影片《海底總動員》故事發生在澳大利亞海岸線的大堡礁附近。那裡是個色彩斑斕、生氣盎然的世界，有著各種各樣、千奇百怪的海洋生物。我們的主人公小丑魚馬林和他的愛妻就生活在這裡。他們產卵生子，過著快樂幸福的生活。鱉魚的意外攻擊使馬林喪妻喪子，小丑魚不再幸福，從此小心謹慎、萎萎縮縮地生活。
還好，命運留給了他惟一的一隻魚卵，為了紀念亡妻給他取名尼莫。馬林對惟一的兒子關懷備至，不讓他受一點點傷害。馬林擔心失去惟一的兒子，就教育尼莫大海是恐怖的，千萬不能到大堡礁以外的海域去。但不斷長大的尼莫，對大海充滿了探索的渴望。尼莫的莽撞使他落人了潛水員之手，他被帶到了悉尼牙醫辦公室的水族箱裡，遠離了父親馬林為了找回惟一的兒子不得不遠涉重洋，開始了充滿險惡的尋親之旅。途中結識了健忘又熱心的藍色唐王魚，她陪伴著馬林完成了這段冒險，雖然她的健忘鬧出了不少笑話，但她的樂觀與熱情深深影響著馬林。
馬林在經歷許多磨難之後變得勇敢了，成為兒子心中、甚至整個大海的英雄。而尼莫波折的離家經歷也使他對成長有所感悟，漸漸長大。在父子的共同努力下，在海洋居民的幫助下，他們終於團圓了。從此幸福地生活一下去。影片以父子親情為主題，講述了一個辛酸又不乏歡樂的故事。父子親情，是由父子間與生俱來的愛交織起來的，是天然的無法割捨的情感。然而愛之極必生恨，父子的愛與被愛實際上又存在著一種莫名的衝突。尼莫的三個字”我恨你”深深刺痛了父親的心，父親的良苦用心卻使兒子產生了恨，馬林不理解，對怎樣做父親困惑了。而人類的父母對這個問題又何嘗不困惑呢?
正像導演斯坦頓所說:“困難的選擇在於你是做他們的父母還是朋友。任選其一。”父親角色的選擇始終是個兩難問題。父親經歷了生死考驗，結識了新夥伴多莉，萬般“風雨”之後，父親終於悟徹了一個道理:父愛並不是一味地呵護孩子，而是為其提供寬鬆的環境讓其自主地進行磨礪與成長，這才是父愛的責任所在。父親在孩子的成長過程中應當扮演什麼樣的角色，怎樣把親情與教育的關係平衡處之，怎樣使孩子既明白你的良苦用心，又不傷害到父子親，這些問題也同樣困擾著人類。
與其說這是兩條小魚的問題還不如說是人類的問題。父子間的衝突就像愛一樣與生俱來，而且隨著人類生命的延續，父子的愛與衝突也將永恆下去。海底世界的芸芸眾生在銀幕上卻是那麼的個性鮮明而又類型多樣，讓人感覺那是海洋版的另一個人類社會，那是人類的童話世界。海洋居民的可愛甚至可敬的形象，令人久久難以忘懷。小丑魚父子的形象是影片的重墨之筆。
小丑魚的形象本身就不具有攻擊性，在危機四伏的海底世界，他們就是弱勢群體，加之他們這次的對手是強大的人類，這一切使觀眾徒增了一份同情與擔憂。喪妻喪子的災難更使父親馬林縮手縮腳地行事，對大海的恐懼及對惟一兒子強烈的保護欲，讓他的神經極其敏感。安安穩穩地和兒子共度餘生恐怕是他最大的願望。
兒子的生死未卜和保護兒子的誓言促使他克服自身的心理障礙，勇敢地走上r艱險的尋親之路。只會講笑話的小丑魚只能靠海葵的刺保護自己的家，現在的他必須走出大海面對那不可想象的困難，然而偉大的父愛帶他走完了這一征程，一路上馬林戰勝了許多艱難險阻，從而從一個膽小鬼成長為一個英雄。在馬林性格的變化中，多莉的作用不可忽視。膽怯是馬林多年凝固下來的性格，光靠自身的力量無法完成性格轉變，多莉樂觀與熱情的性格在其中起了推波助瀾的作用。
無論是在鱉魚面前的逗趣，海蟄陣中的遊戲，還是鯨魚嘴裡的歌唱都給了馬林以莫大的精神鼓勵。有了多莉的陪伴，馬林黑暗中不再恐懼和孤寂。馬林的膽小，多莉的健忘都有可能導致尋親的失敗，但命運偏偏讓他們走到一r一起，相互扶持著走過艱辛，這是友誼加愛情的力量`尼莫是從小嬌生慣養的孩子，沒經歷過什麼風雨，自然更不知道什麼是磨難。一時的莽撞使他失去了父親的呵護。
牙醫水族箱的生活把他塑造成勇敢又自立的孩子，每天構思著牽強又偉大的逃生計劃。畢竟尼莫是個不諳時世的孩子，他的成長需要契機與過程，水族箱的“老大”吉哥給了他很大的幫助。鑽出吸水管是尼莫獨立的開始，吉哥的“接風”儀式讓他品嚐到了勇敢的快樂。尼莫的成長過程中吉哥的鼓勵與引導不可或缺。可以說尼莫是“踩”著吉哥的肩膀逃出“水牢”的，反過來，尼莫的出逃也是吉哥多年夙願的另一種實現。
除此之外，《海底總動員》塑造了眾多個性鮮明，形狀各異的海洋居民形象，並且做了藝術的誇張，使海洋世界妙趣橫生，讓觀眾應接不暇，慨嘆大海造物之奇妙,如水族箱裡的小魚就是海洋社會的一個縮影，有專管監督牙醫的海星小桃，真正的海洋中是沒有如此豔麗的海星的，那粉紅的顏色使它倍加可愛;職業清潔員蝦蝦，在現實中是沒有那麼快捷的清掃動作的，而在片中它伴著輕快的手風琴音樂利索地完成清潔工作;酷愛收集泡泡的黃色唐王魚，恐怕在海底是很難找到有那麼多泡泡的珠寶箱的;還有特立獨行的神仙魚吉哥，有著令人生畏的威嚴和刀疤臉，等等，這些形象栩栩如生讓你感覺這不是一群小魚在表演，而是他們活脫脫的海洋生活紀實片。
在《海底總動員》中人類始終是作為反面角色出現的，是海洋環境的破壞者，破壞海洋居民的生存環境，破壞他們的感情生活。牙醫是罪魁禍首，憑藉自己的喜好把許多有生命、有思想的魚類困在他的“水牢”中。而他的侄女更是魚類的殺手，水族箱的居民憤恨地稱她為“魚類的剋星”。這樣處理人類的角色是影片有意識地喚醒人類的海洋保護意識，想要告訴人們，尤其是小朋友們應該愛護魚類，因為它們是和我們人類一樣是有思想、有感情的，有平等生存權利的地球居民。
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