本文通過分享2個案例讓大家瞭解企業所得稅的相關問題，以便做好企業稅務管理與風險防範。
一、收入確認概述
案例1：公司轉讓代另一家公司持有的股份如何確認收入及繳稅？
A公司名義上持有C公司100%的股份，其中40%為實際持股，60%為代B公司持有。現A公司將持有的C公司100%的股份轉讓給甲公司，公司如何確認轉讓收入，並繳納企業所得稅？
法人之間代持股份的納稅人是法律形式上的持有人，還是實際持有人，沒有明確的法律規定。實務中，稅務機關更傾向於要求名義上的持股人納稅。
《國家稅務總局關於企業轉讓上市公司限售股有關所得稅問題的公告》（國家稅務總局公告2011年第39號）第二條對企業轉讓代個人持有的限售股的納稅義務人做了明確。
第二條規定，因股權分置改革造成原由個人出資而由企業代持有的限售股，企業在轉讓時按以下規定處理：
企業轉讓上述限售股取得的收入，應作為企業應稅收入計算納稅，上述限售股轉讓收入扣除限售股原值和合理稅費後的餘額為該限售股轉讓所得。企業未能提供完整、真實的限售股原值憑證，不能準確計算該限售股原值的，主管稅務機關一律按該限售股轉讓收入的15%，核定為該限售股原值和合理稅費。依照本條規定，完成納稅義務後的限售股轉讓收入餘額轉付給實際所有人時不再納稅。
因法院判決、裁定等原因，通過證券登記結算公司，企業將其代持的個人限售股直接變更到實際所有人名下的，不視同轉讓限售股。
二、開辦期及其業務招待費扣除限額
《國家稅務總局關於企業所得稅應納稅所得額若干稅務處理問題的報告》（國家稅務總局公告2012年第15號）規定企業在籌辦期間，發生的與籌辦活動有關的業務招待費支出，可按實際發生額的60%計入企業籌辦經費，並按有關規定在稅前扣除；發生的廣告費和業務宣傳費，可按實際發生額計入企業籌辦費，並按有關規定在稅前扣除。
《國家稅務總局關於企業所得稅若干稅務事項銜接問題的通知》（國稅函﹝2009﹞98號）第九條規定，新稅法中開（籌）辦費未明確列作長期待攤費用，企業可以在開始經營之日的當年一次性扣除，也可以按照新稅法有關長期待攤費用的處理規定處理，但一經選定，不得改變。
案例2：交易真實，但未取得合法有效發票
A公司是北京市一家園林綠化企業，成立於1999年，隸屬某大型綠色產業集團，主要從事市政園林建築工程、園林綠化和養護等業務，具有城鄉建設部頒發的一級資質證書，業務市場佔有率很高，近些年承接設計施工項目上百個，其中包括北京南城多個大型綠化項目。
2017年年初，北京市地稅局第三稽查局根據市局提供的線索組成檢查組，對這家企業2012年-2013年的納稅情況立案檢查，發現A公司共存在48張問題發票，涉及金額3600萬元，A公司存在重大“偷稅”嫌疑。
按照誰主張誰舉證的稅務稽查辦案原則，A公司應為其辯解舉證。“時過境遷，現在再讓我們去找那些賣樹苗的人換票，怕是不可能了。”公司負責人陳某聽完檢查人員的意見為難地說。
針對A公司的實際情況，為使處理結果更符合實際，檢查組提出由他們取證來核實陳某所述情況的真實性，用證據來“診斷”A公司的納稅情況。
最終，檢查組以證據為基礎，成功復原了A公司採購苗木的真實情況：原3600萬元問題發票中，有2583萬元支出符合稅法規定，可以在企業所得稅稅前扣除；有1027萬元支出未能證實其真實性，不允許在稅前扣除。綜合其他稅款、彌補虧損等因素，本案最終查補企業所得稅228萬元，加收稅款滯納金31萬元。
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