高平陵之变是在嘉平元年（249年）正月发生的，此时距司马懿去世还有不到三年时间。那么从高平陵之变到他去世，司马懿都做了哪些事情呢？
一、疯狂报复
在曹爽放下武器同曹芳回京后，当曹爽兄弟一回府，他们就被司马懿派兵包围。人为刀俎我为鱼肉，这时候司马懿违背诺言，以谋反的罪名杀曹爽及其党羽何晏、丁谧、邓飏、毕轨、李胜、桓范等，并灭三族；但他对曹爽门下的二流人物，司马懿特别宽大处理，如鲁芝，辛敞，王沈等人，后来还有人成为晋朝新贵。
二、架空魏室
解决了曹爽的权臣势力以后，曹芳大赦天下。并且任命司马懿为丞相，不过司马懿坚持辞让，多次之后只好停止。根据《孔衍汉魏春秋》记载，曹芳下诏命令太常王肃册命司马懿为丞相，食邑万户，奏事不称名宛如当年霍光故事。司马懿听后立刻辞让，认为自己是托孤大臣，责任重大，全凭借天威才有所成就，平定奸凶，所有的功绩都不足为道。
司马懿指出，现如今三公的官职，是典礼的要求，圣王所制定。丞相这个职位始于秦朝，汉代延续没有更改。现如今三公的官职都具备了所有职能，而且如此宠爱臣下，有违先典，不应该完全遵循秦汉的老路。司马懿强调，自己所做的事情是身为臣子必须做的，不能接受丞相职位，如果被封为丞相，四方人士将要怎么评价我？
类似的上奏司马懿一口气连写了十几封，曹芳才打消了这个念头。不过曹芳又提议为司马懿加九锡的礼节（与诸侯王相当），司马懿再次上书劝止曹芳，认为曹操是因为有大功大德（曹操要知道还不得气活过来），汉朝对其极为敬重，因此才加九锡，这是之前的特殊事件，并不适合现在君臣议论的范围之内。总的来说，司马懿还是没有接受。
三、消灭叛乱
司马懿诛杀了曹爽，这导致曾为曹爽笼络升为车骑将军、开府仪同三司，后又升为司空的王凌心生不满，他与侄子令狐愚图谋废黜曹芳，立楚王曹彪为皇帝。还未行动，令狐愚便已死亡。
嘉平三年（251年）正月，王凌借口吴人塞涂水，请求出兵征讨。司马懿知道他的阴谋后，果断出手，于四月亲率中军讨伐王凌。这次司马懿又是和以前一样的套路，先下赦书赦免王凌之罪，写信安慰他，但不久就带领大军打王凌一个措手不及。王凌知道自己没办法抵抗司马懿，便独自乘船迎接，并派他的下属王或来请罪，同时送上印绶和节钺等物品。
司马懿到了武丘以后，王凌在水边自缚等待，说：“我如果有罪过，您用半片竹简就可以把我召回，何必亲自前来呢？”司马懿说：“因为你不是半片竹简就可以叫来的！”说罢，司马懿命将领带六百人马把王凌押解送到洛阳。王凌向司马懿讨要棺材上的钉子，他想试探一下司马懿想不想杀他，司马懿果然让手下人找来送给他。五月，王凌到了项城，因为对自身前途感到绝望，就服毒自杀了。
司马懿来到寿春后，参与王凌叛乱的人都出来自首了。司马懿又起杀心，凡牵连这次叛乱的人一律诛灭三族。同时，他派人挖开王凌、令狐愚的坟墓，在附近的市上，剖棺暴尸三天，然后，烧掉他们的印绶、官服埋于土中。司马懿最后还逼迫楚王曹彪自尽，并趁机把曹氏有关王公全部拘捕，把他们拘留在邺城，同时让手下进行监察，不准他们互相交结往来。
四、权力交接
嘉平三年八月，司马懿在洛阳去世，享年七十三岁。当年九月，司马懿被葬于河阴首阳山，谥文贞，追封相国、郡公。司马懿薨逝之后，任命司马师为抚远大将军，录尚书事，算是某种意义上的权力接替。司马懿虽然自己没亲自篡位，但他或以剿杀，或以监禁的方式削弱了曹魏宗室力量，为日后其子孙篡魏开晋打下坚实基础。
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