1902年，他東渡日本，開始在東京弘文學院補習日語，後來進入仙台醫學專門學校。他之選擇學醫，意在救治像他父親那樣被庸醫所害的病人，改善被譏為“東亞病夫”的中國人的健康狀況。日本就是通過西方的醫學認識到西方科學技術的價值和意義的，魯迅也想通過醫學啟發中國人的覺悟。但他的這種夢想並沒有維持多久，就被嚴酷的現實粉碎了。當時的日本通過明治維新迅速強大起來，但日本軍國主義的勢力也在同時發展著。在日本，作為一個弱國子民的魯迅，經常受到具有軍國主義傾向的日本人的歧視。在他們的眼睛裡，凡是中國人都是“低能兒”，魯迅的解剖學成績是59分，就被他們懷疑為擔任解剖課的教師藤野嚴九郎把考題洩露給了他。這使魯迅深感作為一個弱國子民的悲哀。有一次，在上課前放映的幻燈畫片中，魯迅看到一箇中國人被日本軍隊捉住殺頭，一群中國人卻若無其事地站在旁邊看熱鬧。魯迅受到極大的刺激。這使他認識到，精神上的麻木比身體上的虛弱更加可怕。要改變中華民族在強國林立的現代世界上的悲劇命運，首要的是改變中國人的精神，而善於改變中國人的精神的，則首先是文學和藝術。於是魯迅棄醫從文，離開仙台醫學專門學校，回到東京，翻譯外國文學作品，籌辦文學雜誌，發表文章，從事文學活動。在當時，他與朋友們討論最多的是關於中國國民性的問題：怎樣才是理想的人性?中國國民性中最缺乏的是什麼?它的病根何在?通過這種思考，魯迅把個人的人生體驗同整個中華民族的命運聯繫起來，奠定了他後來作為一個文學家、思想家的基本思想基礎。在當時，他和他的二弟周作人共同翻譯了兩冊《域外小說集》，他個人單獨發表了《科學史教篇》《文化偏至論》《摩羅詩力說》等一系列重要論文。在這些論文中，他提出了“立國”必先“立人”的重要思想，並熱情地呼喚“立意在反抗，指歸在動作”的“精神界之戰士”。
在留學日本期間，魯迅對當代世界文化的發展有了更清醒的認識，對中華民族的前途和命運有了更切實的思考，也初步形成了他的獨立的世界觀和人生觀，但是，魯迅不是一個“振臂一呼，應者雲集”的英雄，他的思想和感情不但為當時大多數的中國人所無法理解，就是在留日學生中也很難得到廣泛的響應。他翻譯的外國小說只能賣出幾十冊，他籌辦的文學雜誌也因缺乏資金而未能出版。家計的艱難使魯迅不得不回國謀職。1909年，他從日本歸國，先後在杭州浙江兩級師範學堂和紹興府中學堂任教員。 魯迅在仙台醫專的學年考試成績如下:
解剖學59.3分，組織學72.7分，生理學63.3分，倫理83分，德語60分，物理學60分，化學60分。142人中列為第68名。
醫學成績不敢恭維 魯迅棄醫從文只因學醫失敗?
偶然讀到文學博士、教授葛紅兵一篇文章，裡面有一段話，講到魯迅棄醫從文，他是這樣說的：“魯迅的棄醫從文與其說是愛國的表現，不如說他是學醫失敗的結果，相比較而言，他的醫學成績實在是不敢恭維。”此文題目是《話語領袖與聖人迷信》，編在葛氏一本叫《橫眼豎看》的集子裡，第155頁(花城出版社2003年5月版)。
也許是我孤陋寡聞，這樣說法還真是頭一次看到。趕忙往下讀，連翻幾頁也沒有讀到魯迅“學醫失敗”的佐證。原來葛氏在這裡只是下了一句沒有例證的斷語，放一槍就跑掉了。那麼，“魯迅學醫的成績”，到底是怎樣的呢？翻了一些魯迅傳記和回憶資料之類文字，有的沒有談，有的談了一個大概，沒有分數，比如林志浩《魯迅傳》第48頁說：“在142個同學中，魯迅名列第68。”有的談了具體分數，但科目不全，如李歐梵《鐵屋中的吶喊》第13頁：“魯迅在仙台醫專的考試成績，後來由‘仙台魯迅之友社’做過專門調查，很能說明魯迅對知識的興趣，他考得最好的一門是倫理學，83分。作為一個外國學生，平均65.5的分數總還不錯。分數最低的一門是解剖學，得59.3分，離及格也相差不遠。”終於查出了魯迅在仙台醫專的各科考試成績，是在周作人的回憶文集《魯迅的青年時代》第35—36頁上：“在小林博士那裡又保留著1905年春季升級考試的分數單，列有魯迅的各項分數，照錄於下：解剖五十九分三/組織七十三分七/生理六十三分三/倫理八十三分/德文六十分/物理六十分/化學六十分/平均六十五分五，一百四十二人中間列第六十八名。”(見河北教育2003年6月版，引文中的倫理為63分，顯為編校之誤，筆者在此照李歐梵文做了訂正)據周作人如上的回憶文章，小林即小林茂雄，是魯迅仙台學醫的同班生，後來成為醫學博士。看來以上各書分數資料，都是源自於小林保存的分數單。
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