胃鏡檢查因為其低成本、高效、技術門檻低，現在已經越來越常規的應用在臨床工作中，但它畢竟是有創操作，確實存在一定風險和副損傷。
常見風險一般分為技術因素類和被檢者自身因素類。技術類包括操作中引起的喉頭水腫、痙攣，下頜關節脫位，食管、胃壁及十二指腸的穿孔破裂、出血等。這類原因往往是因為操作不熟練，術中患者不配合等造成的，現在隨著內鏡技術的成熟及培訓的加強，這類損傷已經非常少見。
還有一類就是，由於個體的差異，實際檢查中可能出現不能預料的意外。像心臟意外，惡性心律失常、心臟驟停，這類事件也時有報道，由於食道位於縱膈內，胃鏡操作時多多少少會對心包及大血管造成一定壓力，有些敏感個體可能會引起心臟的不適，進而出現心臟意外。還有像誤吸、窒息、吸入性肺炎，這類情況往往多發生於兒童和老年人。
還有胃鏡檢查也可能引起像肝炎、艾滋病等疾病的交叉感染，現在正規醫院和診療機構都有標準化的內鏡洗脫流程，這種情況已經非常罕見。
胃鏡檢查雖然有一定風險和副損傷，但有些人由於已經患有疾病或者是上消化道惡性腫瘤的高危人群，必須定期行胃鏡檢查。我們豈能拒絕檢查，因噎廢食。
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