清朝的輝煌，西藏併入帝國疆域，與南疆的臣服
在明代，西藏與中央政府的關係是歸順附屬關係，中央是西藏的宗主，實際的行政管轄權卻有限。到了清代，最初中央政府也僅僅保留了象徵性權力。當準噶爾人把和碩特部趕到青海之後，和碩特部與西藏的關係密切起來。西藏正處於教派的內鬥時期，達賴雖然經過幾次轉世，但仍然只是眾多的活佛之一，並沒有掌握西藏的行政大權。
西藏
五世達賴為了控制西藏，邀請和碩特部的固始汗從青海前往西藏，幫助他統一西藏。和碩特蒙古由此和西藏形成了一種特殊的關聯，從理論上，達賴是軍事和民事的最高領導者。但實際上，卻是由和碩特部的汗王出軍隊保衛西藏，而西藏的民事則掌握在達賴任命的一位攝政王的手中。通過這種安排，和碩特部就在西藏擁有了極高的地位。
噶爾丹時期，他的同學桑結嘉措當上了攝政王，勾結噶爾丹殺掉了和碩特部的車臣達延汗（固始汗的兒子）。這時，擁有極高威望和權力的五世達賴也去世了。攝政王桑結嘉措為了繼續掌握權力，故意隱瞞了達賴去世的消息，遲遲不任命六世達賴，自己掌握了政權，代替死去的達賴進行統治。
葛爾丹武士
噶爾丹死後，和碩特部的拉藏汗見桑結嘉措沒有了靠山，乘機從青海進入西藏，殺掉了桑結嘉措，和碩特部再次掌握了西藏的控制權。取代了噶爾丹的策妄阿拉布坦同樣野心勃勃，妄圖建立龐大帝國。由於西藏掌握了蒙古人的信仰，他首先征服的目標就是西藏。策妄阿拉布坦組織了一次極端大膽的攻擊。策妄阿拉布坦派出大將策凌敦多布進攻西藏，策凌敦多布先是跨越了塔克拉瑪干沙漠到達南疆，再翻越海拔五千多米的崑崙山，進入了西藏羌塘無人區，一路向南到達拉薩。由於他選擇的道路過於驚世駭俗，拉藏汗根本沒有想到他會出現，於是戰敗被殺，準噶爾人佔據了拉薩。
拉薩
策凌敦多布佔領拉薩的消息傳到了北京。康熙五十七年（公元1718年），康熙帝派遣大軍一萬三千人從青海（走蒙元大道）進入西藏，援助西藏人驅趕準噶爾人。大軍進到了藏北的那曲地區，與準噶爾人遭遇。由於地處高寒，糧運困難，加上地形不熟，清軍被準噶爾人襲擊了糧道，彈盡援絕，支撐了百餘日之後，全軍覆沒。這是清軍在西藏地區的最大損失。康熙帝聽說大軍失敗，立刻決定再次起兵。他吸取了前次的教訓，決定從四川和青海兩方面同時進軍。大將嶽鍾琪率軍從四川沿爐藏官道直撲拉薩，與此同時，大將延信的軍隊從蒙元大道也到達了那曲地區。
康熙畫像
準噶爾人由於在拉薩無法建立穩定的社會秩序，受到了西藏人的反對，他們立足不穩，在嶽鍾琪的打擊下，向北逃竄，在那曲地區又被延信擊潰，狼狽逃走。
趕走了準噶爾人之後，清朝乘機在西藏地區建立了統治基礎，設立了駐藏大臣。雖然日常行政工作仍然由當地政府負責，但駐藏大臣擁有否決權和重大事務決定權。清政府還規定了達賴的轉世規則，除了由當地人尋找達賴轉世之外，還規定必須由中央政府主持金瓶掣籤儀式，加強了喇嘛轉世的監督。同時，清政府開始扶持另一個大喇嘛班禪額爾德尼，並將後藏的部分地區劃給了班禪，試圖在達賴與班禪之間形成平衡。經過了改造的西藏雖然仍然有很大的獨立性，卻已經嵌入了清政府的制度框架之中，形成有效管理，與其他更遙遠的屬國區分開來，西藏的特殊架構成了現代政治的基礎。西藏歸附後，準噶爾人或叛或附，仍然是清政府最大的敵人。康熙帝之後，雍正帝和乾隆帝都曾經為征服青海和新疆的蒙古人殫精竭慮。
直到乾隆二十二年（公元1757年），清政府才最終平定了不馴服的準噶爾人。此時距離清朝建國已經一百多年，花了幾代人的工夫才最終將西部和北部的巨大疆土收入中央政府的控制之中。作為獨立性最強的準噶爾人，在乾隆時期遭到了滅頂之災。這個部族曾經控制了數百萬平方公里的土地，人口卻只有二十餘萬戶、六十餘萬口。乾隆皇帝對這個民族恨之入骨，必讓這片土地上不剩一個準噶爾的後代。
乾隆大閱圖
南疆的臣服
維吾爾人在唐朝時稱為回紇人，居住在蒙古境內。在回紇人之前，蒙古居住著突厥人，隨著突厥帝國的崩潰，回紇人佔據了突厥人的領地。在唐末，回紇人又被吉爾吉斯人擊敗，逃往了河西走廊地區和新疆東部。隨著蒙古人的興起，回紇人繼續南遷來到了現在的南疆地區，居住在塔里木盆地的各個綠洲上，選擇了伊斯蘭教作為他們的宗教。
當北疆的準噶爾帝國擴張時，維吾爾人地區由於信奉了伊斯蘭教的不同支派，分成了白山派和黑山派兩大勢力。由於黑山派佔了上風，噶爾丹以支持白山派為藉口入侵南疆，扶持了白山派的首領，建立了傀儡政權。
維吾爾族古代服飾
隨著準噶爾的滅亡，南疆表面上臣屬於清朝。領導南疆的是兩位兄弟布羅尼特和霍集佔，當地人尊稱他們為大和卓、小和卓。出於對獨立的渴望，他們發兵對抗清王朝，於是大小和卓之亂爆發。
大和卓的基地在喀什，小和卓的根據地在葉兒羌（現新疆葉城）。兄弟兩人起兵從南疆出發，沿塔里木盆地的西北沿，向中部重鎮庫車進軍。但兄弟兩人卻被清軍擊敗，被圍困在庫車城內。只是由於清軍將領的疏忽，他們才逃回了南疆。
清朝軍隊
大小和卓出兵失敗後，就輪到清軍出擊了。為了徹底征服大小和卓，清朝將軍兆惠率軍向南疆兩和卓的老巢進軍。兆惠首先進攻了葉兒羌，不想這次他又被圍困在了葉兒羌，情況危急。三個月後，清朝才發兵解救了彈盡援絕的兆惠，撤回了庫車。經過了此次圍困，兆惠等人意識到，由於地理廣闊，僅僅依靠戰爭是不可能獲得南疆的。
由於大小和卓在戰爭籌款時，對當地人進行了嚴苛的壓榨，加上用人不當，已經激起了當地人的不滿。兆惠展開了政治戰和經濟戰。一方面，在已征服地區進行減稅，並任用當地人擔任首領；另一方面，將南疆奇缺的物資如布匹運送來，與當地人交換糧食和馬匹。南疆雖然缺少布匹，但布匹並不是必需的軍事物資，而糧食和馬匹卻是戰爭最不可或缺的。清軍利用這種隱蔽的措施，逐漸削減了大小和卓的軍事優勢。
駿馬
兆惠再次發兵時，大小和卓已經很難抵抗清軍的入侵。他們逃往了境外的巴達克山（現阿富汗境內），被當地人殺死後送給清軍。大小和卓的滅亡，讓清政府獲得了新疆的最後一塊領土——南疆，也是新疆地區最富裕的所在，最終徹底統一了新疆。
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