行政公益訴訟制度已經通過立法得以確立，並將行政公益訴訟起訴權賦予檢察機關。對於檢察機關而言，履行好行政公益訴訟職能還有許多工作要做，比如行政公益訴訟的管轄和機構設置，以及具體案件辦理中的證據認定等。
明晰檢察機關起訴權範圍和管轄機制。檢察機關是憲法明確規定的法律監督機關，行使國家公訴權是其重要職能之一，按照修改後行政訴訟法和民事訴訟法的規定，檢察機關在行使傳統刑事公訴權基礎上，還要行使民事公訴權和行政公訴權，但是，國家公訴權的行使必須有嚴格的法律程序，不得隨意超越其應有屬性和訴訟程序。目前，儘管檢察機關行使行政公益訴訟權具有立法保障，這為相關訴訟制度安排提供了法律依據，然而，相關程序制度構建尚不完備，亟須完善，只有如此，才能促進行政公益訴訟和刑事公訴、民事公益訴訟一起構成我國現行法治下的國家公訴體系。
行政公益訴訟可以實施跨區域集中起訴。對生態環境和資源保護、食品藥品安全、國有財產保護、國有土地使用權出讓等領域的侵害提起行政公益訴訟，可以和行政案件集中管轄相結合。比如，在某市內可將其他各區縣的行政訴訟案件歸集於指定區級法院提起訴訟，這樣能夠實現行政訴訟的專門化和集中化，對避免相關違法行政機關的不當干預有著重大意義，而且行政公益訴訟本身就是檢察權對行政權的一種剛性監督，因此，行政公益訴訟有必要實施集中管轄機制。
行政公益訴訟應當堅持檢察一體化。檢察一體化的目的在於保障國家進行檢察一體化建構及其運作所期望達到的效果，都是符合法律精神的：一方面，行政公益訴訟的核心在於保護公益，往往不同地區的檢察機關對公益的認識有所不同，為確保公益保護中檢察權的正確行使，有必要堅持一體化建設；另一方面，行政公益訴訟交由檢察機關行使，是法律監督機關的必然職責，而檢察機關還有一項重要職責就是保障國家法制的統一，只有實現檢察一體化才能獲得這樣的效果。而檢察一體化原則在行政公益訴訟中的遵循，並沒有違背上級檢察機關對下級檢察機關的領導體制，這是檢察機關行使行政公訴權的一項重要原則。
完善檢察機關的公益訴訟機構設置。完善行政檢察監督機構設置具有必要性。為檢察機關賦權必然增加相應工作量，而以往的行政、民事檢察部門也是傳統的檢察部門，未來行政檢察部門必然要承擔更多的檢察監督工作，為此，應當設置專門的部門承擔相應職責，才能更好地協調檢察內設機構之間的職責分配和工作任務。（檢察日報 山東省高青縣人民檢察院檢察長伊澍）
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