洪武五年（1372年）朱元璋的派徐达为主帅的第二次北伐，虽然可谓是深入两千余里的历史壮举，然而此役不但损耗了大量的财力、物力，也折损了数万大明的精锐之师，这让朱元璋有了一个解不开的心结，抱憾终身。
正三十年（1370年，洪武三年）四月二十八日，元昭宗爱猷识理达腊继承皇位，他一直说是痛定思痛，力图恢复中原，中兴元朝。所以他改年号为“宣光”，取杜甫《北征》诗中“周汉获再兴，宣光果明哲”之意，希望成为周宣王、汉光武帝那样中兴国家的君主。
元昭宗不计前嫌，重用在定西沈儿峪打了败仗的扩廓帖木儿，拜他为都总兵、河南王、中书右丞相，并起用哈剌章、蛮子等人，大有振作之势。当时，北元的领土除了漠北以外，还保有河西走廊、辽东、云南等地，势力还是相当强大的。明朝廷积极防御的同时，朱元璋也不断向残元方面释放善意。洪武四年九月，朱元璋给二儿子、秦王朱樉娶了王保保的妹妹做王妃，意图再明显不过，就是希望改善与残元的关系。
洪武三年（1370年），明太祖朱元璋派徐达为征虏大将军，西征王保保，意图清除西北隐患。双方在沈儿峪口（今甘肃定西县北）对峙交战，王保保大败，从皇城逃回到漠北哈拉和林。至此，王保保原来所控制的陕西、甘肃一带，皆被明军占领。从此以后，王保保再也没有机会回到中原。王保保的家属在这一战中都被明军俘虏，妻子、妹妹被俘，包括他尚在襁褓中的最小的儿子。为了笼络北元势力，明太祖朱元璋对这些俘虏善加优待，还把王保保的妹妹王氏选做了秦王妃（秦王朱樉）。然而王保保并不吃这一套，拒不投降。
后来王保保死了，朱元璋彻底断了招降的念头，也就不把王氏当回事了，另为朱樉选立了一个次妃邓氏，即明王朝开国功臣之一邓愈的女儿。然而邓氏的娘家也未能善保始终，邓氏的大哥邓镇娶了另一位开国功勋李善长的外孙女为妻。洪武二十三年，李善长被定为大逆罪诛杀，邓镇也被牵连其中丢了性命。朱元璋对朱樉这个儿子也日益不满，朱樉死后得了父亲一个带贬义的“愍”为谥号还不算，朱元璋就连颁谥诏书都没忘了训斥死儿子“不良于德”。娘家夫家一直如此，王氏邓氏这两个女人除了死，也再没有第二条路可走了。这是后话暂且不说。
我们接着说明太祖朱元璋在洪武五年（1372年）正月派徐达、李文忠、冯胜三道出师，讨伐北元，欲“永清沙漠”。扩廓帖木儿先是佯败，诱敌深入，大破明军，中路徐达部阵亡数万人，东路李文忠部在漠北虽未像徐达那样完败，但也损失惨重，撤兵而还，只有西路冯胜、傅友德部连战连捷，占领北元的甘肃全境。这次战争挫败了明军进攻的锐气，保住了元王朝的一线命脉，也算是元昭宗领导下的一个重大成就。岭北之战虽然作战失利了，但朱元璋“以达功大”，所以没有问罪；李文忠则得不偿失，“以故赏不行”；冯胜虽小有战果，但他不仅私藏缴获的骆驼等，还私弃甘州、宁夏、西凉、庄浪四城，最终竟被追夺券诰爵禄，“贬为庶人，录其家财”，后来才又重新复职。
洪武五年明军北征，遭受重大挫败，使朱元璋和他的大将们清醒认识到残元的实力，单纯依靠明军的武力，无法根除来自对方的威胁，必须做出新的尝试。
洪武六年（1373年）初，朱元璋再一次任命徐达为征虏大将军，李文忠、冯胜、邓愈、汤和四人为副将，但这一次不是让他们率军北征，而是分别在山西、北平练兵防御。而这一年，王保保分别派兵攻打雁门关和大同，徐达派兵迎击，双方没有更大规模的交战。此后多年，双方交战不多。洪武六年（1373年）六月，朱元璋使用他一贯的手法，派元军的降将卢道兴充当使者，前去招降残元的太尉伯颜不花，结果被王保保的弟弟脱因帖木儿杀死。
洪武七年，朱元璋又派李思齐去招降王保保。李思齐原来也是元将。当元末红巾军起义爆发的时候，李思齐和察罕帖木儿一起组织军队，对抗农民起义军。可以说，他们两人是对抗农军起义军的最重要的两支力量。后来，察罕帖木儿被降军暗害，他的养子王保保继承了他的军队。王保保因为战功，元朝让他总领天下军马，于是王保保就发檄文，调动李思齐的兵马。李思齐不听他调度，大怒道：“我与汝父同乡里，汝父进酒犹三拜，然后饮。汝于我前无立地，今敢公然调我耶！
李思齐不听调度，也不仅仅是摆老资格。更重要的是，元末的朝廷其实也和明末朝廷差不多，朝臣们互相勾心斗角，藩将们也互相勾心斗角。甚至可以说，元末的朝廷比明末的朝廷更严重，因为皇帝（元顺帝）和太子（爱猷识理答腊）也在勾心斗角。皇后（奇皇后）想和太子联合起来，推翻皇帝。因此，李思齐不听王保保的，也是为了自身的利益。但因为这件事，两人开始结怨。
后来两人的矛盾越积越深，藩将张良弼、脱烈伯、孔兴等人，推李思齐为盟主，共同对抗王保保。同时，朝廷里皇太子又出来当和事佬，以关中为界限，李思齐负责关中以西，王保保负责关中以东。但李思齐因为是皇帝一派，不是太子一派，所以不听太子的安排。接着元顺帝又因为王保保是太子一派，让李思齐攻打王保保。可以说，整个元廷打成一片。
如果元廷要是团结的话，在朱元璋和陈友谅大战的时候，元朝便可趁机消灭农民军。可惜不团结，让朱元璋打败了陈友谅，最后从容北上，收拾元朝。也就在这个过程中，李思齐打败后，投降了朱元璋。
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