1627年三四月間，就在後金與林丹汗相繼洗劫喀爾喀部的次年，林丹汗主動率眾向西而去，使得整個北方局勢發生了很大的變化。
根據史料記載，林丹汗此次西行，帶領的人馬有十餘萬，大致是盡遣手下精銳出征，首先攻下在開平一帶活動的哈喇嗔部。此時繼承俺答汗順義王之號的，是第四代順義王卜失兔。此時的順義王已不再有當年的號召力，能夠將整個右翼都發動起來，現在他只能率領土默特一部抵抗林丹汗的入侵。於是在這一年七月，順義王卜失兔帶領本部人馬與哈喇嗔殘部，在威寧海子一帶佈防。結果到了十月，林丹汗大敗卜失兔。卜失兔的兄弟習令、色令二人本來就因為繼承順義王位的問題與卜失兔關係不睦，乾脆趁機率眾投降林丹汗，卜失兔只得逃竄到了河套地區。到了這一年的年底，土默特部的主要力量均已被林丹汗擊潰。
林丹汗
雖然土默特部實力上已經大大不如往昔，但是畢竟在名義上還是明朝冊封的順義王統率之部，且與明朝有著密切的邊境往來。所以明朝方面對於林丹汗突然放棄東線與後金的作戰，反而西進吞併土默特部的做法，表示了強烈的不滿。此時崇禎皇帝朱由檢剛剛即位，急於立威，便宣佈因蒙古諸部自相攻擊，要停止對蒙古各部的市賞。失去市賞之後，林丹汗等於少了一大塊常規的財政收入，當然覺得火大，便在崇禎元年（1628）六月入邊，在得勝口叩關請賞。明軍不許，林丹汗下令進攻，於是一口氣打到了大同城下，殺死明軍和百姓數萬人，大同差點失守。崇禎帝朱由檢無奈之下，用總督宣大山西軍務王象乾的計策，命使者出陽和口，找到永謝布部，通過永謝布部聯絡右翼諸部與明朝一同對付林丹汗。結果這年九月，卜失兔率領的土默特殘部與永謝布、鄂爾多斯兩部的聯軍，在埃不哈跟林丹汗的察哈爾部一場大戰。出乎大家意料的是，三部聯軍竟然毫無抵抗之力，一戰即潰。三部首領大多逃向河套地區以西，卜失兔的妻子和順義王的金印也都被林丹汗俘獲。
俺答汗壁畫
可是儘管林丹汗在西線進展順利，後金卻把察哈爾本部蠶食殆盡。
同在1628年，皇太極在二月出兵大淩河，大敗留在察哈爾故地的多羅特舊部，據稱此次察哈爾部被後金俘虜的人數達到了11200人之多。至這一年九月，原來處於東部的蒙古諸部大部分已經歸降後金，原來留在故地的察哈爾餘部，不是在戰爭中被殺，就是成了後金的俘虜，只有少量人馬西逃投奔本部主力。在這種情況之下，林丹汗的西征部隊也開始產生了強烈的厭戰情緒，因為大家的親眷大多還在故地，生死未卜。林丹汗的西征雖然進展順利，但是戰略目的並不明確，到底打算推進到哪裡，奪取的領地如何安頓，大家心裡都沒有底，只是走一步看一步，根本不知道自己的未來是什麼樣子。很多人實在不想再去打仗，更何況自己身後還有一個虎視眈眈的後金呢？故此察哈爾部下屬烏珠穆沁、蘇尼特、浩齊特等部，先後脫離西征，逃往外喀爾喀。林丹汗為了報復，又在1629年和1631年兩次攻打外喀爾喀，開始兩線作戰。但對已經內外交困的林丹汗來說，兩線作戰無異於分散己方的戰鬥力，更加速了自己的敗亡。
清太宗皇太極
1632年（明崇禎五年，後金天聰六年）四月，皇太極組織蒙古與後金聯軍一起對林丹汗發起攻擊。
由於之前林丹汗的四面出擊導致他在蒙古諸部之中眾叛親離，在皇太極號召之下，蒙古諸部大多都站在了後金一方，主動與皇太極聯手。林丹汗對此毫無準備，一聽各部均已倒戈，大驚之下，率部眾西逃，準備前往青海暫避。 按照相關資料記載，林丹汗當時要求各家只要有牛兩頭以上的，一律隨大部隊一起遷走，結果誰也不願意遠走青海，最後從歸化城（今內蒙古自治區呼和浩特市舊城）出發之後，沿途之上眾人就相約散去。林丹汗本來還擁眾十餘萬之多，走了沒多遠，還跟他一起西逃的就只剩下四五萬人了。後金兵馬在後面銜尾追擊，結果除了看到一些零星潰散下來的察哈爾部騎兵以外，根本就沒看到想象中的察哈爾部主力，於是欣然攻克歸化城，收編逃散部眾。克什克騰部乾脆舉部投降。後金兵馬居然兵不血刃，就將林丹汗辛苦西征取得的領地全部佔為己有。
多爾袞
從結果來看，林丹汗顯然沒能夠逃往青海，去仿效當年的西海達子以圖再舉，而是藏身於毛烏素沙漠的深處，不斷騷擾甘肅、涼州等地，希望能搶到一些糧草衣食，解決自己的生存困境。但是畢竟沙漠中的環境惡劣，日子一天不如一天，部眾不斷逃亡，相繼投奔後金。
最終林丹汗在1634年夏天死在了甘肅大草灘（今甘肅省天祝藏族自治縣）。在他死後，察哈爾部最後一些保持較強實力的貴族，如多尼庫魯克等人紛紛離開甘肅，投降後金。留守大漠之中的，只剩下林丹汗之子額哲等人。漠北車臣汗部還曾經派出使者，勸告額哲攜眾投奔漠北，其實意在挾制蒙古大汗。但是額哲還沒來得及做出選擇，就在1635年四月，被後金遠征軍包圍。額哲等人見大勢已去，只得帶領最後的一群察哈爾殘部投降了後金遠征軍元帥多爾袞。
瀋陽故宮大清門匾額
額哲等人的投降，不止宣告了蒙古大汗作為草原領袖的歷史走到了盡頭，同時也宣告了後金作為北方新一代霸主的誕生。
同時，後金政權也開始了對蒙古諸部的重新安置與改編，依據滿洲八旗，將蒙古諸部重新編成為蒙古八旗。就在次年，也就是1636年，即明崇禎九年，皇太極宣佈原後金國號與天聰年號停用，改國號為大清，年號崇德。蒙古八旗貴族向皇太極奉上號稱從元代流傳下來的傳國玉璽，表示大家願意奉清帝為大汗。
8年之後，1644年，即明崇禎十七年，清順治元年，內外交困的明崇禎皇帝朱由檢上吊煤山，李自成攻入北京，吳三桂引清兵入山海關，清王朝定都北京，開啟了中國最後一個王朝的統治。此後蒙古在清代近300年間，成為滿清國家中的重要一部分，蒙古族也被置於理藩院的管理之下，開啟了屬於他們的另一段歷史。
（系列之三）
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