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加拉太塔
君士坦丁堡陷落了。仅仅两天之后，加拉太，这个隔着金角湾与君士坦丁堡相望的热那亚殖民地就派出了使者。热那亚人向苏丹穆罕默德二世请求取得与拜占庭帝国时代一样的独立自主权，允许控制商路和保有驻军，并且不用向奥斯曼帝国缴纳税金。
虽然，之前穆罕默德二世苏丹就同意了这个提议。但当整个君士坦丁堡都落入苏丹之爪中后，他立刻就宣布，由于部分热那亚人在君士坦丁堡战役中帮助了拜占庭皇帝君士坦丁十一世，所以他们被收回了大部分的特权，而且他们这些异教徒必须向奥斯曼帝国缴纳人头税。在抗议无果之后，热那亚人在奥斯曼近卫军的弯刀的威慑下屈服，他们还被迫把加拉太塔的顶部拆掉了一部分，因为穆罕默德二世不喜欢它。
热那亚共和国国旗
君士坦丁堡城中，大批的上层人士迅速选择改宗了伊斯兰教，毕竟富人往往是由财富决定他们的信仰。其中有五个大富商家族。在1451年就逃到了意大利的希腊正教会牧首随即发布声明，谴责此行为为叛教（当然，他是去罗马搬救兵的，但是除了口头支持以外，再无其他收获），并对这五个家族处以绝罚（开除教籍）。
然而，仅在一星期后，希腊正教会牧首又发布声明。他声称该五个家族改宗是出于奥斯曼人的强迫，不属于叛教，且违背了基督教和罗马法自由意志的原则，改宗无效。五个家族仍属于正教徒。
这一态度转变的原因是，这五个家族在伊斯兰教和基督教世界各自控制的范围内均有大量财产。如仍属于正教徒财产，则正教得以向其课税，而若承认其改宗效力，则该财产无需向正教纳税，反而应尽伊斯兰教天课义务。
然而奥斯曼的教法学家指出，正教一旦放弃信徒的灵魂，不能仅通过出尔反尔的声明即将其赎回，何况该五家族改宗伊斯兰教完全自愿合乎程序，这五个家族的灵魂归属及财产纳税义务当归属于伊斯兰教。
为了解决这种问题，穆罕默德二世苏丹决定为希腊正教会派遣一位新的牧首，乔治·斯袔拉里奥斯被穆罕默德二世看中，在君士坦丁堡围城之前，君士坦丁十一世皇帝就希望通过希腊和罗马教会的统一以换取西方基督徒对拜占庭帝国的支援，而他是反对者的领导人，他不太可能去投靠西方基督徒国家，于是被苏丹点名为新的希腊正教会牧首。
由于索菲亚大教堂已经被许诺给乌理玛，所以只能将圣徒大教堂给与新的希腊正教会牧首加冕，为了帮助牧首恢复工作，平息希腊贵族及平民的愤怒及方便治理并防止他们向天主世界求援，还把大量希腊人和教堂直接划归他管理。
除此之外，他还决定把亚美尼亚教会的牧首和犹太教的首席大拉比都要迁到君士坦丁堡，他的帝国会超越亚历山大大帝和凯撒大帝，他治下的子民必然不可能只是一种宗教的信徒，他把宗教事务和部分世俗事务交给他们自己管理，在原则上保证了这些异教徒不受干涉、不被迫害的基本权利。（但是要交人头税）
为重建君士坦丁堡，穆罕默德二世下令.逃走的居民如果回来，信仰自由，生命财产受到国家保护，并帮助他们重建家园，免除赋税，抓捕的奴隶全部释放。
“朕，穆拉德之子穆罕默德，法提赫苏丹，罗马凯撒，于此昭告天下，凡我子民，皆从其志愿，归其寺社，不得因信受戮，故我维奇尔、各等官吏以下，皆不得贼害之；不得辱及其人、其物、其寺，无论产于内外，不得毁之，更不得以刀兵加之，以此诰为朕所护。朕以御剑，奉真主安拉之名、先知穆罕默德之名、并十二万四千先知之名起誓，凡我子民，不得违逆。”
奥斯曼教法学家
然而穆罕默德二世苏丹的喜怒无常和出尔反尔也是出了名的，用【苏丹有罪，罪在万民】来形容他这个中二少年恰当无比—— “都是你们的错！”
穆罕默德二世在战争之后，希望希腊人也可以加入他的新政府,包括拜占庭的几位大臣，穆罕默德二世苏丹认为.他们既没有为拜占庭殉国也没有同意东西教会合并，说明他们可以争取。但拜占庭帝国那些旧臣根深蒂固的文明优越感，使穆罕默德二世十分反感。
穆罕默德二世一度想让卢卡斯·诺塔拉斯大公成为首都的卫戍司令。因为他公开表示：“宁可在君士坦丁堡看到土耳其人的包头巾，也不愿看到拉丁教皇的三重冠！”为了试探卢卡斯大公，穆罕默德二世苏丹派出一名宦官深夜召唤卢卡斯大公14岁的儿子进宫，他的儿子长相俊俏，可以为苏丹取乐。卢卡斯大公拒绝了这个命令，苏丹立刻命人把他全家杀死。
另外一位拜占庭重臣，乔治·法兰扎（他身为外交总管为君士坦丁十一世选择了格鲁吉亚公主作为联姻对像，所幸没有成功缔结，不然年轻的公主也会成为苏丹的战利品），没有投降。所以他的妻子，一双儿女与本人都被奥斯曼帝国俘虏，在经历了四个月的磨难后他恢复了自由，并将妻子从马厩总管手中赎回，但他时年皆为14岁的儿子和女儿都死在了穆罕默德二世的后宫中。
教皇尼古拉五世
出于好奇，穆罕默德二世还接触了一些东正教义，并且命人把它翻译为波斯语和突厥语。这些事情以讹传讹到了罗马教皇的耳中之后，让西方世界产生了一些不切实际的幻想，或许苏丹会皈依基督教。教皇尼古拉五世真的为苏丹祈祷了，而之后的庇护二世还亲自写信给苏丹，描述了天主教比东正教的优越度，并提出为愿意他洗礼，让他成为基督教世界最伟大的国王。穆罕默德二世对此嗤之以鼻，表示愿意亲领二十万大军前往罗马，希望教皇能亲自出城迎接。
在杀死自己的老师，哈利勒大维齐尔后，穆罕默德二世任命了阿尔巴尼亚人（有说法是希腊人）扎加诺斯帕夏成为新的大维齐尔，把君士坦丁堡的重建工作暂时放下，这位征服者再次把目光投向了新的战场。
[1] 卡罗琳·芬克尔. 奥斯曼帝国 1299—1923
[2] 斯坦福·肖. 奥斯曼帝国
[3] 帕特里克. 贝尔福.奥斯曼帝国六百年
[4] The Cambridge History of Turkey . Kate Fleet
[5] 罗杰·克劳利. 1453—君士坦丁堡之战
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