實踐中，不少當事人選擇採取股權轉讓的方式，間接獲得礦業權。這種交易方式目前也面臨著一定的司法風險。
雲南省高級人民法院發佈的《關於審理探礦權、採礦權相關糾紛案件的指導性意見》認為，對於礦業公司的股份轉讓，應當根據相關情況進行綜合判斷，以認定其是否屬於變相轉讓礦業權。當股權轉讓合同約定了將全部或絕大部分股份進行轉讓，明確了涉及礦山企業財產及相關權證的移交，在實際經營中原來的探礦權人、採礦權人已經完全退出了礦山的經營管理，由新的經營者進行管理，訴至法院後爭議的主要標的系礦山企業及相關權證的歸屬、投資及收益等，在審理中可以確認為變相轉讓礦業權，應當按照《中華人民共和國合同法》第五十二條第（三）項（即“以合法形式掩蓋非法目的”）的規定認定合同無效；如在合同中僅約定了部分股份的轉讓，不涉及礦山企業財產及相關權證的移交，在實際經營中探礦權人、採礦權人未發生變更，在審理中不能夠確認實際是變相轉讓礦業權的合同，可以認定有效。
雲南省高級人民法院的前述觀點，筆者認為值得商榷。股權轉讓和礦業權轉讓屬於性質不同的兩種交易。
第一，從交易標的來看，在股權轉讓中，轉讓的標的物為目標公司的股權；而在礦業權轉讓中，轉讓的標的物為礦業權。
第二，從交易主體來看，股權轉讓是股權受讓人與礦業公司股東之間的交易，而礦業權轉讓則屬於受讓人與持有礦業權的礦業公司之間的交易行為。
第三，從交易的結果來看，在股權轉讓中，礦業企業的法人地位沒有發生任何改變，其所持有的礦業權及其他資產的權屬並不發生轉移和變更；而在礦業權轉讓中，礦業權的權屬將轉移至受讓人名下。
第四，從交易是否需要國土資源部門批准方面來看，礦業公司的股權轉讓無需國土資源部門批准，轉讓雙方只需按照《公司法》、《公司登記管理條例》及其他相關法律、法規的規定辦理股權轉讓及股權轉移登記手續即可；而礦業權轉讓則需報國土資源部門審查批准。
第五，從目標公司債權債務的承擔方面來看，除非交易雙方另有約定，在礦業權轉讓中，礦業權的受讓人對目標公司的債務，除礦業法律、法規規定的礦業權人的義務外，一般不承擔任何責任；但是在股權轉讓中，除非交易雙方另行約定，股權轉讓前目標公司的債務，仍由股權轉讓後的目標公司承擔。
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