對於集體土地的徵收和國有土地上房屋的徵收，在徵收對象、徵收主體、徵收程序以及所適用的法律等許多的方面都存在著很大區別，所以在在同一徵收程序中絕對不允許既徵收國有土地上的房屋又徵收集體土地，這樣的徵收程序著實是不符合法律規定的。
關於這個問題，最高人民法院（2016）最高法行申1863號行政裁定書中就是這樣的案例，孟先生不服原審判決，向最高院院申請再審，請求撤銷原審判決，依法再審本案，改判支持其一審提出的訴訟請求，主要事實和理由為：一、案涉項目並非為了社會公共利益，而是為了商業開發，不符合徵收的條件；二、案涉項目作為“城中村改造”，並未履行徵收集體土地所需履行的審批手續，也未對相關人員進行安置；三、案涉項目中涉及徵收國有土地上房屋的部分，也沒有徵求公眾意見，程序違法。
此案審判的焦點也正是第二項訴訟請求，在本案中，從被訴徵收公告確定的徵收對象看，既有國有土地上的房屋，也有集體土地，但當地政府卻統一根據《國有土地上房屋徵收與補償條例》的相關規定作出徵收決定，並組織實施徵收行為，其中涉及集體土地部分的徵收，政府既無作出徵收決定的法定職權，亦違反了《中華人民共和國土地管理法》規定的諸如農用地轉用審批等法定程序，還存在適用法律錯誤等問題，根據《中華人民共和國行政訴訟法》第七十條的規定，理應予以撤銷。但考慮到被訴徵收公告涉及面廣，撤銷該徵收公告可能會給社會公共利益造成重大損害，根據《中華人民共和國行政訴訟法》第七十四條第一款第一項的規定，應當判決確認違法，但不宜予以撤銷。因而判決認定涉及國有土地上房屋的徵收部分合法、涉及集體土地的徵收部分違法。
首先徵收集體土地和徵收國有土地二者的區別主要表現在以下幾個方面：首先，從徵收對象來看，國有土地的徵收對象是國有土地上的房屋，國有土地使用權與房屋一起徵收；而集體土地的徵收對象則是集體土地，地上的房屋則隨著集體土地一併徵收。其次，我們從徵收主體及實施的主體來看，國有土地上房屋的徵收，由市、縣級人民政府根據法定程序作出徵收決定，由市、縣級人民政府確定的房屋徵收部門組織實施具體的徵收與補償工作；而徵收集體土地，需要省、自治區、直轄市人民政府甚至是國務院批准，由市、縣級以上人民政府予以公告並組織實施。
這裡很有必要注意的是，根據《土地管理法》的有關規定，對於徵收程序來說，由於徵收集體土地會涉及土地用途的變更以及耕地保護等前提問題，所以按照法律規定在徵收集體土地時，也就是在辦理徵地審批手續之前，原則上必須要先行辦理農用地轉用審批，通過國務院或者省、自治區、直轄市人民政府來批准農用地的轉用，同時辦理徵地審批手續。而對於國有土地上房屋的徵收來說，因為土地性質本就是屬於國有，所以並不存在土地轉用及審批的問題。但是在實踐當中，拆遷方在巨大的利益驅使之下，往往會繞開這些審批程序，而這樣做的後果是被拆遷人的合法權益得不到應有的保障，如補償安置不合理，要記得及時救濟自身權益。
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