明代 (公元1368-1644年)
當時西方歐洲派來中國的傳教士，不但帶來另類宗教思想，還有科技文化。明朝的知識分子在與他們交往中，受到一定的影響，譯述了一些西方科技、醫學書籍。
明代之醫學流派
明代有很多名醫，並出版了非常多的著作，對於中醫藥的發展貢獻很大。這時期醫家們仍舊沿襲先前醫學經典繼續發展，繼承金元時代醫家們提出的醫學主張，明代也出現不同學術流派，各家互相激烈爭論。當時主要分為滋陰、溫補以及明末出現的溫病學派。
滋陰派
源自元代朱丹溪主張--滋陰並善用寒涼之藥治病。著明代表醫家包括王履及戴思恭。
溫補派
溫病派
溫病學說的來源久遠，是中醫多種外感急性熱病的總稱，即是 外源性病邪引起身體發熱等症狀的疾病。明代以前，醫家們對傳染病和非傳染病的認識，主要侷限於《傷寒論》的範圍，內容提及"太陽病發熱而渴，不惡寒者，為溫病。
針灸
明代針灸繼續有所發展，公元1443年明政府特定專人仿照宋代的式樣，另行鑄造針灸銅人。這時期出現了不少針灸著作。
明代有大量本草學及方劑學著作，其中又以個人編著者佔大多數。刊行數量遠較先前歷代為多，內容更豐富詳細。
李時珍之《本草綱目》
方劑學
這時期在方劑學發展方面，對方劑的組成、藥理、功效及用法都有所提高。有關的專書也明顯增多。中國古代最大的一部方書就是產生於明代。
清朝 (公元1644-1911年)
溫病學的繼續發展
明朝吳有性的《溫疫論》是溫病學的重要里程，之後其他醫家對溫病學體系繼續進行臨床實踐及理論探討。清朝溫病學說有更進一步發展，已經形成了獨立專題。這個時期的重要人物及著作有，葉桂與《溫熱論》、薜雪與《溼熱條辨》、吳瑭與《溫病條辨》。
人體解剖學
中醫有關人體解剖學的知識，在《黃帝內經》中已有不少記載。但一直髮展緩慢，部分原因歸咎於中醫外科手術沒有受到重視。
《本草綱目拾遺》是一部重要的藥物學專著，共載藥物921種，其中716種是《本草綱目》所未收載或記錄不詳者。書中將藥物共分類為水、火、土、金、石、草、樹、蔓藤植物、花、種子、蔬菜、器物、鳥、獸、甲殼動物及昆蟲。總結了中醫19世紀的藥物學成就。
典型中藥房
大量醫學書籍的編著及整理
為攏絡知識分子，清初的皇帝鼓勵學術生活，並時常資助大型文獻的編纂，因此當時有大量全書、類書及叢書刊行。
由於清朝考據風氣盛行，不少醫家對重要的古典醫籍進行了大量的考證與註釋工作。舉例如《黃帝內經》、《傷寒論》、《金匱要略》等，都有大量註釋刊行。其他臨症各科各自有發展特點與突出成就，表現在不少醫家對疾病診治的總結與醫著的空前增多。
西方醫學的傳入
19世紀末，清政府日益衰落，逐成西方資本主義國家的侵略對象。當時出現很多由中國人或與西方人士共同開辦的西醫學校，一批有關西方醫學的釋本也相繼面世。近百年間，形成了中醫與西醫並存的局面。
中西方醫學結合
在清朝末期，當時醫學界出現了幾種不同的態度和主張；一些人對傳統中醫一概加以鄙視，認為不科學，極力主張取締；一些人拒絕接受新事物，認為西方醫學全部不適合中國人；有一些受過西方思想的人，認識到中西醫各有所長，迫切探索發展中國醫學之路，試圖把西醫學術加以匯通。
近代中國 (1912年)
中西醫匯通及科學化思潮
中醫藥發展的新階段
2006頒佈的第一批非物質文化遺產保護名錄，傳統醫藥作為第九大類共9個項目列入名錄。
黨的十七大報告中又一次明確指出要"中西醫並重"、"扶植中醫藥和民族醫藥事業發展"，在法律上和政策角度賦予中醫合法的地位。
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