一般傳染病有四種傳播媒介：
細菌（如淋病、梅毒、披衣菌）、病毒（如皰疹、菜花、愛滋病）、寄生蟲（如陰蝨、疥蟲）以及黴菌（如股癬、體癬）。
細菌引起的淋病、梅毒等病，最常見的傳染途徑是性行為及皮膚直接接觸
換句話說，坐馬桶座與性行為無關，也沒有直接接觸他人皮膚，得到這些病的機率非常低。
病毒引起的生殖器疹、菜花，也多是藉由性行為及直接接觸傳染
如果前一位馬桶使用者尿液中有病毒，而且病毒正處於活性期，而下一位使用者沾到前一位的尿液，理論上有可能被傳染，但實際上並沒有發生過。
相較之下，生命力強的寄生蟲及無所不在的黴菌，理論上比較可能存活在馬桶座上，傳染給下個使用者，不過醫師也幾乎沒有見過這樣的病例。
歐美國家的廁所都是坐式馬桶，民眾也同樣有衛生疑慮，不過醫學研究及醫生的看診經驗都顯示，經由馬桶座傳染疾病是「possible, but unlikely」有可能，但機率不高 。因此，注意廁所衛生是對的，不過倒不用太擔心。
使用健身房、三溫暖的毛巾也是同樣道理，細菌、病毒離開人體就難以生存，加上毛巾經清洗、烘乾，也不利病菌存活，應該不至於傳染性病。
如果仍不放心上公廁，可借下列方式自保：
1.前一人使用後不要馬上接著用，多等幾分鐘，因為病毒、細菌需要一定的溫溼度才能生存，離開人體幾分鐘後就會死掉。
2.用衛生紙或溼巾擦一擦馬桶座再坐。沾肥皂擦可以拭去細菌、病毒，如果不方便用肥皂，單用衛生紙擦幾圈也可以，特別是擦掉尿液。
3.公廁提供坐墊紙最理想，可以隔開皮膚與馬桶座直接接觸。有些公廁使用電動更換的塑膠坐墊也很好，尿液不會穿透。
4.如果還是不放心，選擇蹲式馬桶。
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