首先，我来说说察合台后王封地和元政权的关系，其实这两个政权的关系并不是一直紧张，也是有友好期的，其中摩擦的时间段是在元成宗大德七年之前，以后的关系基本上还算和睦。
那么这段时间为何和元朝廷关系不友好呢？
双方交恶还得追溯到蒙哥汗时代，想当年蒙哥继承汗位的时候，时任察合台汗的也速蒙哥和元太宗、元定宗势力站在了一起，反对蒙哥继承汗位，由于历史原因双方关系本身就好不到哪里去。
元年辛亥春，诸王、大将再会于阔帖兀阿兰之地。太宗、定宗诸子及察合台子也速蒙哥皆不至。
大家看这段史料，这明显就是不买拖雷系的账！
等到忽必烈和阿里不哥争位的时候，当时的察合台汗王阿鲁忽又站在了阿里不哥一边。当然后来由于利益分配的问题又与阿里不哥闹翻，又倒向了忽必烈的一边，在背后牵制阿里不哥，加速了忽必烈的胜利。忽必烈也承认了阿鲁忽对察合台地方的统治权。自此，在阿鲁忽执政期间两国关系还是有所缓和的。
等到阿鲁忽过世形势又是一变，阿鲁忽的妃子倭耳干那又立了自己的儿子谟巴里克沙为汗，而他们在选定继承人的时候并没有考虑元朝廷享有的最高认定权。于是，忽必烈采取了比较隐蔽的措施，派察合台系的博拉克去辅佐，说好听点是去辅佐，而他的真实目的从事态发展来看就是让博拉克夺取汗位牵制窝阔台系后王海都。
欲借其力以制叛王海都
而博拉克废掉谟巴里克沙自立后，确实执行了忽必烈给的任务，与海都开战。但是最后居然在元太宗的孙子乞卜察克的调停下和好，更让忽必烈大感意外的是野心进一步膨胀的博拉克还进攻位于新疆的元军。
至元五年，博拉克在进攻旭烈兀汗国后王阿八哈汗的时候兵败身死，海都借机控制察合台汗国的内政，立博拉克之子笃哇为汗。于是，两国关系进一步恶化，两国交战不休。
海都立博拉克之子笃哇，由是笃哇甘心从叛，海都势益张。
两国关系直到元成宗大德五年，海都死后才有所转机，由于笃哇屡战屡败，眼看军事形势不利，于是在大德七年请和。自此以后，两国关系才和解。
而窝阔台汗国与元朝廷关系恶劣的原因就比较好解释了，真可谓是“一天二地恨，三江四海仇”。
首先还是历史问题。想当年，窝阔台那一系子孙没有争位成功也就罢了。元宪宗蒙哥上位的第二年就开始打压元太宗的子孙，具体时间就是在宪宗二年的夏四月，大家可以去看看。所以窝阔台系的子孙还是很“委屈”的。
第二点原因其实也是由这个历史遗留问题引起的。看着汗位在拖雷一系手里打转转，身为元太宗嫡孙并且手握重兵的海都嫉妒之火熊熊燃烧，而海都在以后更成为了让忽必烈头疼的人物。“又自以太宗嫡孙，不得立，而宪宗、世祖皆以皇侄承大统，内不平。”
第三点，据《剑桥中国史》上说那就是三观不和了。海都蒙古守旧派势力的代表，而忽必烈在那时是倾向汉化的。
无论如何，他表现为蒙古传统的捍卫者，并且在他看来，忽必烈是背叛者。
以上三点就是窝阔台汗国与元朝势同水火的原因。
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