1868年，由于统治日本的德川幕府在西方列强的逼迫下步步退让，最终激起了原本就对其不满的武士们的极大愤怒。
之后，在“尊王攘夷”的口号下，反对幕府统治的日本武士们在萨摩等藩的带领下，向幕府发起了进攻。
就在这年的1月，双方在京都南郊的鸟羽、伏见展开激战，结果倒幕派大胜，幕府军溃不成军。
大败之余，正在大坂指挥作战的德川庆喜也像泄了气的皮球，一下就丧失了战斗意志。
仅过了一天，德川庆喜即抛下素有“金城汤池”之称的大阪和军队，同老中板仓胜静、会津藩主松平容保、桑名藩主松平定敬等乘旗舰“开阳”号逃回江户。
主帅既逃，大坂城中的残余幕府军也随即哄然而散。
京畿之战胜利后，倒幕派一不做二不休，随即发布“征讨庆喜令”，宣布撤掉德川庆喜的一切职务，没收其领地为朝廷领地，同时剥夺会津、桑名等佐幕派的领地和官职。
为获得欧美各国的承认，明治政府又派使者向各国公使面交国书，其主要申明：从今以后，天皇亲裁内外政事，过去“大君”（将军）缔结的条约，现以天皇的名义继承。
对此，各国在保持表面中立的同时，分别支持萨、长藩与幕府的英、法两国却在暗中角力（目的是出售军火和寻求在日本的影响力）。
3月后，倒幕派组建了号称5万兵马的东征军，栖川宫炽仁亲王被任命为东征大总督，西乡隆盛等人为参谋。
出征前，天皇亲自授予锦旗、节刀，祝东征军旗开得胜，凯旋而归。
之后，东征军果然进展神速，“佐幕双璧”之一的桑名藩不战而降，德川氏发祥地骏河也很快落入倒幕军之手。
4月底，东征军陆续包围江户。
在此情势下，幕府内部也分裂为主战、主和两派，在幕府重臣胜海舟的力劝之下，德川庆喜最终决定开城纳降，东征军兵不血刃，和平接收江户。
至此，倒幕战争大局已定，延续265年的德川幕府就此覆亡（清廷统治时间为268年，极接近）。
至于末代将军德川庆喜，则前往水户、静冈幽居，仍给领地 70万石（后改封德川家达）。
经此失败，德川庆喜不再过问政治，最后于1913年以77岁高龄去世（也是德川幕府中寿命最长的将军）。
幕府统治覆亡后，日本的内战并未结束。
江户开城时，原幕府步兵奉行大鸟圭介率两千精兵逃往另一佐幕强藩会津藩，而其藩主松平容保也不甘心失败，他逃回领地后整军备武，改革兵制，准备和倒幕军决一死战。
这时，东北诸藩如陆奥、出羽、越后藩等不希望卷入战火，也不想接受新政府，后来干脆成立了“反萨同盟”，宣布要“清君侧”并扫除“伪官军”。
德川庆喜
由此，倒幕军继续进军东北，一路上势如破竹，最后连最顽固的松平容保也不得不开城投降。
东北战争正在紧张进行之时，原幕府海军总裁榎本武扬、幕府老中板仓胜静等幕府遗臣率“开阳”等八艘残余军舰及仙台藩兵4000余人从品川湾逃脱，驶向虾夷（北海道）宣布独立，倒幕军直至1869年6月才将其残余势力一一扫除。
从起兵到最后胜利，倒幕战争共历时一年半，由于1868年为戊辰年，这次的战争在日本史上也被称为“戊辰战争”。
通过这场内战，倒幕派最终消灭了持续近700年的“幕藩体制”，这为日本的实质性统一及走向近代国家奠定了坚实的基础。
战后，论功行赏，近水楼台先得月，萨摩藩、长州藩出身的武士们掌握了明治政府的实权，这些野心勃勃的“尊攘派志士”们，又将把日本带向何方呢？
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