這一天是武德九年六月初三。就在李世民和他的幕僚們深夜密謀之際，天空中出現了太白星。這時候有個人把這一氣象，密奏高祖李淵，說是“太白星見於秦封地的分野，秦王會擁有天下。
這人是誰呢？傅奕。他曾做過隋朝禮部的屬官。精通天文歷數。唐初任太使丞，又升太史令。現在看起來，這個傅奕算是唐初的自然科學家，曾反對過佛教，甚至建議李淵把十萬僧尼配成夫婦，繁育後代，益國足兵。這樣一個無神論者，這時刻提出如此荒誕的氣象預言，很難讓人相信他沒有受人指使。
接到密奏的李淵連夜召李世民來見。李世民和他的幕僚們很為難，李淵此時召見，篤定是有意想不到的事情發生。去不去見呢？去，恐怕凶多吉少；不去，皇上必生疑心，對兵變不利。
商議之後，李世民還是去了。他吩咐長孫無忌密奏李淵，指出李建成和李元吉淫亂後宮。這樣可以拖延時間。安排妥當，李世民便去見李淵。
出乎意料的是，李世民一到李淵那裡，李淵竟然拿出傅奕的密奏給他看，李世民看完，心驚肉跳，跪地哭訴道：這是說我謀反啊，對於兄弟我無所虧欠，如今他們要殺我，好像是要為王世充、竇建德報仇，兒臣冤死，魂歸地下，永遠離開君親，不見這些賊人，見了都感到羞恥，父親可隨意處置我！
恰在此時，長孫無忌的密奏來了。李淵閱完奏章，表情驚愕而憤怒，把奏章一扔，對李世民說：明日追查這個事，你應該早些來朝參。
這個炎熱夏夜，李淵內心有沒有一種強烈的不安？會不會有一絲不祥的預感到一一就在明天，他將同時失去兩個親生兒子。
事實上，他做夢也沒想到。
武德九年（公元626年）六月初四清晨。秦王李世民率領長孫無忌、尉遲敬德、侯君集、張公謹等人，在玄武門埋下伏兵。
還記得李世民收買了兩個人吧。一個是太子宮率更丞王畦，另一個是玄武門的值班將士常何。正是這個常何，使李世民等人頂利進宮。
此時，張婕妤暗中得知了李世民密奏裡的內容。她急速通報太子和元吉。李建成遇事就找李元吉商量，今天也一樣。李元吉的意見是，咱們應該率領東 、齊王府的兵馬，託病不上朝，看情況再說。李建成則認為兵防都已齊備，應該同去上朝。李元吉的意見，李建成幾乎都予以採納，唯獨這一回他沒聽從。
這就是命！
那麼，李淵這時在做什麼呢？他打算胃集裴寂、蕭、陳叔達等人，詢問關於太子和李元吉的事情。
李建成和李元吉從玄武門進宮去面見父皇李淵，到了臨湖殿，發現殿周圍人馬閃動，感覺情況不妙。要說這兩兄弟反應也夠快的，立刻掉轉馬頭，飛一般往回疾馳，打算返回東宮府。但是，已經晚了。李世民拍馬追來，高喊李建成“大哥"，這是李世民最後一次呼喚自己的哥哥。
李元吉看出李世民的意圖，舉起弓箭要射殺李世民，不知是因為緊張，還是另有緣故，拉了三次也沒把弓拉滿，箭在中途落地。
這就是命，這就是純粹意義上的你死我活，你可以說李世民是出於求生本能，他舉箭瞄準李建成，“嗖"一箭過去，將李建成射死於馬下。緊接著，尉遲敬德率領七十騎趕到，射殺李元吉，李元吉墜馬。
此時，李世民的馬忽然受驚，直奔樹林，被樹枝掛倒，半天沒站起來。李元吉很快朝李世民跑來，奪了李世民的弓企圖將他扼殺。危急時刻，尉遲敬德追來，李元吉才放過李世民，往武德殿奔逃，尉遲敬德趕上，射殺了李元吉。
李建成喪命的噩耗很快傳到東宮，東宮翊衛車騎將軍馮立嘆息說：他活著的時候，我們接受他的恩惠，他死了我們怎麼躲避他帶來的災難啊！隨後他與東宮副護衛車騎將軍薛萬徹、屈喹、謝叔方等人率領東宮、齊王府的兩千精兵飛奔到玄武門。李世民手下將領張公謹力大，將宮門緊閉，頗有一夫當關，萬夫難開的氣勢。薛萬徹軍無法進入。掌管宿衛兵的雲麾將軍敬君弘，駐守玄武門，挺身出戰，與內府中郎將呂世衡一起戰死。
宿衛兵和薛萬徹軍麈戰很久，薛萬徹攻不開城門，就擊鼓喧囂，揚言要去攻打秦王府。這時候，秦王府的兵力都聚集在玄武門，府中只留下房玄齡、杜如晦等文官，還有李世民的妻子長孫氏，以及兩個孩子承乾和青鳥。秦王軍將士很惶恐，恰好尉遲敬德提著太子李建成和齊王李元吉首級趕到，東宮和齊王府的人一見首領的腦袋，立刻軍心渙散，作鳥獸散。薛萬徹控制不住局面，帶著數十騎兵倉皇逃往終南山。
東宮翊衛車騎將軍馮立最後幹了一件事——殺了敬君弘，對他的部下說：這也足以回報太子了！之後，解散了軍隊，逃往郊野。
此時，皇帝李淵還丁點不知道玄武門的事情。突然，尉遲敬德全身披甲，手持長矛，闖入宮中。李淵很吃驚，大叫誰在作亂？你們來這裡幹什麼？尉遲敬德說：太子和齊王作亂謀反，秦王派兵討伐，現已將二人誅殺，恐怕驚動陛下，所以派我來保衛陛下。
可以說，李世民這時已獲得了勝利。然而，他贏得實在很僥倖。人說九死一生，而李世民是“五死一生"。
他的第一死：李淵將傅奕的密奏給他看，說明李淵對這個秦王已存戒心，可以謀反罪將他誅殺；
第二死：太子和齊王密謀在昆明池對他下手，如果不反抗，必死無疑；
第三死：齊王李元吉的弓拉了三次沒有拉滿，當李世民跌倒樹林間，李元吉趕上要殺他，尉遲敬德出現了。這才逃過一劫；
第四死：雙方兵力之懸殊，東宮有長林軍，齊王手握征討突厥的統兵權。如果不是李世民收買了玄武門值班將士常何，先行進入宮中，後果不堪設想。再者，如果常何臨時叛變，李世民也將死於太子之手；
第五死：如果不是尉遲敬德提著太子和齊王的人頭及時出現，薛萬徹去攻打秦王府，勢必會拿長孫氏及其孩子相要挾，事情恐怕又是另一種結局，李淵會放過他嗎？
一切生死成敗，盡在轉瞬之間。這就是命！歷史很無奈，但，歷史從不曾心軟。
事已至此，李淵沒有任何辦法。他問裴寂等人：沒想到發生這樣的事，沒想到他們兄弟之間，竟是這樣一個結局，現在應該怎麼辦？
心裡一直支持李世民而不敢公開的蕭瑤、陳叔達等人回答：當初，建成和元吉沒有參加起義，對於帝國的建立沒有功勞，因而他們嫉妒秦王，共同設下毒計，要加害秦王，如今秦王嫉妒他們，已將他們誅殺，秦王功蓋過世，全國歸心，陛下若封他為太子，將國事交付於他，就不會發生事端了，天下就太平了。
此刻的李淵，既遭受喪子之痛的打擊，又被驚嚇。極度悲傷、震驚中的李淵，已然沒了主意，只得聽從近臣的建議，他說這樣很好，這也是我的心願。
事情平息之後，李淵召見李世民，對他進行安撫。他撫摩著李世民的頭說：這些日子以來，朕差點被人言所誤。
李世民跪在地上，臉龐緊貼著父親的胸膛，泣不成聲，長久痛哭。他真的傷心，真的痛苦。他終於獲取了皇位，終於能執掌朝政國事，而得到這一切所付出的代價何其巨大。可悲的是，這一切值得還是不值得，由不得他做主。他忽然感到無比的空虛和悲慟，他為他的父親哭泣，為他的兄弟哭泣，也為自己哭泣。
玄武門事變後，李建成的兒子安陸王李承道、武安王李承訓、河東王李承德、汝南土李承明、鉅鹿王李承義，以及李元吉的兒子梁郡王李承業、漁陽王李承鸞、普安王李承獎、江夏王李承裕、義陽王李承度等，接二連三被誅殺。這就是宮廷政變的特點之一：失敗一方的親屬家眷無一倖免。講究的是斬草除根。
而且，李世民手下的將領們，還想殺盡李建成和李元吉府裡的數百人，並沒收他們的家產。正要動手，尉遲敬德出面制止，他說：罪在兩個元兇，他們已經死了，若再濫殺無辜，宮廷會不安寧。將領們這才罷手。
就在當天，高祖李淵下詔說：赦免天下，叛逆罪人只是李建成、李元吉。其餘參與者，全不追究。國家政事由秦王處理。
六月初五，逃匿的馮立、謝淑芳等人，相繼投案自首。薛萬徹仍逃亡在外，躲藏起來。李世民屢次派人勸解，薛萬徹才回長安投案。李世民認為，這些人忠於他們的主人，是義士。全都不予追究。
對待東宮的將士，李世民的態度很寬容。而太子府和齊王府的男性家眷幾乎被殺盡，女眷則被收入宮中。只剩下一個，就是齊王李元吉的愛妃楊氏。這個楊氏很神秘，在新舊《唐書》的后妃傳裡都沒她。
只是留下她和李世民的一段戀愛野史一一
據說，這個楊氏原是長安城的一個舞伎，美豔異常，清純且勾魂，又善吟詩作賦，是一個極有品位的女人。相形之下，李元吉相貌粗鄙，性情陰鬱，他利用自己的皇室地位，將楊氏弄到手。楊氏猶如一朵鮮花插在那什麼上。可是，婚後沒多久，李元吉就厭倦了這朵花，又去找別的花往自己身上插。楊氏呢，便獨守空房，任青春年華落花流水而去。李世民與楊氏結識後，總是尋找機會接近她 。
玄武門政變時，楊氏23歲，目睹自己的丈夫慘死在親人手裡，對李世民是又愛又恨。後來，在長孫皇后的同意下，將李明過繼到齊王李元吉的名下。
《舊唐書》記載：“詔令繼巢敕王元吉後。"就是說，這個過繼給齊王李元吉當兒子的李明，最終被地方官員殺死。但是，沒有關於楊氏這個齊王妃的記載。所以，關於李世民“殺弟奪妻"一說，“殺弟"是真， “奪妻"未必能成立。
玄武門之變後兩個月，李淵詔令傳位於新太子李世民。李世民聽信房玄齡等人的勸解，推辭不接受。李淵只好退位，為太上皇，李世民即皇帝位於東宮顯德殿，自此開創貞觀盛世。而玄武門政變，終究是李世民人生中慘痛又黑暗的一筆，無法抹去。
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