增值稅一般納稅人和小規模納稅人在稅收徵管上有很多不同點，在這裡僅就五點較為明顯的進行說明：
1、增值稅專用發票的使用權利不同。增值稅一般納稅人可以向稅務機關領購使用專用發票，而增值稅小規模納稅人不能領購專用發票，因購貨方索取確有需要的，可向主管稅務機關申請代開。（目前暫時對某幾個行業的小規模納稅人開具增值稅專用發票實行試點，如住宿業、建築業等）。
2、應納稅額的計算方法不同。一般納稅人採用一般計稅方法計算應納稅額，即：應納稅額=當期銷項稅額-當期進項稅額。因此，一般納稅人可以憑合法的扣稅憑證抵扣進項稅額。而小規模納稅人採用簡易計稅方法計算應納稅額，即按照銷售額和規定的徵收率計算應納稅額，其計算公式為：應納稅額=銷售額*徵收率。小規模納稅人不得抵扣進項稅額。
3、含稅的銷售額換算公式不同。一般納稅人的含稅銷售額（除按規定可以採取簡易計稅方法計算繳納增值稅以外）換算成不含稅銷售額，其換算公式為：銷售額=含稅銷售額/（1+稅率）。小規模納稅人的含稅銷售額換算為不含稅銷售額，換算公式為：銷售額=含稅銷售額/（1+徵收率）。
4、享受稅收優惠的待遇不同。只有作為增值稅小規模納稅人的個體工商戶才能享受到增值稅起徵點的稅收優惠，只有屬於小規模納稅人的小微企業可以享受月銷售額3萬元（季銷售額9萬元）以下免徵增值稅優惠，一般納稅人不可能適用起徵點的優惠和小微企業免稅優惠。
5、納稅期限不同。小規模納稅人的納稅期限通常為一個季度，而一般納稅人（除金融業外）納稅期限最長為一個月。
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