清秀俊美的林清羽從小就被嚴厲的父親要求練習小提琴，儘管林清羽並不喜歡，父親因為心臟病意外去世後，林清羽獨自一人到麗江旅行散心。林清羽在餐館吃完飯後發現自己的錢包丟了，老闆好心沒收錢，路過的納西族帥哥阿仁希望身無分文林清羽可以去村裡當老師。
阿仁所在的龍溪村缺少一位小學老師，他和好兄弟阿布趁著趕集到鎮上去招支教老師，林清羽答應了阿仁的請求。三人在回村的路上，林清羽不小心掉到河裡後生病了，阿仁按照納西族的土方，給林清羽做人工呼吸，他的病情終於有所好轉。
林清羽教書不太行，但小提琴拉得好，學生們都很喜歡這個年輕帥氣的老師，但是阿布卻認為林清羽沒有認真上課，只會和孩子們玩，偷偷把林清羽的琴絃弄斷了。林清羽很生氣，一個人在山頂上拉琴，阿仁帶了一隻小奶狗陪著林清羽。
阿仁唱了一首山歌，說的是兩個相愛的人得不到認可，就去玉龍雪山上跳崖，去到一個沒有痛苦的第三國度。林清羽主動問阿仁有沒有可以一起去第三國度的愛人，阿仁否認，林清羽也主動告訴阿仁自己來到麗江的原因。父親的去世和壓抑的自我讓林清羽覺得很累，來到麗江可以說是為了散心，也可以是逃避。
阿仁惦記著林清羽被弄斷的琴絃，想趁著趕集去給林清羽買琴絃，但是因為天氣沒有去成。惡劣的天氣把學校吹塌了，搶救物資的時候阿布因為林清羽受傷，自責的林清羽主動和阿仁一起上山採藥。在登山的路上，身體瘦弱的林清羽意外受傷，又遇到暴雪天氣，幸好有阿仁搭救，兩人安全的在山洞裡休息。
阿仁給林清羽按摩受傷的腳，為了讓身體可以暖和一些，阿仁和林清羽主動用酒給對方擦背，狹小靜謐的山洞裡，兩人的呼吸聲都變得十分清晰，壓抑的自我慢慢覺醒，阿仁握住林清羽的手，兩人深情地看著對方，度過了一個美好的夜晚。
林清羽和阿仁交換了定情信物，然而兩人戀愛的香甜氣味引起了單身狗阿布的注意。阿仁從背後抱著林清羽，在耳邊親暱的說著“穿上這件衣服，洗過神泉，你就是我的人了”，這一切卻被阿布看到了，而阿布也注意到林清羽脖子上戴著阿仁的定情信物。
電影《第三國度》把故事設定在傳統而落後的偏遠山區，當一段不被世俗認可的愛戀出現在落後狹隘的村落裡，兩個情竇初開的年輕人只能選擇前往歌裡描述的“第三國度”。林清羽和阿仁是不同世界的人，一個是才華橫溢的都市青年，一個是熱愛村落並決心奉獻自己的年輕人。
兩個不同世界的人，加上一段不能被認同的愛情，現實裡註定不能走到一起，好在有一個自由的“第三國度”，讓這兩個相愛的人可以永遠的在一起。只希望大家一定要好好活著，“不到終點絕對不要下車”。
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