崇禎皇帝即位後，明朝的國運走到了盡頭，小冰河氣候導致災害頻發，內有李自成、張獻忠等反明起義軍，外有崛起於遼東的後金政權，最後明朝被李自成所滅，崇禎帝煤山殉國。
崇禎一朝並非都是屈辱，雖然氣數已盡，但還保有一支稱霸東南亞的龐大水師，曾擊敗過當時的世界海軍強國荷蘭，成為明朝最後的輝煌。
內憂外患已經使崇禎帝感到捉襟見肘，自然沒有財力去維持一支龐大的水師力量。明朝這支強大艦隊的創建者，就是大名鼎鼎的鄭成功的老爸鄭芝龍。確切的說，這支水師名義上屬於明朝，實際上是一支私人艦隊，鄭芝龍就是艦隊的實際掌控者。
鄭芝龍是明朝末年最大的海盜，同時也是最大的海商集團兼軍事集團首領，勢力範圍遍及東南沿海、臺灣和日本海域。鄭芝龍起初以臺灣為基地，進行海上劫掠和走私活動，隨著實力的增強，鄭芝龍已不滿足於當個海盜，開始尋求政治上的抱負。
為了迫使明朝對自己實行招安，鄭芝龍故意侵襲東南沿海，但每次行動中，並不搶掠沿海居民的財物，抓獲的明朝官軍也會很快釋放。明朝政府認為鄭芝龍並不像其他海盜那樣十惡不赦，同時也無力剿滅鄭芝龍，於是與鄭芝龍達成了招安意向，被明朝封為都督同知。
招安是個雙贏的舉措，鄭芝龍擺脫了海盜的名聲，可以用明朝官方的名義從事海上商貿活動，不再受到明朝海禁政策的影響。而明朝藉助鄭芝龍的水師力量，抵禦其他海盜集團對沿海地區的騷擾，自鄭和船隊退出南海兩百年後，明朝重新佔據了海上主導權。
17世紀世界海權意識興起，西方強國紛紛開闢海上貿易通道，要求和明朝開展貿易往來，但明朝的海禁政策嚴重阻礙了西方強國的貿易願望。荷蘭是個頻臨大西洋的國家，國內手工業發達但市場狹小，因此荷蘭人很早就通過海上貿易來拓展市場，被稱為海上馬車伕。
荷蘭人佔領了澎湖，並以此要挾明朝政府同意自由貿易，福建巡撫為了讓荷蘭人儘快撤出澎湖，表面上答應了荷蘭人的要求，等撤出之後卻無實際行動，承諾成了空頭支票。後來，荷蘭艦隊協助鄭芝龍擊敗了海盜李魁奇，想以此換取鄭芝龍對自由貿易的支持，但鄭芝龍並沒有決定明朝貿易政策的權利，荷蘭人的希望再次落空。
幾次努力無果的情況下，荷蘭所屬的東印度公司終於失去了耐性，打算以堅船利炮叩開明朝的貿易大門。1633年7月，距離明朝滅亡還有11年，荷蘭人普特曼斯率領13艘戰艦進攻南澳，致使17名明軍將士陣亡。後又行至廈門，擊毀了停泊在港內的鄭芝龍水師的大小艦船40餘艘。同時封鎖廈門、金門、鼓浪嶼，強迫居民每週進貢豬牛等物，並威脅明朝開放港口，實行自由貿易。
鄭芝龍得知情況後，要求荷蘭艦隊釋放抓獲的中國商人，解釋進攻廈門的原因，並表示可以讓明朝商船到海上與荷蘭商船進行貿易。但荷蘭人的態度非常蠻橫，要求明朝立即停止與西班牙、葡萄牙之間的貿易，只能和荷蘭做生意。鄭芝龍則要求荷蘭先賠償損失，再進行談判。
普特斯曼絲毫不理睬鄭芝龍的建議，再次出兵進攻廈門。並正式嚮明朝宣戰，宣戰書中列出了停戰條件：要求在鼓浪嶼設立貿易據點，允許荷蘭船隻在福建沿海任意停靠。對於這種無理要求，崇禎帝當然不會答應，明朝水師與荷蘭艦隊隨即轉入敵對狀態。
10月22日，鄭芝龍通過情報知悉，荷蘭艦隊正在料羅灣一帶活動，於是親自率領50艘大型戰船和100艘火船前往。荷蘭艦隊當時有8艘大型戰艦，外加海盜頭目劉香100餘艘帆船組成聯合艦隊。鄭芝龍水師的艦船裝備的是英國大炮，而荷蘭艦隊裝備的則是新式加農炮，艦炮射程遠超鄭芝龍水師。
鄭芝龍憑藉出色的指揮，以及絕對數量優勢，完勝荷蘭海軍。據福建巡撫鄒維璉記錄的料羅灣海戰記錄顯示，此役生擒夷眾118名，斬首20人，焚燬荷蘭鉅艦5艘，俘獲鉅艦1艘，擊沉劉香的海盜小舟50餘艘，並繳獲大量武器、羅經、海圖。可謂大獲全勝。
料羅灣大捷使明朝海商實力大增，鄭芝龍水師由此確立了東南亞海域的霸主地位，荷蘭人自此之後，每年必須向鄭芝龍繳納1000萬法郎的通行費，才可以保障荷蘭東印度公司所屬的船隻在遠東水域的安全。凡過往商船必須購買鄭芝龍的令旗，無令旗者在東南亞水域將有一半被攔截的可能性，在福建沿海則百分百被攔截。
鄭芝龍被崇禎帝晉升為福建副總兵，明朝東南水域的實際控制權也落入鄭芝龍之手，通過向各國商船徵收費用，很快積累了鉅額財富，富可敵國。荷蘭人徹底放棄了武力保護下與明朝進行不對等貿易的企圖，轉而承認鄭芝龍建立的海上霸權秩序。
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