清朝的辉煌，西藏并入帝国疆域，与南疆的臣服
在明代，西藏与中央政府的关系是归顺附属关系，中央是西藏的宗主，实际的行政管辖权却有限。到了清代，最初中央政府也仅仅保留了象征性权力。当准噶尔人把和硕特部赶到青海之后，和硕特部与西藏的关系密切起来。西藏正处于教派的内斗时期，达赖虽然经过几次转世，但仍然只是众多的活佛之一，并没有掌握西藏的行政大权。
西藏
五世达赖为了控制西藏，邀请和硕特部的固始汗从青海前往西藏，帮助他统一西藏。和硕特蒙古由此和西藏形成了一种特殊的关联，从理论上，达赖是军事和民事的最高领导者。但实际上，却是由和硕特部的汗王出军队保卫西藏，而西藏的民事则掌握在达赖任命的一位摄政王的手中。通过这种安排，和硕特部就在西藏拥有了极高的地位。
噶尔丹时期，他的同学桑结嘉措当上了摄政王，勾结噶尔丹杀掉了和硕特部的车臣达延汗（固始汗的儿子）。这时，拥有极高威望和权力的五世达赖也去世了。摄政王桑结嘉措为了继续掌握权力，故意隐瞒了达赖去世的消息，迟迟不任命六世达赖，自己掌握了政权，代替死去的达赖进行统治。
葛尔丹武士
噶尔丹死后，和硕特部的拉藏汗见桑结嘉措没有了靠山，乘机从青海进入西藏，杀掉了桑结嘉措，和硕特部再次掌握了西藏的控制权。取代了噶尔丹的策妄阿拉布坦同样野心勃勃，妄图建立庞大帝国。由于西藏掌握了蒙古人的信仰，他首先征服的目标就是西藏。策妄阿拉布坦组织了一次极端大胆的攻击。策妄阿拉布坦派出大将策凌敦多布进攻西藏，策凌敦多布先是跨越了塔克拉玛干沙漠到达南疆，再翻越海拔五千多米的昆仑山，进入了西藏羌塘无人区，一路向南到达拉萨。由于他选择的道路过于惊世骇俗，拉藏汗根本没有想到他会出现，于是战败被杀，准噶尔人占据了拉萨。
拉萨
策凌敦多布占领拉萨的消息传到了北京。康熙五十七年（公元1718年），康熙帝派遣大军一万三千人从青海（走蒙元大道）进入西藏，援助西藏人驱赶准噶尔人。大军进到了藏北的那曲地区，与准噶尔人遭遇。由于地处高寒，粮运困难，加上地形不熟，清军被准噶尔人袭击了粮道，弹尽援绝，支撑了百余日之后，全军覆没。这是清军在西藏地区的最大损失。康熙帝听说大军失败，立刻决定再次起兵。他吸取了前次的教训，决定从四川和青海两方面同时进军。大将岳钟琪率军从四川沿炉藏官道直扑拉萨，与此同时，大将延信的军队从蒙元大道也到达了那曲地区。
康熙画像
准噶尔人由于在拉萨无法建立稳定的社会秩序，受到了西藏人的反对，他们立足不稳，在岳钟琪的打击下，向北逃窜，在那曲地区又被延信击溃，狼狈逃走。
赶走了准噶尔人之后，清朝乘机在西藏地区建立了统治基础，设立了驻藏大臣。虽然日常行政工作仍然由当地政府负责，但驻藏大臣拥有否决权和重大事务决定权。清政府还规定了达赖的转世规则，除了由当地人寻找达赖转世之外，还规定必须由中央政府主持金瓶掣签仪式，加强了喇嘛转世的监督。同时，清政府开始扶持另一个大喇嘛班禅额尔德尼，并将后藏的部分地区划给了班禅，试图在达赖与班禅之间形成平衡。经过了改造的西藏虽然仍然有很大的独立性，却已经嵌入了清政府的制度框架之中，形成有效管理，与其他更遥远的属国区分开来，西藏的特殊架构成了现代政治的基础。西藏归附后，准噶尔人或叛或附，仍然是清政府最大的敌人。康熙帝之后，雍正帝和乾隆帝都曾经为征服青海和新疆的蒙古人殚精竭虑。
直到乾隆二十二年（公元1757年），清政府才最终平定了不驯服的准噶尔人。此时距离清朝建国已经一百多年，花了几代人的工夫才最终将西部和北部的巨大疆土收入中央政府的控制之中。作为独立性最强的准噶尔人，在乾隆时期遭到了灭顶之灾。这个部族曾经控制了数百万平方公里的土地，人口却只有二十余万户、六十余万口。乾隆皇帝对这个民族恨之入骨，必让这片土地上不剩一个准噶尔的后代。
乾隆大阅图
南疆的臣服
维吾尔人在唐朝时称为回纥人，居住在蒙古境内。在回纥人之前，蒙古居住着突厥人，随着突厥帝国的崩溃，回纥人占据了突厥人的领地。在唐末，回纥人又被吉尔吉斯人击败，逃往了河西走廊地区和新疆东部。随着蒙古人的兴起，回纥人继续南迁来到了现在的南疆地区，居住在塔里木盆地的各个绿洲上，选择了伊斯兰教作为他们的宗教。
当北疆的准噶尔帝国扩张时，维吾尔人地区由于信奉了伊斯兰教的不同支派，分成了白山派和黑山派两大势力。由于黑山派占了上风，噶尔丹以支持白山派为借口入侵南疆，扶持了白山派的首领，建立了傀儡政权。
维吾尔族古代服饰
随着准噶尔的灭亡，南疆表面上臣属于清朝。领导南疆的是两位兄弟布罗尼特和霍集占，当地人尊称他们为大和卓、小和卓。出于对独立的渴望，他们发兵对抗清王朝，于是大小和卓之乱爆发。
大和卓的基地在喀什，小和卓的根据地在叶儿羌（现新疆叶城）。兄弟两人起兵从南疆出发，沿塔里木盆地的西北沿，向中部重镇库车进军。但兄弟两人却被清军击败，被围困在库车城内。只是由于清军将领的疏忽，他们才逃回了南疆。
清朝军队
大小和卓出兵失败后，就轮到清军出击了。为了彻底征服大小和卓，清朝将军兆惠率军向南疆两和卓的老巢进军。兆惠首先进攻了叶儿羌，不想这次他又被围困在了叶儿羌，情况危急。三个月后，清朝才发兵解救了弹尽援绝的兆惠，撤回了库车。经过了此次围困，兆惠等人意识到，由于地理广阔，仅仅依靠战争是不可能获得南疆的。
由于大小和卓在战争筹款时，对当地人进行了严苛的压榨，加上用人不当，已经激起了当地人的不满。兆惠展开了政治战和经济战。一方面，在已征服地区进行减税，并任用当地人担任首领；另一方面，将南疆奇缺的物资如布匹运送来，与当地人交换粮食和马匹。南疆虽然缺少布匹，但布匹并不是必需的军事物资，而粮食和马匹却是战争最不可或缺的。清军利用这种隐蔽的措施，逐渐削减了大小和卓的军事优势。
骏马
兆惠再次发兵时，大小和卓已经很难抵抗清军的入侵。他们逃往了境外的巴达克山（现阿富汗境内），被当地人杀死后送给清军。大小和卓的灭亡，让清政府获得了新疆的最后一块领土——南疆，也是新疆地区最富裕的所在，最终彻底统一了新疆。
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