慕容羽峰
你好，很高兴受邀回答你的问题。
我认为法官会判由公司支付甲转让款；
乙应当给公司支付转让款。
具体分析如下：
本案中甲乙公司三方签订的协议，本质上是甲与乙的股份转让及乙与公司的债务转让。这个协议，是三方的真实意思表示，形式完备，内容不违反法律强制性规定，合法有效。
首先是甲与乙。
甲与乙之间是公司内部股权转让，这在公司法中是可以的。甲把股份转让于乙后，乙应当支付转让款。正常情况下，应当支付给甲。但在本案中，公司又成了协议的第三方参与，因此，支付转让款的债权人甲方不能要求乙支付转让款。也就是说，甲不能直接起诉乙要求支付转让款。
其次是乙与公司。
乙与公司是债务的转让。乙把向甲支付转让款的义务转让于公司。根据合同法规定，债务的转让须经债权人同意。本案中，甲同意乙把转让款给公司，然后由公司支付甲，所以原债务人乙不再负有向甲支付的义务，而由新的债务人公司承担向甲支付转让款的义务。所以，甲只能起诉公司要求支付转让款。
再次是公司与乙。
公司与乙是债务的转让关系，同时又成立新的债权债务。乙负有向公司支付转让款的义务。本案中乙没有向公司支付转让款，对公司构成违约，所以乙在承担向公司支付转让款的义务的同时，又要向公司承担违约金。如果乙不支付，公司可以起诉乙。
总之，法官会判公司向甲支付转让款2000万元，乙应当向公司支付2000万元。
生命总像一支铅笔
法海一粟认为，这个案子应当直接判决乙给付甲方2000万元，并赔偿因乙的违约行为给甲方所造成的利息损失。——这个利息损失可能是400万元。
1、三方之间的法律关系确定。根据案情陈述，三方协议，表现为两个法律关系。一是甲与乙之间的股权转让法律关系。在这个法律关系中，甲是股权转让人，乙是股权受让人，乙应当按照约定支付股权转让款2000万元。由于乙没有按照约定将股权转让款付给公司，乙因此应当向甲承担违约责任。二是甲与公司之间的民间借贷法律关系。在这个法律关系中，甲将股权转让款2000万元出借给公司，公司还款2400万元，分三年还清。——这里的利息约定不违反法律规定，约定有效。公司收到2000万元后，应当按照约定承担还本付息的合同义务。公司如果没有按照约定于三年内给付甲2400万元的，则应当向甲承担违约责任。
2、谁应当向甲承担还款责任。按照民间借贷法律关系，公司应当向甲承担还本付息的法律责任。但是，公司之所以没有履行还本付息的合同义务，是因为公司并未收到甲出借的2000万元本金。公司没有收到2000万元本金，是因为乙没有按照约定将2000万元股权转让款汇入公司。由于乙向公司转款2000万元，是履行乙与甲之间的合同义务，换句话说，乙的付款行为，是代甲向公司履行交付出借本金的合同义务，因此，乙未向公司转款应视为甲未向公司交付出借款本金。因此，公司因为未收到2000万元的出借款，所以公司无需向甲承担还本付息的责任。
按照股权转让法律关系，乙应当向甲履行支付2000万元股权转让款的义务。由于乙未按照约定向将2000万元转给公司，因此，乙应当向甲承担违约责任，因为乙与公司之间没有法律关系。乙向公司转款2000万元，是履行与甲之间的合同义务。鉴于乙没有按照约定向公司给付2000万元，并因此造成甲不能按照与公司之间的民间借贷合同获得400万元的利息。因此，乙除了支付甲2000万元股权转让款之外，还应当赔偿甲的400万元的利息损失。——假如逾期期限达到三年的话。
法海一粟：运筹帷幄之中，决战法庭之上。
法海一粟
首先，应认定该合同的效力。
《合同法》第五十二条 合同无效的法定情形
有下列情形之一的，合同无效： （一）一方以欺诈、胁迫的手段订立合同，损害国家利益； （二）恶意串通，损害国家、集体或者第三人利益； （三）以合法形式掩盖非法目的； （四）损害社会公共利益； （五）违反法律、行政法规的强制性规定。
我认为你们三方签订的合同损害了他人利益，属于违反《合同法》第五十二条第一款第（二）项“恶意串通 ，损害国家、集体或者第三人利益”有关规定。应当认定该合同无效。
其次，合同认定无效后怎么办？
《合同法》第五十八条 合同无效或被撤销的法律后果
合同无效或者被撤销后，因该合同取得的财产，应当予以返还；不能返还或者没有必要返还的，应当折价补偿。有过错的一方应当赔偿对方因此所受到的损失，双方都有过错的，应当各自承担相应的责任。
根据上述条款，应判令公司返回甲方股权。
