公務員職位聘任是指機關根據工作需要，依照法律的規定，經省級以上公務員主管部門批准，對專業性較強的職位和輔助性職位，以聘任合同的方式建立與公務員的任用關係。
聘任制的薪資是由雙方協商而定，實行協議工資制。工資的制定標準依據市場同類人員以及本單位其他公務員工資水平，既可以按月支付也可以實施年薪制。正是由於給予用人單位與公務員本人過於寬泛的決定權，所以聘任制公務員的薪酬標準不統一、相關執行的具體細則也不夠規範。
缺乏明確的薪酬原則
公務員的工資應該根據按勞分配原則，對公務員為社會提供服務和勞動以貨幣形式支付的報酬，是公務員個人消費品的貨幣表現形式。因此制定明確的分配原則是必不可少的，然而聘任制公務員並沒有制定區別於普通公務員的薪酬原則。這就導致聘任制公務員分配薪酬時無章可循，甚至會出現照搬常任制公務員的分配原則。
根據我國薪酬按勞分配原則，如果不單獨設置分配原則就會削弱其激勵功能。由於聘任制公務員的工作性質獨特，專業技術類公務員所從事的工作常任制公務員無法完成，輔助類公務員工作內容簡單與常任制公務員相同。
缺乏確定薪酬的依據
薪酬分配除了取決於制定的原則還應根據公務員個人能力、工作表現、工作成果等來確定。特別是聘任制公務員的工作性質、工作內容有巨大差別，還有一些工作具有一定時效性。因此該類公務員的薪酬依據需要單獨制定，區分專業技術類與輔助類公務員的依據。
缺乏合理的薪酬結構
聘任制公務員的薪酬之所以會出現爭議，是因為許多地區薪酬偏高。由於未統一規定聘任制公務員的薪酬結構，導致同樣職位薪酬、福利待遇不相同。
即便這些崗位要求很高，但是模糊的薪酬結構會帶來過大的裁量權。因此各個崗位應根據實際要求，制定合理的薪酬結構。除了基本工資、獎金、津貼還應加上哪些額外薪酬都應明確，這樣清晰合理的薪酬結構才會避免聘任制公務員薪酬模糊這一問題。
解聘空殼化
聘任制公務員通過激烈的考試競爭和嚴格的考察篩選脫穎而出，普遍綜合素質較高。他們為爭取續聘、工作活力和態度普遍較好，這也是至今尚未有被辭退者的重要原因之一。用人單位也為了減少成本，只要有意願繼續留在這就會直接續約。用人單位作為僱傭方，無論是合同條款的設置還是判斷是否續聘都掌握著決定權。之所以會出現無人解聘這一現象，用人單位承擔著相應責任。
續約形式化
直接續約不但可以減少用人單位再次招聘的成本，還可以減少試用期限提高工作效率。大面積續約弱化了聘任合同的功能，更是違背了通過合同約束與激勵公務員的初衷。因此只有理性續約才能充分發揮合同管理的作用，這就需要合理、規範的考核體系與之配合。
現階段的聘任制公務員是否續約都要依據其日常表現與工作結果來決定，這就需要嚴格的平時考核和定期考核等方法與手段。只有合理的考核過程才會有合理的考核結果，通過這一結果決定聘任制公務員的去留。如果沒有完善的考核體系，就會弱化聘任制公務員能進能退的功能。聘任制公務員出現的一部分原因就是為了改變當下臃腫的公務員隊伍結構，實現能進能退。一旦考核結果都合格就會全員續約，這用就無法達到預期的效果。
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