在定西沈兒峪打了敗仗的擴廓帖木兒，拜他為都總兵、河南王、中書右丞相，並起用哈剌章、蠻子等人，大有振作之勢。當時，北元的領土除了漠北以外，還保有河西走廊、遼東、雲南等地，勢力還是相當強大的。明朝廷積極防禦的同時，朱元璋也不斷向殘元方面釋放善意。洪武四年九月，朱元璋給二兒子、秦王朱樉娶了王保保的妹妹做王妃，意圖再明顯不過，就是希望改善與殘元的關係。
洪武三年（1370年），明太祖朱元璋派徐達為徵虜大將軍，西征王保保，意圖清除西北隱患。雙方在沈兒峪口（今甘肅定西縣北）對峙交戰，王保保大敗，從皇城逃回到漠北哈拉和林。至此，王保保原來所控制的陝西、甘肅一帶，皆被明軍佔領。從此以後，王保保再也沒有機會回到中原。王保保的家屬在這一戰中都被明軍俘虜，妻子、妹妹被俘，包括他尚在襁褓中的最小的兒子。為了籠絡北元勢力，明太祖朱元璋對這些俘虜善加優待，還把王保保的妹妹王氏選做了秦王妃（秦王朱樉）。然而王保保並不吃這一套，拒不投降。
後來王保保死了，朱元璋徹底斷了招降的念頭，也就不把王氏當回事了，另為朱樉選立了一個次妃鄧氏，即明王朝開國功臣之一鄧愈的女兒。然而鄧氏的孃家也未能善保始終，鄧氏的大哥鄧鎮娶了另一位開國功勳李善長的外孫女為妻。洪武二十三年，李善長被定為大逆罪誅殺，鄧鎮也被牽連其中丟了性命。朱元璋對朱樉這個兒子也日益不滿，朱樉死後得了父親一個帶貶義的“愍”為諡號還不算，朱元璋就連頒諡詔書都沒忘了訓斥死兒子“不良於德”。孃家夫家一直如此，王氏鄧氏這兩個女人除了死，也再沒有第二條路可走了。這是後話暫且不說。
我們接著說明太祖朱元璋在洪武五年（1372年）正月派徐達、李文忠、馮勝三道出師，討伐北元，欲“永清沙漠”。擴廓帖木兒先是佯敗，誘敵深入，大破明軍，中路徐達部陣亡數萬人，東路李文忠部在漠北雖未像徐達那樣完敗，但也損失慘重，撤兵而還，只有西路馮勝、傅友德部連戰連捷，佔領北元的甘肅全境。這次戰爭挫敗了明軍進攻的銳氣，保住了元王朝的一線命脈，也算是元昭宗領導下的一個重大成就。嶺北之戰雖然作戰失利了，但朱元璋“以達功大”，所以沒有問罪；李文忠則得不償失，“以故賞不行”；馮勝雖小有戰果，但他不僅私藏繳獲的駱駝等，還私棄甘州、寧夏、西涼、莊浪四城，最終竟被追奪券誥爵祿，“貶為庶人，錄其家財”，後來才又重新復職。
洪武五年明軍北征，遭受重大挫敗，使朱元璋和他的大將們清醒認識到殘元的實力，單純依靠明軍的武力，無法根除來自對方的威脅，必須做出新的嘗試。
洪武六年（1373年）初，朱元璋再一次任命徐達為徵虜大將軍，李文忠、馮勝、鄧愈、湯和四人為副將，但這一次不是讓他們率軍北征，而是分別在山西、北平練兵防禦。而這一年，王保保分別派兵攻打雁門關和大同，徐達派兵迎擊，雙方沒有更大規模的交戰。此後多年，雙方交戰不多。洪武六年（1373年）六月，朱元璋使用他一貫的手法，派元軍的降將盧道興充當使者，前去招降殘元的太尉伯顏不花，結果被王保保的弟弟脫因帖木兒殺死。
洪武七年，朱元璋又派李思齊去招降王保保。李思齊原來也是元將。當元末紅巾軍起義爆發的時候，李思齊和察罕帖木兒一起組織軍隊，對抗農民起義軍。可以說，他們兩人是對抗農軍起義軍的最重要的兩支力量。後來，察罕帖木兒被降軍暗害，他的養子王保保繼承了他的軍隊。王保保因為戰功，元朝讓他總領天下軍馬，於是王保保就發檄文，調動李思齊的兵馬。李思齊不聽他調度，大怒道：“我與汝父同鄉裡，汝父進酒猶三拜，然後飲。汝於我前無立地，今敢公然調我耶！
李思齊不聽調度，也不僅僅是擺老資格。更重要的是，元末的朝廷其實也和明末朝廷差不多，朝臣們互相勾心鬥角，藩將們也互相勾心鬥角。甚至可以說，元末的朝廷比明末的朝廷更嚴重，因為皇帝（元順帝）和太子（愛猷識理答臘）也在勾心鬥角。皇后（奇皇后）想和太子聯合起來，推翻皇帝。因此，李思齊不聽王保保的，也是為了自身的利益。但因為這件事，兩人開始結怨。
後來兩人的矛盾越積越深，藩將張良弼、脫烈伯、孔興等人，推李思齊為盟主，共同對抗王保保。同時，朝廷裡皇太子又出來當和事佬，以關中為界限，李思齊負責關中以西，王保保負責關中以東。但李思齊因為是皇帝一派，不是太子一派，所以不聽太子的安排。接著元順帝又因為王保保是太子一派，讓李思齊攻打王保保。可以說，整個元廷打成一片。
如果元廷要是團結的話，在朱元璋和陳友諒大戰的時候，元朝便可趁機消滅農民軍。可惜不團結，讓朱元璋打敗了陳友諒，最後從容北上，收拾元朝。也就在這個過程中，李思齊打敗後，投降了朱元璋。
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