司馬懿第二次接受曹操徵辟時，不再裝病拒絕，而是立刻接受。因為這時的曹操已是權傾一時的丞相，時空環境也已經有所改變，作為機智過人的司馬懿不會不明白這一點，不接受徵辟反而讓自己陷入危險處境；而且曹操已經下令，如果拒絕報到，就要把他馬上給宰了。這句話的弦外之音就是曹操早就心知肚明司馬懿裝病，於是，心高氣傲的世家子弟遇到曹操，也不得不低頭自己的頭顱。
司馬懿未出江湖，卻也懂得江湖遊走態度要有，他不敢輕易挑戰曹操的紅線，乖乖地屁顛屁顛來到丞相府工作。他的第一份工作可不是什麼運籌帷幄出謀畫策，而是當曹操兒子曹丕的屬官，陪公子讀書，也就是曹丕的家教可以這麼說吧。這份「文學掾」的工作，就曹操的立場是希望飽讀經書的司馬家族，可以教育他的孩子獲得相關知識學問；對曹丕來說，則是建立自己的班底人脈，為將來的前途籌劃準備。
建安十三年是曹操的關鍵轉捩年，這一年他的秤大象兒子曹衝病死，名醫華陀也早就被他害死在獄中。但更重要的大事則是舉兵南征，竟然敗給孫權與劉備的聯軍，赤壁之戰成了曹操難以抹滅的傷痕。司馬懿沒在戰場上建功，他輔佐著曹丕等待時機。曹丕是有野心的，司馬懿、陳群、吳質與朱鑠後來都成為他的核心幕僚，為爭奪繼承人奮戰，稱為「太子四友」。
司馬懿裝病拒絕徵辟，讓曹操對他的忠誠頗有疑慮，又怕司馬懿成為曹家的威脅者，因此總想在他羽翼未豐之前將他剪除。曹操好幾次動念想殺了司馬懿，但始終沒找到藉口，他對曹丕說：「司馬懿不是一般的人臣，他將來一定會干預你的家事，不可放鬆啊」（司馬懿非人臣也，必預汝家事）。
曹丕與司馬懿關係良好，常護著司馬懿，司馬懿從曹丕口中知道曹操對他有戒心，因此小心翼翼的處理每件工作，每天都得費盡心思不讓曹操起疑，甚至對他放心，所以他工作的很賣力，就算是洗馬餵馬等小事也都親自處理。
司馬懿高度做事低調做人，加上曹丕的幫忙，終於從文學掾的小官，不斷晉升，並且擔任丞相府主簿（秘書）工作，官運亨通，也暫時避開了曹操的猜忌。
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