来不及说再见
明朝恢复中华之后，矫枉过正，各种典章制度，纷繁复杂，还有功勋爵禄的世袭制度，加上晚明时期益发激烈的党争，使得各种利益盘根错节，一个明朝将军的背后，各种姻亲、故旧等相关利益者数不胜数。
明朝灭亡，是因为李自成攻破北京，而吴三桂之所献关，是因为借满清义师除暴兴亡继绝，起码在表面上是这样。清军进入北京后，还给崇祯皇帝下葬，声言是帮助大明共同讨贼。
这样的政治立场，就不难看出清朝对农民军的态度了。既然清军是给明朝拉偏架的，当然要狠狠地打击农民军这些无君无父的流寇了。
清军兵锋还没有到淮河，在攻略山东、山西时，痛击李自成军时，南京的南明政权，还写信给清军，说：打的好！感谢你来帮我报仇。
李自成军在南明朝廷和清军的两面夹击下，溃不成军，短短一年多时间，就将一个大好局面给败的干干净净，自己也在九宫山被杀，可谓生的壮烈，死的窝囊。
说到这里，都是客观事实。那么，为什么清军对明朝降军网开一面，却对农民军大开杀戒？
其一，农民军没有势力做后台，背景不够强大。清军杀了就杀了，清军也不担心有谁会给他们报仇。而明朝降军不一样，南明还在，这些军官和军人的亲朋故旧大多还在南明体制内，万一都给杀咯，那南明军队里的亲戚朋友给他们报仇，仗一打起来，损失就大了。
其二，清政府的统战政策。这个应是主要原因，你看满清在东北的时候，明朝的一个总兵投降过去，给的礼遇多高（抱腰礼）。为了让洪承畴投降，听说在监牢里还把一个妃子送给洪承畴享用了。可见，满清在拉拢明朝将领时，很下血本。他们的目的就在于向明朝其他军官们说：你们看，投降我们多么好！我们优待俘虏，善待俘虏。瓦解明军士兵的斗志和士气。
其三，清政府的战略欺骗。南明政府还占据着半壁江山，拥兵百万，实力强劲。如果此时清军不分青红皂白，表现出入主中原，大杀四方的杀威，那么很容易让汉族的南明、大西、李自成等武装联合起来，这样对清政府的那点人马非常不利。于是，清政府就拉一派，打一派。南明自视正统，清政府就说自己是吊民伐罪，只是帮明朝清除内患。唐朝也好几次借外族兵打叛军，所有有史可鉴，南明政府也就天真的相信了。
其四，农民军的民族大义。农民军小农意识很强，这使得他们很难建立一个大一统帝国，也使得他们很难接受异族的统治。仗义每多屠狗辈，往往是农民们中的精英，对家国天下的情怀越重。
南明后期的将领，大多都是大西军系统出身。夔东十三家，是大顺军的抵抗组织。在这个意义上说，知识越多越反动，也有一定道理。这些农民军对外族侵略势力的不妥协，也成了清军对农民军下死手的原因之一。
而知而行
“仗义每多屠狗辈，负心多是读书人”。
明朝降将虽不全是读书人且大多是半文盲，但所代表的仍是士族阶级，明朝一股强大的政治力量。农民军降将多是农民出身，造反又属“流寇”“匪徒”，本就是上层厌弃之辈，且脑子一根筋，无论优待虐待，余部都视为降将之耻，自然能杀就杀。优待农民军既是浪费资源，又照顾不好明朝降将的心情。
清军入关后，对明朝降将礼遇有加：无非是个“益”字，厚待明朝降将是为后来作战明朝将军做个“典型”，毕竟明朝即便败落仍是庞然大物，一味硬干，也会惹火上身，能怀柔就怀柔，能拉拢就拉拢，士族读的书多，享的福多，自然不能轻易放下，既然放不下，改换门庭，重新认主就有很大可能。
对农民军降将则格杀勿论：无非在于“不值”，农民军没享过福，且受过大难，没受难为何反？且脑子一根筋，虽是“屠狗辈”大多文盲，基本的民族大义却深藏于心，视清军为“蛮子”，恨之入骨，最重要的是，农民军大多不看眼色，即使优待降将，该反抗还是要反抗，该拼命还是要拼命！只是为了最基本的条件，“生存”！而且拉拢农民军，置明朝降军为何地？就是要对比个天上地下，才能让众士族得知清军对你们士族的“好”啊！
历史事例：
满清入关前投降清朝的明朝大员有尚可喜、耿仲明、孔有德、洪承畴、祖大寿等人，而像李永芳这样的中下级官吏降清的更是不可胜数。
到了1644年4月前，明朝山海关总兵吴三桂更是率领关宁铁骑降清并引领清军入关充当了满清灭亡南明政权的急先锋。（叛徒一旦叛国，向来干活非常积极非常决绝）
1645年清军渡过长江后南明大臣忻城伯赵之龙、礼部尚书钱谦益、魏国公徐文爵、保国公朱国弼、灵璧候汤国祚、定远候邓文郁、大学士王铎、都御史唐世济等人率238000明军献南京城降清。
弘光帝朱由菘本人被南明总兵田雄、马得功等人劫持献于满清。与此同时南明大将宁南侯左良玉之子左梦庚在湖北率其父旧部几十万人降清。清军进入福建后郑成功之父南明平国公郑芝龙率部降清南明隆武政权灭亡。
反观被明清称之为“反贼”的大西、大顺农民军却在民族矛盾空前加强的情况下与南明永历政权结成抗清民族统一战线，在清军入关后与满清在江南地区奋战了数十年之久成为了当之无愧的抗清主力。李自成家族五代人奋起抗清二十年最后李自成的侄儿李来亨在湖北茅麓山一战中全军覆没举家殉国。张献忠的养子李定国在湖南地区“两蹶名王，天下震动“！“重创清军。其后他一直率部抗清直到其在云南病逝。
这下，你能明白了吧？农民的骨气比士族的更硬！所以就砍了！
法号行痴
清军入关后，对待明军和农民军的态度确实是有区别的。明朝的降将，一般都是礼遇有加，而对于农民军的降将，多尔衮只有少数存留，一般都是“格杀勿论”。那到底是为什么呢？这里我觉得有以下几点原因。
一、收拢人心
当时大明虽亡，但还有南明偏安，整个中国的士子之心还是向着明廷的，优待这些降将可以收拢人心，靠这些降将去招降其他明军将领，减少统一的阻力。而农民军是灭掉大明的，若纳降了他们，明军降将肯定会不满，从而产生矛盾。
二、农民军反复无常
在清统治者眼里，农民军像是个流氓政权，言而无信，反复无常，经常反叛，降了又反，反了又降，他们的头头李自成就曾降过，后又反叛，所以留着迟早是个祸患，搞不好还会生出祸端，不如早杀。而明将领大多是宁亡于北兵，不死于流寇。他们是真心降清想打农民军的。
三、俩者价值作用不同
明朝降将对于清朝来说利用价值很大，先别说这些降将对明朝国内的有多了解，就凭他们手里的硬实力也不是农民军能比的。明朝军队掌握当时世界最先进的科技“火器”，并且部队都是火器化部队，接纳了他们，清朝就掌握了当时最先进的军事科技，军事实力提高不是一个档次。而农民军有什么，只有一生蛮力，还多骄横跋扈，组织混乱，并没有多大利用价值。
四、清朝自认是继承了明，而不是篡明
清朝认为大明是被李自成灭的，不是被清，入关就是打着为崇祯报仇口号来的，自己是入关来为明报仇，杀农民军流寇的。乾隆编四库全书的时候也着重说过，明朝是被李自成灭的，不是清灭的，李灭明，清灭李，而李是流寇，所以自己的大清是继承了明，并不是篡了明，杀农民军是帮大明报仇了。
友人帐下夏目君
这个问题有点片面了，清军入关后，明朝降将是很多，确实清军对很多明朝降将都是礼遇有加，加官进爵，很多人都得以率领原所部人马参与之后征服李自成和南明的战斗。但是农民军的将领也谈不上格杀勿论。比如，大西军余部首领孙可望在投降清朝之后还被封为义王，是清朝仅有的五位封王的汉人。其实，优待和礼遇的标准并不是你出身于明军还是农民军，而是取决于是否愿意投降清军，以及投降后是否投降后是否有利于清军对明朝的政府。比如投降的汉人将领很多，出身于明军的很多，但是也有不少出身于农民军。
出身于明军的将领：
入关前投降的武将 代表人物：洪承畴、三顺王、祖大寿等
在满清入关之前，已经与明朝战斗了几十年，在这期间有不少人投降了清朝，有在关外与清兵作战，最终被俘、被围后投降的，例如洪承畴、祖大寿等，也有一些主动投靠清朝的，比如说被称为“三顺王”的孔有德、耿仲明、尚可喜三人，这一类人被称做“辽人”，辽人在入关之后都深受重用，是满清夺取天下的股肱之臣。
比如洪承畴在对南明作战过程中，任湖广、广东、广西、云南、贵州五省经略，总理对南明作战事宜，可以说南明永历政权就是在他的指挥下走向灭亡的；而孔有德、耿仲明、尚可喜三人则是清军南下的主力，掌握十数万大军，湖南、广东、广西都是他们打下来的。
入关后、南下江南前投降的武将 代表人物：吴三桂
清兵入关之后，又有一大批武将投降了清朝，这其中就有著名的汉奸吴三桂，他在李自成占领北京后，引清兵入关，联合清兵击败了李自成，让清朝有了与李自成、南明争夺天下的资本。
除了吴三桂以为，还有山西、山东、河南等地的明朝将领，如姜襄，他们日后也是清廷打江山或者守土安境的主要将官，不过他们的待遇比第一等要稍差一些，这些人中只有吴三桂一人封王，其他人基本都是担任一地的军事主官而已。
还有下江南时投降的武将 代表人物——江北三镇、金声恒等 人。
出身农民军后又投降明军，之后再投降清军的将领：
李成栋
清兵入关后先向西击溃了李自成的大顺政权，之后立即转头南下消灭南明的弘光政权，腐败不堪的弘光政权根本不是对手，各地镇守的武将们望风而降，此时这些武将并不是没有战斗力，都是坐拥数万兵力的一镇总兵，但是他们已经丧失了战斗的勇气，清廷很看不起这些人，但是因为要依靠他们的部队，他们是南下部队的重要补充，不过论功行赏的时候，他们总是受到一些不公正待遇。
著名的例子就是李成栋，他千辛万苦从江北打到嘉定，再到福建、广东（当然一路坏事没少干），可以说广东一个省都是他打下来的，他向朝廷报捷，以为朝廷会封他做两广总督，结果朝廷却封了辽人佟养甲为总督，李成栋连广东巡抚都没捞到，只做了个广东提督，由此可见，在江南投降的降将虽然有能力，但是不受待见。最终，此事造成的后果十分严重，李成栋一怒之下携广东一省反清归明，掀起了一次抗清高潮，清廷差点翻了船。
孙可望
孙可望虽然出身于农民起义军，但是他为人聪明，深得张献忠的喜爱，是张的四大养子之首，不知道他从哪里学的治世之才，他在云南的几年间，把云南治理得井井有条。
后来因为利欲熏心，妄图取代永历皇帝而自立，不惜同室操戈，最终众叛亲离，投降清廷，因其初期还有利用价值，所以被清朝封为义王，但是一旦云南时态平息之后，孙可望失去了利用价值，马上就成了弃子一枚，深受猜忌，最终郁郁而终。
天涯看点历史号
清军对明朝降将礼遇有加，对农民军降将却格杀无论，这是因为清军打着为崇祯皇帝报仇的名义进关取天下的。当时的清朝最高统治者自称是崇祯皇帝的弟弟，打着为大哥报仇的旗号进关，因此对将大哥逼死的农民军将领是格杀无论，对于大哥以前的部下都统统收留。
另一方面，农民军还有朴素的华夷之分，认为满清是蛮族，他们是入侵华夏的。因此农民军对清军的抵抗十分激烈。而明朝的那些将军就聪明多了，知道明朝必亡，大清当兴，因此都是主动投诚的，还带头为清军攻城掠地。两相对比，清军斩杀农民军将军，可以威慑天下百姓，让他们不敢加入农民军；清军善待前明旧将则可以笼络天下读书人，可以达到不战而屈人之兵的目的。
最后南明的势力还很强大，满清当时并不能确定自已就能一统天下，因此善待前明官员，可以瓦解南明的士气民心。如果长久与南明对持，那么善待前明将军则更加重要，因为要利用他们去打头阵，也有利于减少南明军队的抵抗决心。
大秦铁鹰剑士
1643年，即崇祯十六年，闯王李自成率军攻入北京，推翻了明朝统治，明思宗朱由检于煤山自缢身亡，至此明朝统治宣告结束。“迎闯王，盼闯王，闯王来了不纳粮。”可当李自成军队进入北京城不久，整个农民军土匪强盗的真实面貌显漏无疑，从以李自成为首的上层领导层到底下的官兵开始抢钱抢女人，烧杀抢掠，收刮民脂民膏，无恶不作，从明朝的官员到底层的老百姓几乎难逃魔掌。在这当中由于山海关总兵吴三桂的父亲被杀，爱妾被刘宗敏所霸占，正是这杀父之仇，夺妾之恨，使得吴三桂冲关一怒为红颜，打开三海关，迎清军入关，而后八旗兵士，长驱直入，不仅消灭了明朝的残余势力，还诛杀了起义的农民军。但清军对明朝的降将却礼遇有加，而对有农民军降将却格杀勿论，主要有以下原因：
1、出于政治统治的需要。首先，整个封建王朝的统治阶级是地主阶级，其中官僚集团是整个国家的机器。清朝入关，作为一个外来户，泊来者，要想取得统治者地位，永久地站住脚跟，统治千千万万的汉人，就必须依赖这些有才之士，为我所用。这些明朝的降将大多都是饱读兵书，可谓是国家的精英之才，得到他们的支持，也就意味着得到整个大地主集团的支持。而农民军就没有这个天然优势。再者推翻民王朝是农民军，烧烧抢掠明朝百姓官员的也是农民军，对农民军降将格杀勿论，有利于这些明朝降将感激自己，更加效忠自己。
2、出于当时形式的需要。明朝灭亡，清军进关，但当时天下四分五裂，并没有稳定统一。有李自成，张献忠的农民起义军，有南明政权，台湾的郑经集团，纷纷存在。清朝作为一个外来户，毕竟自己的军队数量，军队装备都是有限的。而这些明朝的投降将领，不仅熟读兵书，能征善战，而且还有手底下还有大量的精锐士兵和先进武器，正好可以借用这些明朝降官的力量，消灭农民军和南明政府的反抗。例如：吴三桂就是最好的说明。
3、明朝降将和农民军自身的特点。在汉族人心里，有一种东西，被汉人士子看得比生命还重要——气节。正所谓头可断，血可流，气节不能丢。所以杀一人容易，收服一人可就难上加难，只会招致无数的反抗，无穷无尽。这些明朝降将大多饱读诗书，就相当于给天下士子打广告。而农民军可就不同了，有自身的狭隘性，他们之所以造反，说白了就是为了一口饭吃，有奶便是娘。对他们来说，有饭吃，有钱，有女人，就会效忠你，一旦没有了就可以随时倒戈相向。再者，农民属于被统治地位，如果清军大量接受农民降将，那无疑实在鼓励农民造反，你看，造反不成功，我们还能有人接纳，有饭吃，翻身农奴把歌唱。所以说清军清军对待农民降将的态度肯定于明朝降将截然相反。
以上仅是我的个人之见，有值得商榷的地方，还望大家指正。同时，如果有喜欢的朋友，可以关注我哦。
Lee说
满清入关后，一直自我标榜：明朝正统的继承者。
从这个道德大义出发，清朝的统治者们一直高举着继承遗明的旗号，这样看起来，题主的问题就可以解释了：接受明朝降将，标榜自己统治的合法性，维护自己统治。另一方面，明朝最终亡于农民军之手，所谓朋友的敌人就是自己的敌人，对待农民军，满清从不手软。
所以，但是呢？南明所谓的士大夫阶层也是类似的想法:当清军追击农民军的时候，南明朝廷还想与清军联合一起攻击农民军。难道他们不知道，新生的力量最为威胁吗？
满清政府通过吸收大量的明朝降将，很快稳定了北方局势，让这些改头换面的降将充当马前卒，一路披荆斩棘，将大顺、大西、南明全部扫荡。
诚然，当时的清军作战力量很是凶猛，但是，要想彻底征服整个中国，满清必须要要依靠汉族大臣和将领，这一点，满清高层也是心知肚明，所以
狡兔未死时，走狗必须得养着，毕竟靠人去抓狡兔，人也是会累的。
古今众谈
清朝自认为是继承了明朝的大统，而不是反明朝。是正经继承的，不是剽窃的。祭奠崇祯，为明公主婚嫁等，这些表面文章都要做。当然实质上对于明朝的男性继承人，大清还是要斩尽杀绝的。明朝降将只要投降了，为大清服务，可以接受。士大夫投降，也接受。明朝的一套可以都接受，学习中原的文化，赢得中原的民心。农民军就不同了，他们的那套理念，老百姓不一定接受，清朝也不接受反贼。张献忠屠川等恶迹，比清军入关还可怕。而且李自成、张献忠等反复无常。
白马啸长安
为了标榜自己政权的合法性，必须要用的政治手段，而且政治斗争是一种见不得光的肮脏玩意，都说是为吃瓜群众的幸福鞠躬尽瘁，但往往事与愿违，一但成功了，所有承诺都扔茅坑里，会把你手上最后一块西瓜也抢走，给你一个伟大的梦想，让你天天喝着甜甜的西北风。政治是让千千万万人头落地的恐怖事情，是比资本来到世界上还下三滥，老百姓玩不起，能离多远，离多远吧😄
