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加拉太塔
君士坦丁堡陷落了。僅僅兩天之後，加拉太，這個隔著金角灣與君士坦丁堡相望的熱那亞殖民地就派出了使者。熱那亞人向蘇丹穆罕默德二世請求取得與拜占庭帝國時代一樣的獨立自主權，允許控制商路和保有駐軍，並且不用向奧斯曼帝國繳納稅金。
雖然，之前穆罕默德二世蘇丹就同意了這個提議。但當整個君士坦丁堡都落入蘇丹之爪中後，他立刻就宣佈，由於部分熱那亞人在君士坦丁堡戰役中幫助了拜占庭皇帝君士坦丁十一世，所以他們被收回了大部分的特權，而且他們這些異教徒必須向奧斯曼帝國繳納人頭稅。在抗議無果之後，熱那亞人在奧斯曼近衛軍的彎刀的威懾下屈服，他們還被迫把加拉太塔的頂部拆掉了一部分，因為穆罕默德二世不喜歡它。
熱那亞共和國國旗
君士坦丁堡城中，大批的上層人士迅速選擇改宗了伊斯蘭教，畢竟富人往往是由財富決定他們的信仰。其中有五個大富商家族。在1451年就逃到了意大利的希臘正教會牧首隨即發佈聲明，譴責此行為為叛教（當然，他是去羅馬搬救兵的，但是除了口頭支持以外，再無其他收穫），並對這五個家族處以絕罰（開除教籍）。
然而，僅在一星期後，希臘正教會牧首又發佈聲明。他聲稱該五個家族改宗是出於奧斯曼人的強迫，不屬於叛教，且違背了基督教和羅馬法自由意志的原則，改宗無效。五個家族仍屬於正教徒。
這一態度轉變的原因是，這五個家族在伊斯蘭教和基督教世界各自控制的範圍內均有大量財產。如仍屬於正教徒財產，則正教得以向其課稅，而若承認其改宗效力，則該財產無需向正教納稅，反而應盡伊斯蘭教天課義務。
然而奧斯曼的教法學家指出，正教一旦放棄信徒的靈魂，不能僅通過出爾反爾的聲明即將其贖回，何況該五家族改宗伊斯蘭教完全自願合乎程序，這五個家族的靈魂歸屬及財產納稅義務當歸屬於伊斯蘭教。
為了解決這種問題，穆罕默德二世蘇丹決定為希臘正教會派遣一位新的牧首，喬治·斯袔拉里奧斯被穆罕默德二世看中，在君士坦丁堡圍城之前，君士坦丁十一世皇帝就希望通過希臘和羅馬教會的統一以換取西方基督徒對拜占庭帝國的支援，而他是反對者的領導人，他不太可能去投靠西方基督徒國家，於是被蘇丹點名為新的希臘正教會牧首。
由於索菲亞大教堂已經被許諾給烏理瑪，所以只能將聖徒大教堂給與新的希臘正教會牧首加冕，為了幫助牧首恢復工作，平息希臘貴族及平民的憤怒及方便治理並防止他們向天主世界求援，還把大量希臘人和教堂直接劃歸他管理。
除此之外，他還決定把亞美尼亞教會的牧首和猶太教的首席大拉比都要遷到君士坦丁堡，他的帝國會超越亞歷山大大帝和凱撒大帝，他治下的子民必然不可能只是一種宗教的信徒，他把宗教事務和部分世俗事務交給他們自己管理，在原則上保證了這些異教徒不受干涉、不被迫害的基本權利。（但是要交人頭稅）
為重建君士坦丁堡，穆罕默德二世下令.逃走的居民如果回來，信仰自由，生命財產受到國家保護，並幫助他們重建家園，免除賦稅，抓捕的奴隸全部釋放。
“朕，穆拉德之子穆罕默德，法提赫蘇丹，羅馬凱撒，於此昭告天下，凡我子民，皆從其志願，歸其寺社，不得因信受戮，故我維奇爾、各等官吏以下，皆不得賊害之；不得辱及其人、其物、其寺，無論產於內外，不得毀之，更不得以刀兵加之，以此誥為朕所護。朕以御劍，奉真主安拉之名、先知穆罕默德之名、並十二萬四千先知之名起誓，凡我子民，不得違逆。”
奧斯曼教法學家
然而穆罕默德二世蘇丹的喜怒無常和出爾反爾也是出了名的，用【蘇丹有罪，罪在萬民】來形容他這個中二少年恰當無比—— “都是你們的錯！”
穆罕默德二世在戰爭之後，希望希臘人也可以加入他的新政府,包括拜占庭的幾位大臣，穆罕默德二世蘇丹認為.他們既沒有為拜占庭殉國也沒有同意東西教會合並，說明他們可以爭取。但拜占庭帝國那些舊臣根深蒂固的文明優越感，使穆罕默德二世十分反感。
穆罕默德二世一度想讓盧卡斯·諾塔拉斯大公成為首都的衛戍司令。因為他公開表示：“寧可在君士坦丁堡看到土耳其人的包頭巾，也不願看到拉丁教皇的三重冠！”為了試探盧卡斯大公，穆罕默德二世蘇丹派出一名宦官深夜召喚盧卡斯大公14歲的兒子進宮，他的兒子長相俊俏，可以為蘇丹取樂。盧卡斯大公拒絕了這個命令，蘇丹立刻命人把他全家殺死。
另外一位拜占庭重臣，喬治·法蘭扎（他身為外交總管為君士坦丁十一世選擇了格魯吉亞公主作為聯姻對像，所幸沒有成功締結，不然年輕的公主也會成為蘇丹的戰利品），沒有投降。所以他的妻子，一雙兒女與本人都被奧斯曼帝國俘虜，在經歷了四個月的磨難後他恢復了自由，並將妻子從馬廄總管手中贖回，但他時年皆為14歲的兒子和女兒都死在了穆罕默德二世的後宮中。
教皇尼古拉五世
出於好奇，穆罕默德二世還接觸了一些東正教義，並且命人把它翻譯為波斯語和突厥語。這些事情以訛傳訛到了羅馬教皇的耳中之後，讓西方世界產生了一些不切實際的幻想，或許蘇丹會皈依基督教。教皇尼古拉五世真的為蘇丹祈禱了，而之後的庇護二世還親自寫信給蘇丹，描述了天主教比東正教的優越度，並提出為願意他洗禮，讓他成為基督教世界最偉大的國王。穆罕默德二世對此嗤之以鼻，表示願意親領二十萬大軍前往羅馬，希望教皇能親自出城迎接。
在殺死自己的老師，哈利勒大維齊爾後，穆罕默德二世任命了阿爾巴尼亞人（有說法是希臘人）扎加諾斯帕夏成為新的大維齊爾，把君士坦丁堡的重建工作暫時放下，這位征服者再次把目光投向了新的戰場。
[1] 卡羅琳·芬克爾. 奧斯曼帝國 1299—1923
[2] 斯坦福·肖. 奧斯曼帝國
[3] 帕特里克. 貝爾福.奧斯曼帝國六百年
[4] The Cambridge History of Turkey . Kate Fleet
[5] 羅傑·克勞利. 1453—君士坦丁堡之戰
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