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答案很简单，这就是一种西式的海军礼节。不过，这种礼节并不仅限于军舰进出港时行礼，在举行海上阅舰式等盛大活动时也能见到，而且行礼时不光是水兵参加，舰上的军官也会参加，通常不会同时在军舰左右舷列队，以在军舰一舷列队的居多。
（清宫舆图，1886年醇亲王大阅海军时，“定远”舰行升桅礼的场景）
正如前面几位回答中所说的，这种海军礼节俗称叫作“站坡”（准确的名称是“站（舟皮）”，由于（舟皮）这个字过于生僻，民国以后渐渐用（坡）字讹代），又称为“站舷”，源自风帆时代西方海军的古老海上礼节“升桅”。
所谓“升桅”，是风帆时代海军的海上相见礼节，具体表现形式就是军舰的舰员密集地站立到桅杆的横桁上，以此表示本舰的主要舰员都不在战斗岗位上，以示没有敌意，久而久之就成为了礼仪形式。通常，伴随着升桅，还会同时进行诸如鸣放礼炮等礼仪活动，初衷同样是向对方表示无敌意。
到了19世纪末期，越来越多的军舰已不再拥有风帆装具，在没有帆桁的军舰上，显然就无法施行升桅礼。由此，“升桅”从原先的站列到桅杆的横杆上行礼，改为站列到军舰上甲板以及上层建筑的舷边行礼，仍然是一种无敌意的性质。
人民解放军海军对“分区列队”有比较详细的规定，分区列队时，参加的官兵必须着礼服，戴白手套，从舰首开始，按照军队、士官、水兵的顺序，依次向舰尾列队排列。所有参加分区列队的官兵，其姿势为跨立，双手背在身后，左手握住右手手腕，左脚向左横跨一步，两脚与肩等宽。
（人民海军的分区列队礼节）
在分区列队时遇到奏国歌、鸣礼炮等场合，所有分区列队人员从跨立转为立正姿势，军官、士官兴举手礼，水兵行注目礼。当国歌演奏完毕、礼炮鸣放完毕后，重新恢复为跨立姿势。
当以分区列队礼仪参加阅兵时，当本舰经过检阅舰/台，或者检阅舰经过本舰时，根据特定的信号（信号兵吹响一长声号笛，舰长下达“向左看”“向右看”口令），分区列队人员也如上一般，从跨立转为分别行举手礼、注目礼。当信号兵鸣笛两短声、舰长下达“向前看”口令后，恢复为跨立姿势。
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军舰进出港的时候不一定要水兵站在甲板两侧。水兵站在甲板两侧也不一定非要军舰进出港时。
水兵站在甲板两侧是一个海军礼仪。
海军作为一个最古老而且是最高贵的兵种，海军的礼仪很多。水兵站在甲板两侧用海军术语讲叫做“站坡致意 ” 是表示无敌意的意思——我的所有战斗人员都离开战斗岗位、站在你看得见的地方。我们没有动武意义，久而久之就形成了海军的一个特有礼仪。
讲两个爱国的军事爱好者爱听的故事。
大清光绪十二年，北洋水师的定远号铁甲舰在日本长崎加油补给。由于水兵和当地人争夺一个妓女打架斗殴大清水兵被抓至警察局。舰上水兵立刻褪啦炮衣要炮轰长崎。后经过多方斡旋铁甲舰撤走，但撤走的时候不仅没有站坡致意，而且还一直炮指长崎港。这是出港不站坡的。大清威武。
第二个故事是 在长崎嫖妓事件后的100年，我国舰队出访东南亚三国，期间印度的戈达瓦里号护卫舰尾随跟踪勘查。当得知舰队中指挥官为中将军衔的时候戈达瓦里站坡致意。
这是不在港口进出的站坡致意
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这叫站坡，是一种国际通用的海军礼仪，不仅限于进出港，还包括重大节庆、出访、迎接高级别官员、检阅阅兵、遇到友军时这些较大的场合使用。最初是列队在桅杆上表示无敌意，之后逐渐演变成一种海军礼仪。
站坡起源于风帆时代，最开始是船员爬上桅杆，此时全舰人员都列队在甲板桅杆上，表示并没有操纵武器，也就是友好的意思。后来由于风帆桅杆都取消了，
演变成在甲板上列队，也就是现在的站坡。站坡可根据需要选择舰船左右两侧站坡或者单侧站坡。根据中国海军规定，舰艇在执行三级以上礼仪，全舰人员列队，其中军官、士官站在舰艏方向。
下图为美国海军本福德号导弹驱逐舰访问青岛时站坡仪式
下图为中国海军辽宁舰服役站坡仪式
下图为中国海军盐城舰参加中俄海上阅兵式与俄海军站坡仪式
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这是一种海军的国际礼仪，叫做“站坡”之所以在进出港比较常见，是因为一般行这种礼仪多是阅兵啦了,欢迎仪式等，因为这种活动一般都在码头和港口举行较多，阅兵时，迎接时，表示友好没有敌意 。
站坡为海军传统礼节之一,源起于帆船时代。在当时,迎接高贵乘客,全体水手必攀登桅上,倚身帆桁听候号令,脱帽扬手,高声欢呼三次。如受礼者照数还呼，则必须再行欢呼一次，以示敬意；如仅欢呼一次，则不必重呼。流传至近世，因帆船已淘汰，即改攀桅为站坡。
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站坡和鸣礼炮一样，都是从互相表明没有敌意开始的。早年间的火炮装填慢，操作人员也多，还都在船舱里。把炮膛打空并且让船员都站在甲板上就表明了没有战斗的准备。逐渐就变成了一种海军礼仪
