剛收穫的甘薯的體積大、含水量多，組織細嫩、皮薄，容易破皮受傷,又易受冷、怕熱、怕幹、怕溼、怕悶，如果管理不好，很容易出現爛窖現象。因此，要保管好甘薯，使之安全貯藏，保證其不爛或少爛是至關重要的。因此，在貯藏期間應注意加強貯藏管理。
首先要把好入窖消毒關，甘薯在貯藏期間的主要病害是軟腐病、 黑斑病和莖線蟲病，其次為鐮刀菌幹腐病、青黴病等。發病原因是：薯塊感染病菌、柺子帶菌或病窖傳染等。薯塊受凍害、淹害或缺氧時，常發生軟腐病。黑斑病菌在貯藏初期氣溫較高時發病較重。因此，入窖前嚴格精選不帶病害的薯塊和薯窖消毒非常重要。
薯窖消毒一般按每立方米體積用硫磺50g，點燃，封閉窖門、窗，燻蒸3天3夜，也可在入窖前用2％福爾馬林或1％～2％硫酸銅噴灑消毒；為了預防病害，甘薯在入窖前可用50％代森銨稀釋 200～300倍，或50％甲基託布津，或25％多菌靈稀釋500～1 000倍浸薯lOmin，晾乾入窖可防黑斑病。對莖線蟲病嚴重的甘薯，收壟後，三壟合一壟，在田間用稀釋400～500倍辛硫磷噴灑薯塊，然後晾乾貯藏，對殺死薯塊表面線蟲有良好的效果。
其次要做好窖溫控制,在10℃以下時，薯塊的細胞原生質活動停滯，生理機能受到影響，因而發生冷害。當溫度在-2℃時，薯塊內部細胞間隙結冰，其組織被破壞，因而發生凍害。受冷害或凍害的薯塊由於生理作用反常，新陳代謝受到破壞，致使薯塊的貯藏性和抗病力降低，因而容易受病菌侵染，造成爛窖。在貯藏初期，氣溫較高，常出現呼吸高峰，薯堆內水氣多，溼度大，因而在薯塊表面會出現結露現象，發生溼窖。
甘薯在貯藏期間部分澱粉被轉化成糖，造成澱粉的損失。甘薯貯藏一個冬季後，其澱粉含量的降低佔總含量的20％左右。用貯藏時間過長的甘薯生產澱粉時，澱粉的產率將下降。因此，若用甘薯生產澱粉，除將其少部分鮮存以保證工廠的短時間加工生產外，通常都要將新鮮甘薯切片曬乾後貯藏，這樣可避免甘薯腐爛以及澱粉轉化為糖而造成的損失。
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