1627年三四月间，就在后金与林丹汗相继洗劫喀尔喀部的次年，林丹汗主动率众向西而去，使得整个北方局势发生了很大的变化。
根据史料记载，林丹汗此次西行，带领的人马有十余万，大致是尽遣手下精锐出征，首先攻下在开平一带活动的哈喇嗔部。此时继承俺答汗顺义王之号的，是第四代顺义王卜失兔。此时的顺义王已不再有当年的号召力，能够将整个右翼都发动起来，现在他只能率领土默特一部抵抗林丹汗的入侵。于是在这一年七月，顺义王卜失兔带领本部人马与哈喇嗔残部，在威宁海子一带布防。结果到了十月，林丹汗大败卜失兔。卜失兔的兄弟习令、色令二人本来就因为继承顺义王位的问题与卜失兔关系不睦，干脆趁机率众投降林丹汗，卜失兔只得逃窜到了河套地区。到了这一年的年底，土默特部的主要力量均已被林丹汗击溃。
林丹汗
虽然土默特部实力上已经大大不如往昔，但是毕竟在名义上还是明朝册封的顺义王统率之部，且与明朝有着密切的边境往来。所以明朝方面对于林丹汗突然放弃东线与后金的作战，反而西进吞并土默特部的做法，表示了强烈的不满。此时崇祯皇帝朱由检刚刚即位，急于立威，便宣布因蒙古诸部自相攻击，要停止对蒙古各部的市赏。失去市赏之后，林丹汗等于少了一大块常规的财政收入，当然觉得火大，便在崇祯元年（1628）六月入边，在得胜口叩关请赏。明军不许，林丹汗下令进攻，于是一口气打到了大同城下，杀死明军和百姓数万人，大同差点失守。崇祯帝朱由检无奈之下，用总督宣大山西军务王象乾的计策，命使者出阳和口，找到永谢布部，通过永谢布部联络右翼诸部与明朝一同对付林丹汗。结果这年九月，卜失兔率领的土默特残部与永谢布、鄂尔多斯两部的联军，在埃不哈跟林丹汗的察哈尔部一场大战。出乎大家意料的是，三部联军竟然毫无抵抗之力，一战即溃。三部首领大多逃向河套地区以西，卜失兔的妻子和顺义王的金印也都被林丹汗俘获。
俺答汗壁画
可是尽管林丹汗在西线进展顺利，后金却把察哈尔本部蚕食殆尽。
同在1628年，皇太极在二月出兵大凌河，大败留在察哈尔故地的多罗特旧部，据称此次察哈尔部被后金俘虏的人数达到了11200人之多。至这一年九月，原来处于东部的蒙古诸部大部分已经归降后金，原来留在故地的察哈尔余部，不是在战争中被杀，就是成了后金的俘虏，只有少量人马西逃投奔本部主力。在这种情况之下，林丹汗的西征部队也开始产生了强烈的厌战情绪，因为大家的亲眷大多还在故地，生死未卜。林丹汗的西征虽然进展顺利，但是战略目的并不明确，到底打算推进到哪里，夺取的领地如何安顿，大家心里都没有底，只是走一步看一步，根本不知道自己的未来是什么样子。很多人实在不想再去打仗，更何况自己身后还有一个虎视眈眈的后金呢？故此察哈尔部下属乌珠穆沁、苏尼特、浩齐特等部，先后脱离西征，逃往外喀尔喀。林丹汗为了报复，又在1629年和1631年两次攻打外喀尔喀，开始两线作战。但对已经内外交困的林丹汗来说，两线作战无异于分散己方的战斗力，更加速了自己的败亡。
清太宗皇太极
1632年（明崇祯五年，后金天聪六年）四月，皇太极组织蒙古与后金联军一起对林丹汗发起攻击。
由于之前林丹汗的四面出击导致他在蒙古诸部之中众叛亲离，在皇太极号召之下，蒙古诸部大多都站在了后金一方，主动与皇太极联手。林丹汗对此毫无准备，一听各部均已倒戈，大惊之下，率部众西逃，准备前往青海暂避。 按照相关资料记载，林丹汗当时要求各家只要有牛两头以上的，一律随大部队一起迁走，结果谁也不愿意远走青海，最后从归化城（今内蒙古自治区呼和浩特市旧城）出发之后，沿途之上众人就相约散去。林丹汗本来还拥众十余万之多，走了没多远，还跟他一起西逃的就只剩下四五万人了。后金兵马在后面衔尾追击，结果除了看到一些零星溃散下来的察哈尔部骑兵以外，根本就没看到想象中的察哈尔部主力，于是欣然攻克归化城，收编逃散部众。克什克腾部干脆举部投降。后金兵马居然兵不血刃，就将林丹汗辛苦西征取得的领地全部占为己有。
多尔衮
从结果来看，林丹汗显然没能够逃往青海，去仿效当年的西海达子以图再举，而是藏身于毛乌素沙漠的深处，不断骚扰甘肃、凉州等地，希望能抢到一些粮草衣食，解决自己的生存困境。但是毕竟沙漠中的环境恶劣，日子一天不如一天，部众不断逃亡，相继投奔后金。
最终林丹汗在1634年夏天死在了甘肃大草滩（今甘肃省天祝藏族自治县）。在他死后，察哈尔部最后一些保持较强实力的贵族，如多尼库鲁克等人纷纷离开甘肃，投降后金。留守大漠之中的，只剩下林丹汗之子额哲等人。漠北车臣汗部还曾经派出使者，劝告额哲携众投奔漠北，其实意在挟制蒙古大汗。但是额哲还没来得及做出选择，就在1635年四月，被后金远征军包围。额哲等人见大势已去，只得带领最后的一群察哈尔残部投降了后金远征军元帅多尔衮。
沈阳故宫大清门匾额
额哲等人的投降，不止宣告了蒙古大汗作为草原领袖的历史走到了尽头，同时也宣告了后金作为北方新一代霸主的诞生。
同时，后金政权也开始了对蒙古诸部的重新安置与改编，依据满洲八旗，将蒙古诸部重新编成为蒙古八旗。就在次年，也就是1636年，即明崇祯九年，皇太极宣布原后金国号与天聪年号停用，改国号为大清，年号崇德。蒙古八旗贵族向皇太极奉上号称从元代流传下来的传国玉玺，表示大家愿意奉清帝为大汗。
8年之后，1644年，即明崇祯十七年，清顺治元年，内外交困的明崇祯皇帝朱由检上吊煤山，李自成攻入北京，吴三桂引清兵入山海关，清王朝定都北京，开启了中国最后一个王朝的统治。此后蒙古在清代近300年间，成为满清国家中的重要一部分，蒙古族也被置于理藩院的管理之下，开启了属于他们的另一段历史。
（系列之三）
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