司馬這個姓是怎麼來的？這個漢代的大史學家司馬遷最有發言權了，他在自傳中這麼寫道：
昔在顓頊，命南正重司天，火正黎司地。唐、虞之際，紹重、黎之後，使復典之，至於夏、商，故重、黎氏世序天地。其在周，程伯林甫其後也。當宣王時，官失其守而為司馬氏。司馬氏世典周史。惠、襄之間，司馬氏適晉。晉中軍隨會奔魏，而司馬氏入少梁。
也就是在上古五帝之一顓頊帝的時代，讓擔任南正官的重管天，讓擔任火正官的黎管地，以後也由他們的後代世襲擔任。到了周宣王時，重黎的後裔程伯休父“官失其守而為司馬氏”，《晉書》中稱程伯休父是被周王任命為大司馬，主持討平了作亂的徐方國，所以周王室允許他以官職為姓，後代就成了司馬氏，這個在《詩經·大雅·常武》篇（『王謂尹氏，命程伯休父，左右陳行，戒我師旅。率彼淮浦，省此徐土。不留不處，三事就緒。赫赫業業，有嚴天子。王舒保作，匪紹匪遊。徐方繹騷，震驚徐方。如雷如霆，徐方震驚』）中也有所印證。
長平之戰是秦國稱霸的致勝之役
其後司馬氏世代擔任周王朝的史官，直到周惠王、周襄王年間，司馬氏離開了周王廷前往晉國，後來又分成了三大支系，一支在衛國，後代司馬喜曾三任中山國的國相；一支在趙國，成為著名的劍客世家；一支在秦國，有著名的縱橫家與將領司馬錯，不但曾在辯論中大勝縱橫之王張儀，而且率領軍隊滅蜀敗楚，迫使楚國獻出漢水以北和上庸之地，為秦國的稱霸與統一打下了基礎。而他的孫子司馬蘄是戰國殺神武安君白起的部下，一起參與了長平之戰並坑殺趙國四十萬降卒。司馬蘄的孫子司馬昌是秦國負責鐵器鑄造與專賣的鐵官；司馬昌的兒子毋懌（一說“無澤”），是漢朝的長安城的市長之一，相當於現在首都的區長；司馬毋懌的兒子司馬喜是五大夫，年俸四百五十石，這在當時屬於是有級別的官員了，相當於現在的縣處級；司馬喜的兒子太史公司馬談即司馬遷的父親。
司馬遷雖然因為觸怒漢武帝而被下蠶室行宮刑，但據史料記載他還是有後代的，不過漢宣帝時大力打擊當時朝廷內的豪強勢力，司馬家族也被波及，失去了世襲的太史公職位，而且被迫改姓為馮、同二氏避禍。不過王莽滅漢建立新朝後，又下令尋回司馬遷的後人，加封為史通子，只是不久後戰亂爆發，史通子在新末再次改為同姓，所以其後的司馬氏名人中就不曾有自稱是司馬遷後人的了。不過司馬遷有一個女婿名為楊敞，卻是後世鼎鼎大名的弘農楊氏的先祖。
而司馬懿的先祖則屬於司馬氏在趙國的那一分支，這一支中有一個成名劍客名為蒯聵（與衛靈公的太子同名，有人說是同一人，但姓氏與生平對不上），蒯聵玄孫司馬卬（《史記索隱》上說是曾孫）在秦朝末年曾擔任武信君武臣的部將，率軍攻佔朝歌。鉅鹿之戰後，司馬卬跟隨項羽入關，秦朝滅亡後因平定河內有功，而被分封為殷王，統領河內，建都於朝歌。但漢高祖二年（公元前205年）三月，劉邦率軍攻下河內，司馬卬被俘投降，次月，楚、漢大戰於彭城，漢軍大敗，司馬卬身死，不過自此之後這一支司馬氏就紮根在了河內地區。
司馬卬因死得太早，其功業曇花一現，其後人在數代之間也是默默無聞，直到司馬卬的第八代孫司馬鈞，才重新出人頭地。司馬鈞字叔平，據《後漢書·安帝紀》與《後漢書·西羌傳》記載，以討西羌之功出道，最高做到左馮翊行徵西將軍，不過後來因為戰敗而被下獄，在獄中自盡。司馬鈞的兒子司馬量字公度，曾任豫章太守，司馬量的兒子司馬俊（儁）字元異，曾任潁川太守，司馬俊的兒子司馬防字建公，曾任京兆尹，連續四代都是東漢二千石的高官，司馬家族也正式發達起來了，而司馬懿就是司馬防的第二子。
據《三國志·司馬朗傳》裴注中的記載：
司馬儁，字元異，博學好古，倜儻有大度。長八尺三寸，腰帶十圍，儀狀魁岸，與眾有異，鄉黨宗族鹹景附焉。位至潁川太守。子司馬防，字建公，性質直公方，雖間居宴處，威儀不忒。雅好漢書名臣列傳，所諷誦者數十萬言。少仕州郡，歷官洛陽令、京兆尹，以年老轉拜騎都尉。養志閭巷，闔門自守。諸子雖冠成人，不命曰進不敢進，不命曰坐不敢坐，不指有所問不敢言，父子之間肅如也。年七十一，建安二十四年終。司馬防有子八人，司馬朗最長，次即晉宣皇帝司馬懿也。
從司馬俊開始，司馬家族也就躋身於當時的一流門閥之中，尤其是司馬防生了八個兒子，個個出色，人稱“司馬八達”，司馬懿是佼佼者，南陽太守同郡楊俊以能夠識人而聞名：
見帝，未弱冠，以為非常之器。尚書清河崔琰與帝兄朗善，亦謂朗曰：“君弟聰亮明允，剛斷英特，非子所及也。”
司馬師
果然之後司馬懿率領祖孫三代最後開創了晉朝。不過晉朝因得國不正，手段比起幾百年後欺負孤兒寡母篡國的趙宋更惡劣，因此在五千年中華史上實在名聲不佳。西晉約50年，東晉百年，共歷十五帝，再加上開創皇朝的三個先祖，其德行也多為人所譏，如司馬懿靠忍功熬死了所有的對手，被石勒諷說“狐媚以取天下“；司馬師是為野心而殺妻的渣男；司馬昭弒君卻不敢認，用一個小人物的人頭來擋子彈。其他如晉世祖司馬炎驕奢淫慾，有史上最龐大的後宮之一；晉惠帝司馬衷是歷史上唯一一個白痴皇帝；晉懷帝司馬熾則是第一個被胡虜政權俘虜的中原皇帝……甚至連與他們有關的俗語名言，如“司馬昭之心路人皆知”、“何不食肉糜”、“焚裘示儉”等，也都充滿了貶義。所以當晉明帝聽到王導訴說先祖篡位的黑歷史時，也不由把臉藏到了被子裡，覺得羞以見人：
明帝時，王導侍坐。帝問前世所以得天下，導乃陳帝創業之始，用文帝末高貴鄉公事。明帝以面覆床曰：“若如公言，晉祚復安得長遠！”
雖然劉宋易代之時，對司馬宗室大肆屠戮，但今後歷史上的司馬氏名人仍多出自河內司馬這一支，如唐朝的高道司馬承禎是司馬懿四弟司馬馗之子彭城穆王司馬權的後裔，他是道教上清派茅山宗第十二代宗師，“仙宗十友”之一，曾被唐玄宗禮請至宮中主持修訂《道德經》，並親口呼為“道兄”。死後追贈銀青光祿大夫，諡“正一先生”。
司馬承禎
宋代的大史學家、政治家司馬光則是司馬懿的弟弟太宰、安平獻王司馬孚的後代。司馬孚的後代司馬陽任北魏的東征大將軍，死後葬在安邑瀾洄曲（今山西夏縣涑水），所以司馬氏的郡望也就轉到了山西夏縣。司馬陽其人已不可考，司馬家應該是在唐宋間徙居夏之高堠裡，第一個有記載的是司馬光的高祖司馬林，他終身布衣，不過從他的孫輩，也就是司馬光的祖輩開始陸續有多人出仕。其中第一個就是司馬光的祖父司馬炫，他舉進士後任富平令，有政績，任內境內大治，且以氣節著鄉里。其子司馬池景德二年（公元1005年）同樣舉進士，歷任秘書省著作郎、開封府推官、天章閣待制、晉州知府，死後贈太子太傅。司馬光還有眾多的本家兄弟同朝為官，如司馬宣曾任駕部員外郎，司馬裡曾任乾州知州、太常少卿，本家侄子司馬京曾任通判潞州、軍州事等，這也是司馬家族在宋代發展的一個小高潮。
司馬光本人的兒子早夭，所以過繼了他兄長司馬旦的兒子司馬康為嗣，北宋滅亡後司馬康的孫子司馬伋追隨宋高宗南渡，死後葬於紹興亭山，傳下司馬氏的紹興一脈；而司馬旦的孫子司馬樸，靖康中出使金國被扣留，家人也皆被金兵擄走，但長子司馬倬被開封儀曹趙鼎送到四川敘州，從此傳下了司馬氏的四川宜賓一脈。司馬光在歷史上的名聲非常大，尤其是明朝“褒崇道學”，所以司馬光的後裔受到了官方的禮遇，司馬光也被立廟專祀。明朝的司馬恂、司馬垚、司馬相、司馬祉、司馬晰，清朝的司馬衍等名人皆是司馬光的後代，其家族也一直延續至今。
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