1912年1月1日孙中山出任中华民国临时大总统。同时发布《临时大总统宣言书)和《告全国同胞书》。宣言毕，即接受大总统印，并由秘书长将其盖于宣言等文件上。之后，孙中山下令定国号为“中华民国”，同时改用阳历。
1月2日，孙中山通电各省改历,并以1912年1月1日作为中华民国建元的开始。
1月3日，代表团依临时政府组织大纲举行副总统选举会,黎元洪以17票当选。孙中山出席会议，并提出中央行政设立各部及其权限案,经议决后随即提出国务员9人名单请会议审查同意。
孙提议的名单是:陆军部长黄兴,海军总长黄锺瑛,外交部长王宠惠,内务总长宋教仁、财政总长陈锦涛,司法总长伍廷芳,教育总长章炳麟，实业总长张謇，交通总长汤寿潜。
因代表们对宋教仁、章炳麟多不同意，黄兴提议内务改为程德全,教育改为蔡元培。接着,又委胡汉民任总统府秘书长，黄兴兼参谋总长，并委任了各部的次长。
最后确定的各部总次长名单为:陆军总长黄兴，次长蒋作宾;海军总长黄锺瑛,次长汤芗铭;外交总长王宠惠,次长魏宸组;内务总长程德全,次长居正;财政总长陈锦涛，次长王鸿猷;司法总长伍廷芳,次长昌志伊;教育总长蔡元培,次长景跃月;实业总长张賽,次长马君武;交通总长汤寿潜,次长于右任。
名单的确定是根据同盟会“部长取名,次长取实”的原则,次长除汤芗铭外，都是同盟会员。
1月11日,各省代表会议又议决以五色旗为中华民国国旗,十八星旗为陆军旗，青天白日满地红旗为海军旗，“请大总统颁令全国各省以为统一”。
孙中山“极不谓然”，郑重提案于代表会议，欲改青天白日旗为国旗,不获通过，“总理愤慨异常”，虽力加驳斥并予否决,然此案已通告全国。
中华民国的诞生，结束了260多年的清朝统治，也结束了2000多年的封建帝制。孙中山感慨叹息:“予三十年如一日之，恢复中华、创立民国之志，于斯竟成。”
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