朱棣起兵时，其谋臣姚广孝曾经对他说，“城破之日，方孝孺是绝对不会投降的，但一定不能杀他，否则，天下读书种子将会灭绝。”朱棣点头答应。
其实，朱棣也有意借，招降方孝孺，来收揽人心，当燕军攻破南京后，朱棣多次派人到狱中，招降方孝孺，希望由他写新皇帝即位的诏书，方孝孺坚决不从。
随后，朱棣派人，押解方孝孺上殿，方孝孺披麻戴孝而入，悲恸至极，哭声响彻大殿。
朱棣上前安慰方孝孺，告诉他建文已死，并劝他辅助自己即位，就像周公辅佐成王一样。
方孝孺厉声质问朱棣：“那成王（意指建文帝）在哪？”朱棣称，建文帝已经自焚。
方孝孺继续质问：“那为何不立成王的儿子（意指建文帝的儿子）为君呢？”朱棣答道：“国赖长君。”
方孝孺继续追问：“为何不立皇弟呢？”朱棣则称：“此朕家事。”并命人将笔墨投到方孝孺面前，声称：“诏天下，非先生草不可。”强迫他写诏书。
方孝孺接过笔，写上“燕贼篡位”几个字后，即掷笔于地，骂道：“死即死耳，诏不可草。”
朱棣见方孝孺宁死不屈，即威胁道：“汝不顾九族矣！”
方孝孺义无反顾地斥责说：“便十族奈我何！”朱棣怒不可遏，命人把其押赴集市施以凌迟，千刀万剐，时六月二十五日。
方孝孺被打进死牢时，明成祖朱棣派人大肆搜捕，方孝孺在京的亲属。
在行刑当日，把他们押往刑场，在方孝孺面前逐个杀害，场面十分血腥。
方孝孺的弟弟，方孝友将要被杀的时候，方孝孺看着弟弟，流下了眼泪，方孝友说：“阿兄何必泪潸潸，取义成仁在此间。华表柱头千载后，旅魂依旧到家山。”
“天降乱离兮孰知其由，三纲易位兮四维不修。骨肉相残兮至亲为仇，奸臣得计兮谋国用犹。忠臣发愤兮血泪交流，以此殉君兮抑又何求？呜呼哀哉庶不我尤！”
—— 方孝孺临刑遗辞
方孝孺，始终不屈。
被凌迟杀害于南京聚宝门（今中华门）外，时年四十六岁。
方孝孺被杀后，无人敢收尸
戴德彝抚尸恸哭不已，绝食三日，也被处死
最后方孝孺遗骸由门人廖镛、廖铭收葬于聚宝门外山上，随后两人也因此连坐被诛。
方孝孺妻子，郑氏与子方中宪、方中愈上吊自杀，两个女儿也跳入秦淮河自尽。
方孝孺的宗族亲友，前后受诛者达数百人，受牵连者达数千人，，史称“诛十族‘’
方孝孺，忠臣不事二主，可悲可叹。
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