“歸巢（homing）”是幹細胞聰明的一個表現。“歸巢”這個概念早在1983年就提出來了，原本是指循環在血液中的淋巴細胞，有遷移回派生出它們的淋巴組織部位（如淋巴結）的傾向，這一回歸現象稱為“淋巴細胞的歸巢”。後來“歸巢”這一概念也逐漸引申到幹細胞。
幹細胞歸巢就是指自體或外源性幹細胞在多種因素的作用下，能定向趨向性遷移，越過血管內皮細胞至靶向組織，並定植存活的過程，類似於人體局部炎症反應後大量白細胞遷移至炎症周圍。幹細胞的歸巢能力就像自帶了GPS，通過定位系統自動導航去身體需要它的地方，及時修復受損細胞。
幹細胞周圍的細胞形成像搖籃樣的環境保護著幹細胞，這一環境被稱為微環境（幹細胞巢，niche），它是幹細胞存在的基礎。微環境由和幹細胞相鄰的各種細胞、細胞外基質(ECM)以及多種細胞因子等構成。微環境不僅給幹細胞提供養分，同時還指導幹細胞的行動，決定幹細胞的分化方向。
微環境改變是幹細胞歸巢的始動因素，組織損傷局部表達多種趨化因子、黏附因子、生長因子等各種信號分子。不同的微環境分泌不同的信號分子，吸引幹細胞定向到達該組織。幹細胞歸巢，最終歸巢至骨髓，歸巢至各個臟器，歸巢至炎症及創傷部位。
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