1945年12月在北平以漢奸罪名被蔣介石主政的國民政府逮捕，並押解南京受審，監禁於老虎橋監獄。
大約是被判的一週後，周作人的朋友胡適得到消息，突然來到了他的囚室。“知堂兄，你學問很高，可惜你政治上表現得不成熟啊，小弟對你的遭遇除了同情外就是深深的惋惜呀！”胡適在監獄長的親自陪同下，一進他的監室就開口對他說，“……我常奉勸你多做學問，少問政治！日本人來了，朋友們都勸你離開北平，可你不聽，你不明白你只是一個學者，而不是一個政治家，充其量也就是政治家的一個陪襯而已，結果，才落到如今的地步……”
周作人見胡適一進門就當著監獄長的面這樣責怪他，一時悲憤交加，他不能自持地哭道：“我如今已經是被判極刑的人了，那些難堪往事還提他有何用呢！現雖已上訴南京最高法院，但今生還有活命，就全靠您老弟為之奔走了！憑先生的聲望，想必蔣委員長也……”“這個請知堂兄放心，我胡適的為人想必你也是知道的……”
一旁的陳監獄長，連忙點頭稱是。而坐著的周作人此時已經又一次不能自持，他除了不斷說著“多謝”以外，開始覺得手足無措，只有聽話的淚水和不聽話的鼻涕交混於一體……
1947年春天的一個下午，周作人突然被四個武裝軍警從囚室裡拖了出來，未等他分辯，一副閃亮的鋼銬已經牢牢地將他的雙腕鎖住。他頓時覺得眼前一黑，便失去了知覺。也不知過了多久，他從昏昏沉沉中醒來時，發現押送他的車子已經停在法院門口。“難道今天要執行？不像，執行就不會被押到監外，都是在監內那片荒地上，執行前也要讓我吃頓斷頭飯，再者，要是執行早就該執行了，不該拖到現在。一定是胡適的遊說取得成功給予改判了。”想到這裡，他心裡有些難以剋制的興奮。令他始料不及的是戰犯軍事法庭竟判了他十五年，這讓他在現場險些跌倒。
“……我周知堂已經年過花甲，政府還要判我十五年，以我老殘之身，這樣的改判形同無期，與死無甚相差，最高法院為何不講道理……”他老淚縱橫地說。“政府對你寬大，你非但不感謝，還誣衊最高法院不講理，你簡直是個瘋子……”“我還要提出上訴……”即使他的聲音再高，也敵不過押他重新回到監獄的囚車那刺耳的警笛聲。
周作人的日本太太羽太信子後來對他說，胡適先生這次為你找到了老蔣才得以成功的，你所願望的立刻出去是根本辦不到的。聽胡先生講，凡屬有名的漢奸都要處以死刑，即使與蔣關係密切的周佛海，最終也就落得個無期！而你卻能努力到有期，已經是很不容易了！……
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