1912年1月1日孫中山出任中華民國臨時大總統。同時發佈《臨時大總統宣言書)和《告全國同胞書》。宣言畢，即接受大總統印，並由秘書長將其蓋於宣言等文件上。之後，孫中山下令定國號為“中華民國”，同時改用陽曆。
1月2日，孫中山通電各省改歷,並以1912年1月1日作為中華民國建元的開始。
1月3日，代表團依臨時政府組織大綱舉行副總統選舉會,黎元洪以17票當選。孫中山出席會議，並提出中央行政設立各部及其權限案,經議決後隨即提出國務員9人名單請會議審查同意。
孫提議的名單是:陸軍部長黃興,海軍總長黃鍾瑛,外交部長王寵惠,內務總長宋教仁、財政總長陳錦濤,司法總長伍廷芳,教育總長章炳麟，實業總長張謇，交通總長湯壽潛。
因代表們對宋教仁、章炳麟多不同意，黃興提議內務改為程德全,教育改為蔡元培。接著,又委胡漢民任總統府秘書長，黃興兼參謀總長，並委任了各部的次長。
最後確定的各部總次長名單為:陸軍總長黃興，次長蔣作賓;海軍總長黃鍾瑛,次長湯薌銘;外交總長王寵惠,次長魏宸組;內務總長程德全,次長居正;財政總長陳錦濤，次長王鴻猷;司法總長伍廷芳,次長昌志伊;教育總長蔡元培,次長景躍月;實業總長張賽,次長馬君武;交通總長湯壽潛,次長於右任。
名單的確定是根據同盟會“部長取名,次長取實”的原則,次長除湯薌銘外，都是同盟會員。
1月11日,各省代表會議又議決以五色旗為中華民國國旗,十八星旗為陸軍旗，青天白日滿地紅旗為海軍旗，“請大總統頒令全國各省以為統一”。
孫中山“極不謂然”，鄭重提案於代表會議，欲改青天白日旗為國旗,不獲通過，“總理憤慨異常”，雖力加駁斥並予否決,然此案已通告全國。
中華民國的誕生，結束了260多年的清朝統治，也結束了2000多年的封建帝制。孫中山感慨嘆息:“予三十年如一日之，恢復中華、創立民國之志，於斯竟成。”
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