暗部：全稱暗殺戰術特殊部隊，是二代火影千手扉間在剛剛掌控木葉的時候和忍者學校等部門一起成立的部門。暗部的成員都是從村子裡篩選出的優秀忍者，主要進行保護影和預防敵人入侵忍者村的工作，有時還負責偵察敵情和暗殺等任務，任務的性質一般極其惡劣或枯燥，比如看守重要嫌犯等。由於任務的特殊性。其成員行動時都戴著模仿動物的白色面具，任務性質及其他一切資料均被機密保存。不過因為暗部的成員多是從村子裡篩選的優秀忍者，所以他們還是有著感情的，只要脫下面具就能迴歸正常人的生活。暗部由火影直屬，一切命令由火影發佈，可以說暗部是忠於火影的。
根：又被稱為暗部培訓部門，是在三代火影猿飛日斬繼位之後，志村團藏以為暗部培養人才的名義建立的只聽命於自己的組織。根的成員都是志村團藏用各種手段和養蠱的方式訓練出來的人才，比如說來自孤兒院的藥師兜和山中一族的山中風、油女一族的油女取根。主要是在除了執行暗部任務之外，還要單獨聽命於志村團藏的命令。其成員行動時和暗部一樣也都戴著模仿動物的白色面具，任務性質及其他一切資料同樣也都被機密保存。
由於志村團藏的信念是隻要遵守規定才是真正的忍者，所以根的成員沒有名字、命運感情、沒有過去、沒有未來、心中只有任務，並且還被團藏下了咒印舌禍根絕之印，被施術的人要是說了任何有關他的事，就會全身麻痺，既說不了話，也動彈不得。團藏以此用來束縛自己部下，讓他們不能說出有關自己的秘密，在團藏死後，這些咒印才完全無效。並且表面上根是暗部的一個部門，但是實際上根和暗部是不一樣的，根只忠於志村團藏，而不是火影，甚至根還曾經聽從團藏的任務暗殺過三代火影。
通過以上對暗部和根基本情況的介紹，暗部和根的區別就十分明顯了。
第一、暗部是二代火影時期，由二代火影千手扉間親自創立的忠於火影的火影直屬部門，可以說是國企了；根卻是三代火影，由志村團藏創立的忠於自己的獨立組織，卻是披著國企皮的一個私有企業，還是一個黑心老闆。
第二、暗部的信念就是火影的信念，即火之意志；根的信念就是志村團藏的信念，即只有遵守規定才是真正的忍者。
第三、暗部的職能主要是負責保護影和村子，以及負責部分偵查敵情、暗殺、看守嫌犯等任務；根則是在負責了包括暗部的任務之後，還有執行團藏的一切命令。
第四、暗部的成員相對比較自由，可以有自己普通的生活和感情以及意志；根的成員沒有名字、沒有感情、沒有過去、也沒有未來，心中只有任務。
第五、暗部的成員可以有自己的羈絆；根的成員則是要斬斷所有羈絆，比如說信和佐井、藥師野乃宇和藥師兜。
第六、暗部成員的福利待遇很好，甚至要比一般忍者更好；根的成員則幾乎沒有什麼福利，還要被舌禍根絕之印控制。
第七、暗部的成員是可以選擇退出的，比如說卡卡西退出暗部；根的成員則是幾乎不可以退出的，哪怕宇智波滅族之後三代火影曾經解散根，根的成員也沒有辦法退出根。但是也有個例，比如說大和被強行要走、團藏死去後，根部解散。
第八、暗部的成員是從村子中選出來的優秀忍者和根的部分人；根的成員全部都是團藏不擇手段訓練出來的。
第九、暗部雖然也是在黑暗中守護木葉，但是暗部終究還是有陽光的；根則是深埋在地下的，完全沒有一絲陽光。
第十、暗部不僅要聽從火影的命令，也要聽從團藏的部分命令，比如說宇智波鼬聽團藏的命令去滅族；根只聽命於團藏，火影的命令也可以無視。
閱讀更多 我愚蠢的弟弟啊 的文章
