來不及說再見
明朝恢復中華之後，矯枉過正，各種典章制度，紛繁複雜，還有功勳爵祿的世襲制度，加上晚明時期益發激烈的黨爭，使得各種利益盤根錯節，一個明朝將軍的背後，各種姻親、故舊等相關利益者數不勝數。
明朝滅亡，是因為李自成攻破北京，而吳三桂之所獻關，是因為借滿清義師除暴興亡繼絕，起碼在表面上是這樣。清軍進入北京後，還給崇禎皇帝下葬，聲言是幫助大明共同討賊。
這樣的政治立場，就不難看出清朝對農民軍的態度了。既然清軍是給明朝拉偏架的，當然要狠狠地打擊農民軍這些無君無父的流寇了。
清軍兵鋒還沒有到淮河，在攻略山東、山西時，痛擊李自成軍時，南京的南明政權，還寫信給清軍，說：打的好！感謝你來幫我報仇。
李自成軍在南明朝廷和清軍的兩面夾擊下，潰不成軍，短短一年多時間，就將一個大好局面給敗的乾乾淨淨，自己也在九宮山被殺，可謂生的壯烈，死的窩囊。
說到這裡，都是客觀事實。那麼，為什麼清軍對明朝降軍網開一面，卻對農民軍大開殺戒？
其一，農民軍沒有勢力做後臺，背景不夠強大。清軍殺了就殺了，清軍也不擔心有誰會給他們報仇。而明朝降軍不一樣，南明還在，這些軍官和軍人的親朋故舊大多還在南明體制內，萬一都給殺咯，那南明軍隊裡的親戚朋友給他們報仇，仗一打起來，損失就大了。
其二，清政府的統戰政策。這個應是主要原因，你看滿清在東北的時候，明朝的一個總兵投降過去，給的禮遇多高（抱腰禮）。為了讓洪承疇投降，聽說在監牢裡還把一個妃子送給洪承疇享用了。可見，滿清在拉攏明朝將領時，很下血本。他們的目的就在於嚮明朝其他軍官們說：你們看，投降我們多麼好！我們優待俘虜，善待俘虜。瓦解明軍士兵的鬥志和士氣。
其三，清政府的戰略欺騙。南明政府還佔據著半壁江山，擁兵百萬，實力強勁。如果此時清軍不分青紅皂白，表現出入主中原，大殺四方的殺威，那麼很容易讓漢族的南明、大西、李自成等武裝聯合起來，這樣對清政府的那點人馬非常不利。於是，清政府就拉一派，打一派。南明自視正統，清政府就說自己是弔民伐罪，只是幫明朝清除內患。唐朝也好幾次借外族兵打叛軍，所有有史可鑑，南明政府也就天真的相信了。
其四，農民軍的民族大義。農民軍小農意識很強，這使得他們很難建立一個大一統帝國，也使得他們很難接受異族的統治。仗義每多屠狗輩，往往是農民們中的精英，對家國天下的情懷越重。
南明後期的將領，大多都是大西軍系統出身。夔東十三家，是大順軍的抵抗組織。在這個意義上說，知識越多越反動，也有一定道理。這些農民軍對外族侵略勢力的不妥協，也成了清軍對農民軍下死手的原因之一。
而知而行
“仗義每多屠狗輩，負心多是讀書人”。
明朝降將雖不全是讀書人且大多是半文盲，但所代表的仍是士族階級，明朝一股強大的政治力量。農民軍降將多是農民出身，造反又屬“流寇”“匪徒”，本就是上層厭棄之輩，且腦子一根筋，無論優待虐待，餘部都視為降將之恥，自然能殺就殺。優待農民軍既是浪費資源，又照顧不好明朝降將的心情。
清軍入關後，對明朝降將禮遇有加：無非是個“益”字，厚待明朝降將是為後來作戰明朝將軍做個“典型”，畢竟明朝即便敗落仍是龐然大物，一味硬幹，也會惹火上身，能懷柔就懷柔，能拉攏就拉攏，士族讀的書多，享的福多，自然不能輕易放下，既然放不下，改換門庭，重新認主就有很大可能。
對農民軍降將則格殺勿論：無非在於“不值”，農民軍沒享過福，且受過大難，沒受難為何反？且腦子一根筋，雖是“屠狗輩”大多文盲，基本的民族大義卻深藏於心，視清軍為“蠻子”，恨之入骨，最重要的是，農民軍大多不看眼色，即使優待降將，該反抗還是要反抗，該拼命還是要拼命！只是為了最基本的條件，“生存”！而且拉攏農民軍，置明朝降軍為何地？就是要對比個天上地下，才能讓眾士族得知清軍對你們士族的“好”啊！
歷史事例：
滿清入關前投降清朝的明朝大員有尚可喜、耿仲明、孔有德、洪承疇、祖大壽等人，而像李永芳這樣的中下級官吏降清的更是不可勝數。
到了1644年4月前，明朝山海關總兵吳三桂更是率領關寧鐵騎降清並引領清軍入關充當了滿清滅亡南明政權的急先鋒。（叛徒一旦叛國，向來幹活非常積極非常決絕）
1645年清軍渡過長江後南明大臣忻城伯趙之龍、禮部尚書錢謙益、魏國公徐文爵、保國公朱國弼、靈璧候湯國祚、定遠候鄧文鬱、大學士王鐸、都御史唐世濟等人率238000明軍獻南京城降清。
弘光帝朱由菘本人被南明總兵田雄、馬得功等人劫持獻於滿清。與此同時南明大將寧南侯左良玉之子左夢庚在湖北率其父舊部幾十萬人降清。清軍進入福建後鄭成功之父南明平國公鄭芝龍率部降清南明隆武政權滅亡。
反觀被明清稱之為“反賊”的大西、大順農民軍卻在民族矛盾空前加強的情況下與南明永曆政權結成抗清民族統一戰線，在清軍入關後與滿清在江南地區奮戰了數十年之久成為了當之無愧的抗清主力。李自成家族五代人奮起抗清二十年最後李自成的侄兒李來亨在湖北茅麓山一戰中全軍覆沒舉家殉國。張獻忠的養子李定國在湖南地區“兩蹶名王，天下震動“！“重創清軍。其後他一直率部抗清直到其在雲南病逝。
這下，你能明白了吧？農民的骨氣比士族的更硬！所以就砍了！
法號行痴
清軍入關後，對待明軍和農民軍的態度確實是有區別的。明朝的降將，一般都是禮遇有加，而對於農民軍的降將，多爾袞只有少數存留，一般都是“格殺勿論”。那到底是為什麼呢？這裡我覺得有以下幾點原因。
一、收攏人心
當時大明雖亡，但還有南明偏安，整個中國的士子之心還是向著明廷的，優待這些降將可以收攏人心，靠這些降將去招降其他明軍將領，減少統一的阻力。而農民軍是滅掉大明的，若納降了他們，明軍降將肯定會不滿，從而產生矛盾。
二、農民軍反覆無常
在清統治者眼裡，農民軍像是個流氓政權，言而無信，反覆無常，經常反叛，降了又反，反了又降，他們的頭頭李自成就曾降過，後又反叛，所以留著遲早是個禍患，搞不好還會生出禍端，不如早殺。而明將領大多是寧亡於北兵，不死於流寇。他們是真心降清想打農民軍的。
三、倆者價值作用不同
明朝降將對於清朝來說利用價值很大，先別說這些降將對明朝國內的有多瞭解，就憑他們手裡的硬實力也不是農民軍能比的。明朝軍隊掌握當時世界最先進的科技“火器”，並且部隊都是火器化部隊，接納了他們，清朝就掌握了當時最先進的軍事科技，軍事實力提高不是一個檔次。而農民軍有什麼，只有一生蠻力，還多驕橫跋扈，組織混亂，並沒有多大利用價值。
四、清朝自認是繼承了明，而不是篡明
清朝認為大明是被李自成滅的，不是被清，入關就是打著為崇禎報仇口號來的，自己是入關來為明報仇，殺農民軍流寇的。乾隆編四庫全書的時候也著重說過，明朝是被李自成滅的，不是清滅的，李滅明，清滅李，而李是流寇，所以自己的大清是繼承了明，並不是篡了明，殺農民軍是幫大明報仇了。
友人帳下夏目君
這個問題有點片面了，清軍入關後，明朝降將是很多，確實清軍對很多明朝降將都是禮遇有加，加官進爵，很多人都得以率領原所部人馬參與之後征服李自成和南明的戰鬥。但是農民軍的將領也談不上格殺勿論。比如，大西軍餘部首領孫可望在投降清朝之後還被封為義王，是清朝僅有的五位封王的漢人。其實，優待和禮遇的標準並不是你出身於明軍還是農民軍，而是取決於是否願意投降清軍，以及投降後是否投降後是否有利於清軍對明朝的政府。比如投降的漢人將領很多，出身於明軍的很多，但是也有不少出身於農民軍。
出身於明軍的將領：
入關前投降的武將 代表人物：洪承疇、三順王、祖大壽等
在滿清入關之前，已經與明朝戰鬥了幾十年，在這期間有不少人投降了清朝，有在關外與清兵作戰，最終被俘、被圍後投降的，例如洪承疇、祖大壽等，也有一些主動投靠清朝的，比如說被稱為“三順王”的孔有德、耿仲明、尚可喜三人，這一類人被稱做“遼人”，遼人在入關之後都深受重用，是滿清奪取天下的股肱之臣。
比如洪承疇在對南明作戰過程中，任湖廣、廣東、廣西、雲南、貴州五省經略，總理對南明作戰事宜，可以說南明永曆政權就是在他的指揮下走向滅亡的；而孔有德、耿仲明、尚可喜三人則是清軍南下的主力，掌握十數萬大軍，湖南、廣東、廣西都是他們打下來的。
入關後、南下江南前投降的武將 代表人物：吳三桂
清兵入關之後，又有一大批武將投降了清朝，這其中就有著名的漢奸吳三桂，他在李自成佔領北京後，引清兵入關，聯合清兵擊敗了李自成，讓清朝有了與李自成、南明爭奪天下的資本。
除了吳三桂以為，還有山西、山東、河南等地的明朝將領，如姜襄，他們日後也是清廷打江山或者守土安境的主要將官，不過他們的待遇比第一等要稍差一些，這些人中只有吳三桂一人封王，其他人基本都是擔任一地的軍事主官而已。
還有下江南時投降的武將 代表人物——江北三鎮、金聲恆等 人。
出身農民軍後又投降明軍，之後再投降清軍的將領：
李成棟
清兵入關後先向西擊潰了李自成的大順政權，之後立即轉頭南下消滅南明的弘光政權，腐敗不堪的弘光政權根本不是對手，各地鎮守的武將們望風而降，此時這些武將並不是沒有戰鬥力，都是坐擁數萬兵力的一鎮總兵，但是他們已經喪失了戰鬥的勇氣，清廷很看不起這些人，但是因為要依靠他們的部隊，他們是南下部隊的重要補充，不過論功行賞的時候，他們總是受到一些不公正待遇。
著名的例子就是李成棟，他千辛萬苦從江北打到嘉定，再到福建、廣東（當然一路壞事沒少幹），可以說廣東一個省都是他打下來的，他向朝廷報捷，以為朝廷會封他做兩廣總督，結果朝廷卻封了遼人佟養甲為總督，李成棟連廣東巡撫都沒撈到，只做了個廣東提督，由此可見，在江南投降的降將雖然有能力，但是不受待見。最終，此事造成的後果十分嚴重，李成棟一怒之下攜廣東一省反清歸明，掀起了一次抗清高潮，清廷差點翻了船。
孫可望
孫可望雖然出身於農民起義軍，但是他為人聰明，深得張獻忠的喜愛，是張的四大養子之首，不知道他從哪裡學的治世之才，他在雲南的幾年間，把雲南治理得井井有條。
後來因為利慾薰心，妄圖取代永曆皇帝而自立，不惜同室操戈，最終眾叛親離，投降清廷，因其初期還有利用價值，所以被清朝封為義王，但是一旦雲南時態平息之後，孫可望失去了利用價值，馬上就成了棄子一枚，深受猜忌，最終鬱鬱而終。
天涯看點歷史號
清軍對明朝降將禮遇有加，對農民軍降將卻格殺無論，這是因為清軍打著為崇禎皇帝報仇的名義進關取天下的。當時的清朝最高統治者自稱是崇禎皇帝的弟弟，打著為大哥報仇的旗號進關，因此對將大哥逼死的農民軍將領是格殺無論，對於大哥以前的部下都統統收留。
另一方面，農民軍還有樸素的華夷之分，認為滿清是蠻族，他們是入侵華夏的。因此農民軍對清軍的抵抗十分激烈。而明朝的那些將軍就聰明多了，知道明朝必亡，大清當興，因此都是主動投誠的，還帶頭為清軍攻城掠地。兩相對比，清軍斬殺農民軍將軍，可以威懾天下百姓，讓他們不敢加入農民軍；清軍善待前明舊將則可以籠絡天下讀書人，可以達到不戰而屈人之兵的目的。
最後南明的勢力還很強大，滿清當時並不能確定自已就能一統天下，因此善待前明官員，可以瓦解南明的士氣民心。如果長久與南明對持，那麼善待前明將軍則更加重要，因為要利用他們去打頭陣，也有利於減少南明軍隊的抵抗決心。
大秦鐵鷹劍士
1643年，即崇禎十六年，闖王李自成率軍攻入北京，推翻了明朝統治，明思宗朱由檢於煤山自縊身亡，至此明朝統治宣告結束。“迎闖王，盼闖王，闖王來了不納糧。”可當李自成軍隊進入北京城不久，整個農民軍土匪強盜的真實面貌顯漏無疑，從以李自成為首的上層領導層到底下的官兵開始搶錢搶女人，燒殺搶掠，收刮民脂民膏，無惡不作，從明朝的官員到底層的老百姓幾乎難逃魔掌。在這當中由於山海關總兵吳三桂的父親被殺，愛妾被劉宗敏所霸佔，正是這殺父之仇，奪妾之恨，使得吳三桂衝關一怒為紅顏，打開三海關，迎清軍入關，而後八旗兵士，長驅直入，不僅消滅了明朝的殘餘勢力，還誅殺了起義的農民軍。但清軍對明朝的降將卻禮遇有加，而對有農民軍降將卻格殺勿論，主要有以下原因：
1、出於政治統治的需要。首先，整個封建王朝的統治階級是地主階級，其中官僚集團是整個國家的機器。清朝入關，作為一個外來戶，泊來者，要想取得統治者地位，永久地站住腳跟，統治千千萬萬的漢人，就必須依賴這些有才之士，為我所用。這些明朝的降將大多都是飽讀兵書，可謂是國家的精英之才，得到他們的支持，也就意味著得到整個大地主集團的支持。而農民軍就沒有這個天然優勢。再者推翻民王朝是農民軍，燒燒搶掠明朝百姓官員的也是農民軍，對農民軍降將格殺勿論，有利於這些明朝降將感激自己，更加效忠自己。
2、出於當時形式的需要。明朝滅亡，清軍進關，但當時天下四分五裂，並沒有穩定統一。有李自成，張獻忠的農民起義軍，有南明政權，臺灣的鄭經集團，紛紛存在。清朝作為一個外來戶，畢竟自己的軍隊數量，軍隊裝備都是有限的。而這些明朝的投降將領，不僅熟讀兵書，能征善戰，而且還有手底下還有大量的精銳士兵和先進武器，正好可以借用這些明朝降官的力量，消滅農民軍和南明政府的反抗。例如：吳三桂就是最好的說明。
3、明朝降將和農民軍自身的特點。在漢族人心裡，有一種東西，被漢人士子看得比生命還重要——氣節。正所謂頭可斷，血可流，氣節不能丟。所以殺一人容易，收服一人可就難上加難，只會招致無數的反抗，無窮無盡。這些明朝降將大多飽讀詩書，就相當於給天下士子打廣告。而農民軍可就不同了，有自身的狹隘性，他們之所以造反，說白了就是為了一口飯吃，有奶便是娘。對他們來說，有飯吃，有錢，有女人，就會效忠你，一旦沒有了就可以隨時倒戈相向。再者，農民屬於被統治地位，如果清軍大量接受農民降將，那無疑實在鼓勵農民造反，你看，造反不成功，我們還能有人接納，有飯吃，翻身農奴把歌唱。所以說清軍清軍對待農民降將的態度肯定於明朝降將截然相反。
以上僅是我的個人之見，有值得商榷的地方，還望大家指正。同時，如果有喜歡的朋友，可以關注我哦。
Lee說
滿清入關後，一直自我標榜：明朝正統的繼承者。
從這個道德大義出發，清朝的統治者們一直高舉著繼承遺明的旗號，這樣看起來，題主的問題就可以解釋了：接受明朝降將，標榜自己統治的合法性，維護自己統治。另一方面，明朝最終亡於農民軍之手，所謂朋友的敵人就是自己的敵人，對待農民軍，滿清從不手軟。
所以，但是呢？南明所謂的士大夫階層也是類似的想法:當清軍追擊農民軍的時候，南明朝廷還想與清軍聯合一起攻擊農民軍。難道他們不知道，新生的力量最為威脅嗎？
滿清政府通過吸收大量的明朝降將，很快穩定了北方局勢，讓這些改頭換面的降將充當馬前卒，一路披荊斬棘，將大順、大西、南明全部掃蕩。
誠然，當時的清軍作戰力量很是兇猛，但是，要想徹底征服整個中國，滿清必須要要依靠漢族大臣和將領，這一點，滿清高層也是心知肚明，所以
狡兔未死時，走狗必須得養著，畢竟靠人去抓狡兔，人也是會累的。
古今眾談
清朝自認為是繼承了明朝的大統，而不是反明朝。是正經繼承的，不是剽竊的。祭奠崇禎，為明公主婚嫁等，這些表面文章都要做。當然實質上對於明朝的男性繼承人，大清還是要斬盡殺絕的。明朝降將只要投降了，為大清服務，可以接受。士大夫投降，也接受。明朝的一套可以都接受，學習中原的文化，贏得中原的民心。農民軍就不同了，他們的那套理念，老百姓不一定接受，清朝也不接受反賊。張獻忠屠川等惡跡，比清軍入關還可怕。而且李自成、張獻忠等反覆無常。
白馬嘯長安
為了標榜自己政權的合法性，必須要用的政治手段，而且政治鬥爭是一種見不得光的骯髒玩意，都說是為吃瓜群眾的幸福鞠躬盡瘁，但往往事與願違，一但成功了，所有承諾都扔茅坑裡，會把你手上最後一塊西瓜也搶走，給你一個偉大的夢想，讓你天天喝著甜甜的西北風。政治是讓千千萬萬人頭落地的恐怖事情，是比資本來到世界上還下三濫，老百姓玩不起，能離多遠，離多遠吧😄
