公元1644年3月，李自成率领农民军杀入北京，明朝最后一个皇帝崇祯在煤山上吊自杀，明朝灭亡。明朝的灭亡原因，主要还是由于明朝自世宗、神宗、熹宗以后，政治腐败，民穷财尽，国力崩溃，最后，崇祯帝落得一个吊死煤山的悲惨下场。但是鲜为人知的是明朝灭亡的另外一大原因——大规模、高频率，烈度大，损失惨重的自然灾害和绵延数省的鼠疫却不容忽视。
鼠疫是由鼠疫菌所致的烈性传染病,传染性极强,病死率极高,一旦被感染上，数日之内并可继发肺炎或脓毒血症而死亡。公元6世纪、14世纪和19世纪发生的三次大的世界性鼠疫大流行,都曾造成过数千万乃至上亿人口的死亡,给世界历史带来深刻的影响。
明朝后期，中国大地出现了罕见的极寒的气候灾害，气象学家把这一段时期叫做“明朝小冰河时期”。当时整个中国的年平均气温低于正常水平，夏天大旱大涝相继出现，冬天则奇寒无比，不光河北，连上海、江苏、福建、广东等地都狂降暴雪。北方的酷寒使降雨区域普遍南移，这导致了明朝全国各地几乎连年遭灾。据相关学者统计，从万历年间至崇祯年间，年年都有一种或几种自然灾害，仅从崇祯元年到崇祯十七年，就发生了水灾、旱灾、雪灾、蝗灾，特别是旱灾，往往与其他的自然灾害并发。
极端的气候条件导致粮食大幅减产，百姓为了填饱肚子，搜刮了一切可以吃的东西，从老鼠洞里的粮食到路边饿死的老鼠，都成了人们的食物。而寄生在老鼠身上的鼠疫杆菌得以快速传播。最早在万历八年（1580年），山西大同就曾发生过瘟疫。"十室九病，传染者接踵而亡，数口之家，一染此疫，十有一二甚至阖门不起者"。同年，在太原府（今太原）的太谷县、忻州、苛岚州及保德州也都有大疫的记载。
而崇祯年间的鼠疫则开始于崇祯六年（1633年），地点同样是在山西。随后迅速向周边城市蔓延。
崇祯七年（1634年）至八年（1635年），今天山西吕梁的兴县，当地百姓为了躲避鼠疫而尽数逃散，使得兴县几乎成为一座空城，而逃走的百姓携带着鼠疫杆菌，传播到距兴县仅隔了一条黄河的陕西。
崇祯九年（1636年），距兴县仅一百多公里的陕西榆林府爆发鼠疫，随后是延安府，在之后的几年内，榆林府和延安府属县相继发生大疫，崇祯十年，瘟疫来到了李自成的家乡米脂县，“米脂城中死者枕藉，十三年，夏又大疫，十五年，……大疫，十六年，稔，七月郡城瘟疫大作”。
崇祯十三年（1640年），疫情传到了直隶（今河北省），顺德府（今河北邢台市）、河间府和大名府均有大疫，并且是烈性传染病。
崇祯十四年（1641年），疫情进一步发展。在大名府，“春无雨，蝗蝻食麦尽，瘟疫大行，人死十之五六，岁大凶”。
明末著名的政治家左懋第奉命督催漕运，道中驰疏言：“臣自静海抵临清，见人民饥死者三，疫死者三，为盗者四。米石银二十四两，人死取以食。惟圣明垂念。”
崇祯十四年（1641年）七月，瘟疫从河北地区传到了京城，民间管瘟疫叫“疙瘩病”。
“夏秋大疫，人偶生一赘肉隆起，数刻立死，谓之疙瘩瘟，都人患此者十四五。至春间又有呕血者，或一家数人并死。”
崇祯十五年，天津开始爆发大鼠疫，有朝染夕死者，日每不下数百人。
崇祯十六年京师大瘟疫，疫情很严重，夏燮《明通鉴》记载：“京师大疫，死者无算。”
《崇祯实录》记载：“京师大疫，死亡日以万计。”
尽管缺乏准确的统计数据，但上述官方记载说明，当时的大瘟疫，势态极其严重，北京城死亡人数之多，竟达无人收尸的境地。
“死亡枕藉，十室九空，甚至户丁尽绝，无人收殓者”。
北京郊区的疫情同样严重。在通州:
“崇祯十六年癸未七月大疫，名曰疙疽病，比屋传染，有阖家丧亡竟无收敛者”。
昌平州的记载:
"十六年大疫 , 名曰 `疙疸病’，见则死 , 至有灭门者。"
通州和昌平的相继沦陷，意味着京师也绝难避免，崇祯十六年，“京师大疫 , 自二月至九月”。对于这次瘟疫，骆养性的回忆是：
"昨年京师瘟疫大作 , 死亡枕藉 ,十室九空 , 甚至户丁尽绝 , 无人收敛者。"
而瘟疫并没有在崇祯十六年停下在华北肆掠的脚步，崇祯十七年，天津大疫：
"上天降灾 , 瘟疫流行 , 自八月至今 (九月十五日 ) , 传染至盛。 有一、 二日亡者 , 有朝染夕亡者 , 日每不下数百人 , 甚有全家全亡不留一人者 , 排门逐户 , 无一保全。… …一人染疫 , 传及阖家 , 两月丧亡 , 至今转炽 , 城外遍地皆然 , 而城中尤甚 , 以致棺蒿充途 , 哀号满路。"
这场鼠疫，发生在北京城破前一年，北京每天死人上万，以至于城门都被运出的棺材堵塞。沿街的小商小贩，十之五六死去，死在门口的最多，街头连玩耍的孩子都没有了。不光小商小贩，死的人当中还有大批的士兵。严重鼠疫导致城内守军早已失去了战斗力。有数据统计，北京爆发瘟疫之初有2.7万匹战马。但到了李自成破城之前，北京军队中能够作战的马匹仅剩下了1000匹。而北京城的士兵更是由10万锐减到了5万，即便是侥幸存活下来的士兵，他们也因为身体虚弱、衣着狼狈而失去了战斗力，用鞭子抽都抽不起来，以至于李自成轻易的就夺取了北京城。
明朝的灭亡肯定不是由某一个原因导致的，有外部的原因，也有内部的原因。但毫无疑问，崇祯年间的那场造成一千万人死亡的鼠疫，无疑是压垮大明朝的最后一根稻草。
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