朱棣起兵時，其謀臣姚廣孝曾經對他說，“城破之日，方孝孺是絕對不會投降的，但一定不能殺他，否則，天下讀書種子將會滅絕。”朱棣點頭答應。
其實，朱棣也有意借，招降方孝孺，來收攬人心，當燕軍攻破南京後，朱棣多次派人到獄中，招降方孝孺，希望由他寫新皇帝即位的詔書，方孝孺堅決不從。
隨後，朱棣派人，押解方孝孺上殿，方孝孺披麻戴孝而入，悲慟至極，哭聲響徹大殿。
朱棣上前安慰方孝孺，告訴他建文已死，並勸他輔助自己即位，就像周公輔佐成王一樣。
方孝孺厲聲質問朱棣：“那成王（意指建文帝）在哪？”朱棣稱，建文帝已經自焚。
方孝孺繼續質問：“那為何不立成王的兒子（意指建文帝的兒子）為君呢？”朱棣答道：“國賴長君。”
方孝孺繼續追問：“為何不立皇弟呢？”朱棣則稱：“此朕家事。”並命人將筆墨投到方孝孺面前，聲稱：“詔天下，非先生草不可。”強迫他寫詔書。
方孝孺接過筆，寫上“燕賊篡位”幾個字後，即擲筆於地，罵道：“死即死耳，詔不可草。”
朱棣見方孝孺寧死不屈，即威脅道：“汝不顧九族矣！”
方孝孺義無反顧地斥責說：“便十族奈我何！”朱棣怒不可遏，命人把其押赴集市施以凌遲，千刀萬剮，時六月二十五日。
方孝孺被打進死牢時，明成祖朱棣派人大肆搜捕，方孝孺在京的親屬。
在行刑當日，把他們押往刑場，在方孝孺面前逐個殺害，場面十分血腥。
方孝孺的弟弟，方孝友將要被殺的時候，方孝孺看著弟弟，流下了眼淚，方孝友說：“阿兄何必淚潸潸，取義成仁在此間。華表柱頭千載後，旅魂依舊到家山。”
“天降亂離兮孰知其由，三綱易位兮四維不修。骨肉相殘兮至親為仇，奸臣得計兮謀國用猶。忠臣發憤兮血淚交流，以此殉君兮抑又何求？嗚呼哀哉庶不我尤！”
—— 方孝孺臨刑遺辭
方孝孺，始終不屈。
被凌遲殺害於南京聚寶門（今中華門）外，時年四十六歲。
方孝孺被殺後，無人敢收屍
戴德彝撫尸慟哭不已，絕食三日，也被處死
最後方孝孺遺骸由門人廖鏞、廖銘收葬於聚寶門外山上，隨後兩人也因此連坐被誅。
方孝孺妻子，鄭氏與子方中憲、方中愈上吊自殺，兩個女兒也跳入秦淮河自盡。
方孝孺的宗族親友，前後受誅者達數百人，受牽連者達數千人，，史稱“誅十族‘’
方孝孺，忠臣不事二主，可悲可嘆。
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