據說，珍妃不光漂亮活潑，能拉會唱，還最理解光緒，支持光緒，可以說跟光緒志同道合。光緒被壓制，生活上受慈禧太后監視，活得很壓抑，而與他品味相投的珍妃，無疑成了他鬱郁生活裡珍貴的心靈歸屬地，因此，他分外寵愛這位妃子。
珍妃之死
而26歲便開始守寡，連自己兒子的幸福婚姻都會嫉妒的慈禧太后，當然開不慣這兩個人整天的恩恩愛愛。況且，她跟光緒不合，而珍妃還敢支持光緒，因此，她把珍妃早視為了眼中釘，早就把她打進了冷宮。慈禧帶領光緒西逃前，以怕珍妃在兵荒馬亂的年月萬一出了什麼事丟了皇家的體面為由，決心趁機除掉珍妃這個心頭之患。於是她命人把珍妃從冷宮提溜出來，在進行完一番痛斥辱罵後，命令李蓮英和另一個太監崔玉貴把珍妃丟進了頤和軒後邊的井裡。珍妃死前高喊，李諳達救我，這是當時附近的很多太監都聽到的，因此，宮裡都傳言說李蓮英親手把珍妃投進了井裡。
光緒皇帝突然駕崩
1908年11月14日下午，年僅38歲的光緒帝突然駕崩，第二天下午，慈禧太后撒手西去，兩人的死前後僅僅相差20個小時。慈禧去世時，時任禮部尚書的溥良親眼看到有太監從慈禧宮中傳出了一個蓋碗，稱是太后賞給萬歲爺的塌喇（酸奶），而就在塌喇（酸奶）送去後不久，光緒就去世了。
2008年，在光緒去世一百年之際，研究人員通過現代的法醫學手段，對光緒遺體的頭髮、遺骨、衣服等進行了反覆檢查、研究和分析，最後在光緒頭髮上及每件衣服的胃的部位發現了超過正常值至少二十倍的砷含量，而砷化合物也就是俗稱的劇毒砒霜。由此專家得出結論，光緒當初是被毒死的。
光緒去世前，慈禧已處於彌留之際，親手安排毒死光緒不太可能，而能幫她一手安排此事的只有她身邊的親信——李蓮英。李蓮英操作害死了光緒，在光緒去世的第二年，宮中便開始有這樣的傳聞，而朝廷中的地檔勢力更是對此深信不疑。李蓮英是慈禧的人，慈禧的意思他不會不執行。
那麼珍妃和光緒皇帝真的是李蓮英害死的嗎？李蓮英跟光緒的關係到底如何？
晚清文人王照曾講訴了這樣一個故事。1901年《辛丑條約》簽訂後，西逃了一年多的慈禧太后帶著光緒皇帝返回北京，在走到保定時，一行人停下休息。傍晚的時候，李蓮英在安頓好慈禧以後又到光緒皇帝的房間。看到光緒當時的被褥還沒有，趕緊跪在地上，抱著光緒的大腿喊：“奴才該死”。立刻回到自己的房間，把自己的被褥拿來給光緒用上。光緒後來回憶西逃時的苦楚時，若沒有李諳達，我活不到今天。
從這件事情可以看出來，其實李蓮英跟光緒皇帝的關係還算不錯，那他會殺害光緒的愛妃珍妃嗎？
在《太監談往錄》一書中，一位叫戴壽臣的太監回憶說，當時他的一位同仁王祥親眼看見珍妃被丟到井裡，而王祥跟他講訴的實情和坊間的傳聞不太一樣。
王祥說，西太后把珍妃指責痛罵了一頓之後，怕時間耽擱久了，就接連著喊叫快點動手，崔玉貴走上前去，把珍妃扯過來，連攜帶提地把她丟到井裡去。珍妃臨危前大聲呼喚：“李諳達、李諳達”。從在場太監的講訴來看，珍妃之死，其實是崔玉貴一手所為，李蓮英並沒有參與。而珍妃高喊李諳達救我，只是在向李蓮英求救，而李蓮英當時並不在場。
對於這件事，李家人也一致否認珍妃是李蓮英害死的。他們說，西逃的前一天，慈禧太后給李蓮英放了一天假，讓他回去收拾東西，就在李蓮英回家期間，珍妃被害死了。當李蓮英得知消息後，痛惜萬分。
李蓮英是一個八面玲瓏的人，他知道雖然現在蒙太后恩寵，但是畢竟慈禧年事已高，他如果仗勢欺人，得罪了光緒，等太后百年之後，光緒當了權，自己的腦袋就得搬家了。所以在這場帝后之戰中，李蓮英表面上站在慈禧的一邊，暗地裡卻在積極修復、維繫和光緒的關係，他不可能做出得罪或傷害光緒的事來。即便最後光緒病重，可以不必忌憚，但畢竟他背後還有地檔在，慈禧太后此時已經奄奄一息，眼看靠山將倒，李蓮英怎麼可能在這個時候給自己樹敵呢？
