時機
乾隆執政十年，準噶爾首領病逝，他的三位兒子為了爭奪汗位兄弟互殘，導致準噶爾四分五裂。國力哀弱為有歷以來之最，乾隆十八年，杜爾伯部的首領為求活路，不得不投靠大清謀求保護。乾隆收到降書大喜，從投降首領的口中得知，準噶爾汗國正處於歷史最虛弱的時候。乾隆決定以最快的速度出兵消滅準噶爾汗國，如果拖多幾年，等汗國平定內亂國力恢復後必定會再次對大清朝造成威脅。
雍正9年，清軍曾經大敗於準噶爾，三萬清軍活下來的只剩下2000人。這是清朝建國以來最大的一次失敗。雖然後來雙方簽定了和平條約，雙方已經有二十年的和平。但乾隆很清楚，準噶爾一直窺伺內地。無時無刻想恢復元朝的輝煌，準噶爾汗國不除日後必成大患。
滿朝百官反對
但乾隆出兵的這個決定，全朝文武百官幾乎都在反對。理由是二十年前哪一戰的慘敗讓這些官員嚇破膽了，蒙古人不來打清朝已經謝天謝地了。怎麼可以自己找死挑起戰火呢？還有的就是兩國之間已經和平了二十年，雙方的貿易也開通了，邊界貿易對雙方都有很大的好處。由於不用在邊界大量駐守軍隊這些年節省了幾千萬兩的軍費。而且多年沒有戰事，突然要打仗全國上下都沒有準備。況且這麼大規模的戰爭，要向西部運送大量的物資和糧草。幾個月內根本解決不了，沒有糧草物資拿什麼來打仗呢？
因糧於敵
這些理由都很充分，但這些官員畢竟不是皇帝。沒有皇帝站得高看得遠，乾隆追求的大清王朝的千秋萬代的延續。乾隆力排眾議，決定出兵準噶爾。關於糧草問題，乾隆決定放棄常規的軍事方法，因糧於敵。也就是每個士兵自己背兩個月的口糧，以後的口糧取自於沿途蒙古牧民。但正是因為他的這個決定，以後讓清軍吃盡了苦頭。
清軍吃盡苦
清朝軍隊
的確由於乾隆選擇出戰的時機非常好，開始的時候準噶爾各部紛紛投降。最後連準噶爾的新首領達瓦齊也被俘，押送進京。清軍佔領伊犁後，發現哪裡根本沒有物資。清朝大軍只能撤退，只留下五百名士兵駐守。由最先投降清朝的阿睦撒納和清軍將領一起管理。阿睦撒納見清軍已退，於是殺掉清軍將領自立為汗。乾隆被迫再次出兵，但這次戰爭非常不順利，由於出兵倉促，依然是用上次的辦法沿途搶蒙古部民的糧食，經過上次的搶掠本來已經陷入饑荒之中。導致大量的百姓餓死，餘下的蒙古百姓紛紛起來反抗清軍。不只如此，由於不滿清軍對蒙古百姓過度的壓榨，原本一直支持乾隆的喀爾喀部蒙古也反水了。一時間清軍連連失利。
乾隆認錯
乾隆馬上意識到自己“因糧於敵”的決定是錯誤的，馬上修書給喀爾喀蒙古的首領，說他實在是不知蒙古部民生活如此艱難。同時他讓章嘉三世活佛出面安撫，終於穩定住了喀爾喀蒙古的起義。
吸取這次教訓後，乾隆放棄了“因糧於敵”的政策。調動了大量的糧食運往前線。第三次出兵，由於準噶爾汗國多年內亂，已經沒有什麼戰鬥力了。這次清軍很容易取得勝利，阿睦撒納逃亡到了俄羅斯，最後在俄羅斯病死。
雖然清朝最終消滅了最大的對手，但清朝也因此損失巨大。原本以為只需軍費幾百萬兩，幾個月就能結束的戰爭。最後卻變成了花費幾千萬兩，拖了三年才結束。
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