影片《海底总动员》故事发生在澳大利亚海岸线的大堡礁附近。那里是个色彩斑斓、生气盎然的世界，有着各种各样、千奇百怪的海洋生物。我们的主人公小丑鱼马林和他的爱妻就生活在这里。他们产卵生子，过着快乐幸福的生活。鳖鱼的意外攻击使马林丧妻丧子，小丑鱼不再幸福，从此小心谨慎、萎萎缩缩地生活。
还好，命运留给了他惟一的一只鱼卵，为了纪念亡妻给他取名尼莫。马林对惟一的儿子关怀备至，不让他受一点点伤害。马林担心失去惟一的儿子，就教育尼莫大海是恐怖的，千万不能到大堡礁以外的海域去。但不断长大的尼莫，对大海充满了探索的渴望。尼莫的莽撞使他落人了潜水员之手，他被带到了悉尼牙医办公室的水族箱里，远离了父亲马林为了找回惟一的儿子不得不远涉重洋，开始了充满险恶的寻亲之旅。途中结识了健忘又热心的蓝色唐王鱼，她陪伴着马林完成了这段冒险，虽然她的健忘闹出了不少笑话，但她的乐观与热情深深影响着马林。
马林在经历许多磨难之后变得勇敢了，成为儿子心中、甚至整个大海的英雄。而尼莫波折的离家经历也使他对成长有所感悟，渐渐长大。在父子的共同努力下，在海洋居民的帮助下，他们终于团圆了。从此幸福地生活一下去。影片以父子亲情为主题，讲述了一个辛酸又不乏欢乐的故事。父子亲情，是由父子间与生俱来的爱交织起来的，是天然的无法割舍的情感。然而爱之极必生恨，父子的爱与被爱实际上又存在着一种莫名的冲突。尼莫的三个字”我恨你”深深刺痛了父亲的心，父亲的良苦用心却使儿子产生了恨，马林不理解，对怎样做父亲困惑了。而人类的父母对这个问题又何尝不困惑呢?
正像导演斯坦顿所说:“困难的选择在于你是做他们的父母还是朋友。任选其一。”父亲角色的选择始终是个两难问题。父亲经历了生死考验，结识了新伙伴多莉，万般“风雨”之后，父亲终于悟彻了一个道理:父爱并不是一味地呵护孩子，而是为其提供宽松的环境让其自主地进行磨砺与成长，这才是父爱的责任所在。父亲在孩子的成长过程中应当扮演什么样的角色，怎样把亲情与教育的关系平衡处之，怎样使孩子既明白你的良苦用心，又不伤害到父子亲，这些问题也同样困扰着人类。
与其说这是两条小鱼的问题还不如说是人类的问题。父子间的冲突就像爱一样与生俱来，而且随着人类生命的延续，父子的爱与冲突也将永恒下去。海底世界的芸芸众生在银幕上却是那么的个性鲜明而又类型多样，让人感觉那是海洋版的另一个人类社会，那是人类的童话世界。海洋居民的可爱甚至可敬的形象，令人久久难以忘怀。小丑鱼父子的形象是影片的重墨之笔。
小丑鱼的形象本身就不具有攻击性，在危机四伏的海底世界，他们就是弱势群体，加之他们这次的对手是强大的人类，这一切使观众徒增了一份同情与担忧。丧妻丧子的灾难更使父亲马林缩手缩脚地行事，对大海的恐惧及对惟一儿子强烈的保护欲，让他的神经极其敏感。安安稳稳地和儿子共度余生恐怕是他最大的愿望。
儿子的生死未卜和保护儿子的誓言促使他克服自身的心理障碍，勇敢地走上r艰险的寻亲之路。只会讲笑话的小丑鱼只能靠海葵的刺保护自己的家，现在的他必须走出大海面对那不可想象的困难，然而伟大的父爱带他走完了这一征程，一路上马林战胜了许多艰难险阻，从而从一个胆小鬼成长为一个英雄。在马林性格的变化中，多莉的作用不可忽视。胆怯是马林多年凝固下来的性格，光靠自身的力量无法完成性格转变，多莉乐观与热情的性格在其中起了推波助澜的作用。
无论是在鳖鱼面前的逗趣，海蛰阵中的游戏，还是鲸鱼嘴里的歌唱都给了马林以莫大的精神鼓励。有了多莉的陪伴，马林黑暗中不再恐惧和孤寂。马林的胆小，多莉的健忘都有可能导致寻亲的失败，但命运偏偏让他们走到一r一起，相互扶持着走过艰辛，这是友谊加爱情的力量`尼莫是从小娇生惯养的孩子，没经历过什么风雨，自然更不知道什么是磨难。一时的莽撞使他失去了父亲的呵护。
牙医水族箱的生活把他塑造成勇敢又自立的孩子，每天构思着牵强又伟大的逃生计划。毕竟尼莫是个不谙时世的孩子，他的成长需要契机与过程，水族箱的“老大”吉哥给了他很大的帮助。钻出吸水管是尼莫独立的开始，吉哥的“接风”仪式让他品尝到了勇敢的快乐。尼莫的成长过程中吉哥的鼓励与引导不可或缺。可以说尼莫是“踩”着吉哥的肩膀逃出“水牢”的，反过来，尼莫的出逃也是吉哥多年夙愿的另一种实现。
除此之外，《海底总动员》塑造了众多个性鲜明，形状各异的海洋居民形象，并且做了艺术的夸张，使海洋世界妙趣横生，让观众应接不暇，慨叹大海造物之奇妙,如水族箱里的小鱼就是海洋社会的一个缩影，有专管监督牙医的海星小桃，真正的海洋中是没有如此艳丽的海星的，那粉红的颜色使它倍加可爱;职业清洁员虾虾，在现实中是没有那么快捷的清扫动作的，而在片中它伴着轻快的手风琴音乐利索地完成清洁工作;酷爱收集泡泡的黄色唐王鱼，恐怕在海底是很难找到有那么多泡泡的珠宝箱的;还有特立独行的神仙鱼吉哥，有着令人生畏的威严和刀疤脸，等等，这些形象栩栩如生让你感觉这不是一群小鱼在表演，而是他们活脱脱的海洋生活纪实片。
在《海底总动员》中人类始终是作为反面角色出现的，是海洋环境的破坏者，破坏海洋居民的生存环境，破坏他们的感情生活。牙医是罪魁祸首，凭借自己的喜好把许多有生命、有思想的鱼类困在他的“水牢”中。而他的侄女更是鱼类的杀手，水族箱的居民愤恨地称她为“鱼类的克星”。这样处理人类的角色是影片有意识地唤醒人类的海洋保护意识，想要告诉人们，尤其是小朋友们应该爱护鱼类，因为它们是和我们人类一样是有思想、有感情的，有平等生存权利的地球居民。
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