1.在主體地位上的區別。
子公司具備獨立的法人資格，以自己的名義開展各種經濟活動；其責任由其獨立承擔。
分公司不具有法人資格，其是總公司的一個分支機構，不具備承擔民事責任的資格，其若是發生民事糾紛等由總公司統一承擔，總機構對其財務、業務、人員等直接進行統一核算和管理的分支機構。
2.在稅收上的差異
（1）企業所得稅：
① 對於分公司而言。文件“《國家稅務總局關於印發〈跨地區經營彙總納稅企業所得稅徵收管理辦法〉的公告》（國家稅務總局公告2012年第57號）”規定：居民企業在中國境內跨地區（指跨省、自治區、直轄市和計劃單列市，下同）設立不具有法人資格分支機構的，該居民企業為跨地區經營彙總納稅企業（以下簡稱彙總納稅企業）。彙總納稅企業實行“統一計算、分級管理、就地預繳、彙總清算、財政調庫”的企業所得稅徵收管理辦法。 具體是指總機構統一計算包括彙總納稅企業所屬各個不具有法人資格分支機構在內的全部應納稅所得額、應納稅額。
說明：第一、由上述規定可以看出，不同分支機構如果有虧損、盈利，在彙總計算繳納時能夠互相抵消，企業可以利用提前預測總公司和新成立公司的盈利水平，從而通過選擇新成立企業的性質，使集團的整體稅負下降。
第二、“統一計算、分級管理、就地預繳、彙總清算、財政調庫”的彙總政策出臺的理解:現行企業所得稅實行法人所得稅制，按照企業所得稅的立法本意，法人企業為企業所得稅納稅義務人，對企業在中國境內設立不具有法人資格的營業機構的，應當彙總計算並繳納企業所得稅。但由於我國是分灶吃飯的財政體制，企業所得稅統一在總機構所在地申報繳納，會影響地方政府經濟利益，並且不利於調動地方政府發展的積極性。為了解決法人課稅制度與分稅制財稅管理體制的不兼容問題，在遵循《中華人民共和國企業所得稅法》所確定的法人所得稅制的基礎上，要求分支機構就地預繳企業所得稅，並採取一定的財政調庫措施。
第三、不需要就地預繳企業所得稅的分支機構
A、未納入中央和地方分享範圍的企業的分支機構無須就地預繳企業所得稅。國有郵政企業（包括中國郵政集團公司及其控股公司和直屬單位）、中國工商銀行股份有限公司、中國農業銀行股份有限公司、中國銀行股份有限公司、國家開發銀行股份有限公司、中國農業發展銀行、中國進出口銀行、中國投資有限責任公司、中國建設銀行股份有限公司、中國建銀投資有限責任公司、中國信達資產管理股份有限公司、中國石油天然氣股份有限公司、中國石油化工股份有限公司、海洋石油天然氣企業（包括中國海洋石油總公司、中海石油（中國）有限公司、中海油田服務股份有限公司、海洋石油工程股份有限公司）、中國長江電力股份有限公司等繳納企業所得稅未納入中央和地方分享範圍的企業，不用就地預繳企業所得稅。
B、同一轄區內設立分公司不需要預繳企業所得稅。居民企業在中國境內跨地區(指跨省、自治區、直轄市和計劃單列市)設立不具有法人資格分支機構的，該居民企業為跨地區經營彙總納稅企業，除另有規定外，其企業所得稅實行“統一計算、分級管理、就地預繳、彙總清算、財政調庫”的企業所得稅徵收管理辦法。但對居民企業在中國境內沒有跨地區設立不具有法人資格分支機構，僅在同一省、自治區、直轄市和計劃單列市內設立不具有法人資格分支機構的，其企業所得稅徵收管理辦法，由各省、自治區、直轄市和計劃單列市國家稅務局、地方稅務局參照國家稅務總局公告2012年第57號聯合制定。但各省、自治區、直轄市和計劃單列市國家稅務局、地方稅務局即便是按照“統一計算、分級管理、就地預繳、彙總清算、財政調庫”的企業所得稅徵收管理辦法，也是就同一省、自治區、直轄市和計劃單列市內跨地、市(區、縣)設立不具有法人資格營業機構、場所的分支機構就地預繳，但對同一市(區、縣)內設立的非法人分支機構，不論是獨立核算還是非獨立核算，因為同屬一級財政，並且同屬一個主管稅務機關，所以，對同一轄區內設立的獨立核算的分支機構實現的利潤由法人企業統一申報繳納，分支機構不用單獨申報繳納，並且其設立的分支機構不作為跨地區設立非法人分支機構的分配基數。
C、三級及以下分支機構不就地預繳企業所得稅。現有公司是實行一級法人。公司設立的分支機構中，二級分支機構多辦是以分公司或辦事處形式出現，三級分支機構則是百分之百的辦事處形式。具有主體生產經營職能的二級分支機構，就地分期預繳企業所得稅；對總機構的二級分支機構及其下屬機構均由二級分支機構集中就地預繳企業所得稅；三級及以下分支機構不就地預繳企業所得稅，其經營收入、職工工資和資產總額統一計入二級分支機構。
D、總機構設立具有主體生產經營職能的部門（非二級分支機構），且該部門的營業收入、職工薪酬和資產總額與管理職能部門分開核算的，可將該部門視同一個二級分支機構，就地繳納企業所得稅；該部門與管理職能部門的營業收入、職工薪酬和資產總額不能分開核算的，該部門不得視同一個二級分支機構，不就地繳納企業所得稅。
E、不具有主體生產經營職能，且在當地不繳納增值稅、營業稅的產品售後服務、內部研發、倉儲等彙總納稅企業內部輔助性的二級分支機構，不就地分攤繳納企業所得稅。
F、上年度認定為小型微利企業的，其二級分支機構不就地分攤繳納企業所得稅。該分支機構應按零申報處理，提供總機構主管稅務機關確認其為小型微利企業的文書或相關證明資料，同時不能取消稅種登記，等總機構不符合小型微利企業的第二年開始進行就地預繳。
G、新設立的二級分支機構，設立當年不就地分攤繳納企業所得稅。各分支機構應分攤所得稅款的比例是按照上一年度分支機構的經營收入、職工工資和資產總額三個因素計算。因為新設立的分支機構因沒有以前年度的有關信息，相應就無法計算新設立的分支機構應分攤所得稅款的比例，所以，新設立的分立企業，在設立的當年不就地預繳企業所得稅，在次年依法就地預繳企業所得稅。但對彙總納稅企業當年由於重組等原因從其他企業取得重組當年之前已存在的二級分支機構，並作為本企業二級分支機構管理的，該二級分支機構不視同當年新設立的二級分支機構，按規定計算分攤並就地繳納企業所得稅。以及彙總納稅企業內就地分攤繳納企業所得稅的總機構、二級分支機構之間，發生合併、分立、管理層級變更等形成的新設或存續的二級分支機構，不視同當年新設立的二級分支機構，按規定計算分攤並就地繳納企業所得稅。
H、當年撤銷的二級分支機構，自辦理註銷稅務登記之日所屬企業所得稅預繳期間起，不就地分攤繳納企業所得稅。也就是說，撤銷的分支機構在撤銷當年的剩餘期限內未預繳的企業所得稅，不再就地預繳企業所得稅，由總機構將分支機構的清算所得併入總機構應稅所得，依法計算繳納企業所得稅，並且全部繳入中央國庫。
I、彙總納稅企業在中國境外設立的不具有法人資格的二級分支機構，不就地分攤繳納企業所得稅。即對在中國境內設立的具有法人資格的居民企業，其在境外設立的非法人營業機構取得的所得，不實行預繳企業所得稅。
J、同一省、自治區、直轄市和計劃單列市稅務機關可以自行確定分支機構是否就地預繳企業所得稅。在同一省、自治區、直轄市和計劃單列市內設立不具有法人資格分支機構的，其企業所得稅徵收管理辦法，由各省、自治區、直轄市和計劃單列市國家稅務局、地方稅務局參照國家稅務總局公告2012年第57號聯合制定。如：江蘇省國家稅務局、江蘇省地方稅務局轉發《國家稅務總局關於印發〈跨地區經營彙總納稅企業所得稅徵收管理暫行辦法〉的通知》的通知（蘇國稅發〔2008〕42號）和河南省國家稅務局河南省地方稅務局公告2013年第4號《河南省跨市經營彙總納稅企業所得稅徵收管理暫行辦法》等。
第四、彙總納稅稅款分攤方式：彙總納稅企業按照《企業所得稅法》規定彙總計算的企業所得稅，包括預繳稅款和彙算清繳應繳應退稅款，50%在各分支機構間分攤，各分支機構根據分攤稅款就地辦理繳庫或退庫；50%由總機構分攤繳納，其中25%就地辦理繳庫或退庫，25%就地全額繳入中央國庫或退庫。具體的稅款繳庫或退庫程序按照財預〔2012〕40號文件第五條等相關規定執行。
第五、彙總納稅稅款各分支機構分攤：總機構應按照上年度分支機構的營業收入、職工薪酬和資產總額三個因素計算各分支機構分攤所得稅款的比例；三級及以下分支機構，其營業收入、職工薪酬和資產總額統一計入二級分支機構；三因素的權重依次為0.35、0.35、0.30。即按下列公式計算：某分支機構分攤比例=（該分支機構營業收入／各分支機構營業收入之和）×0.35+（該分支機構職工薪酬／各分支機構職工薪酬之和）×0.35+（該分支機構資產總額／各分支機構資產總額之和）×0.30
分支機構營業收入，是指分支機構銷售商品、提供勞務、讓渡資產使用權等日常經營活動實現的全部收入。
本辦法所稱分支機構職工薪酬，是指分支機構為獲得職工提供的服務而給予各種形式的報酬以及其他相關支出。
本辦法所稱分支機構資產總額，是指分支機構在經營活動中實際使用的應歸屬於該分支機構的資產合計額。
本辦法所稱上年度分支機構的營業收入、職工薪酬和資產總額，是指分支機構上年度全年的營業收入、職工薪酬數據和上年度12月31日的資產總額數據，是依照國家統一會計制度的規定核算的數據。
一個納稅年度內，總機構首次計算分攤稅款時採用的分支機構營業收入、職工薪酬和資產總額數據，與此後經過中國註冊會計師審計確認的數據不一致的，不作調整。
第六、總機構和分支機構處於不同稅率地區的，先由總機構統一計算全部應納稅所得額，然後按本辦法第六條規定的比例和按第十五條計算的分攤比例，計算劃分不同稅率地區機構的應納稅所得額，再分別按各自的適用稅率計算應納稅額後加總計算出彙總納稅企業的應納所得稅總額，最後按本辦法第六條規定的比例和按第十五條計算的分攤比例，向總機構和分支機構分攤就地繳納的企業所得稅款。
第七、以總機構名義進行生產經營的非法人分支機構，無法提供彙總納稅企業分支機構所得稅分配表，也無法提供本辦法第二十三條規定相關證據證明其二級及以下分支機構身份的，應視同獨立納稅人計算並就地繳納企業所得稅。
按上款規定視同獨立納稅人的分支機構，其獨立納稅人身份一個年度內不得變更。
第八、退補稅按上述攤銷規定進行分攤到各總分支機構就地預繳。
第九、彙總納稅企業不得核定徵收企業所得稅。
②對於子公司而言。單獨計算年度應納稅所得額，並且在當地執行每月或者每季度預繳，年終彙算清繳。不與總公司合併計算應納稅所得額。
說明：正是因為這個原因，如果是多家子公司，可能會出現以下情況，子公司A當年利潤（不考慮納稅調整）為1000萬，其繳納企業所得稅為250萬元，而另一家子公司B當年虧損500萬，當年交稅為0，那麼虧損部分在以後五個年度內進行彌補，一旦超過5年，那麼虧損的部分就沒辦法再行彌補。與分公司相比，由於分公司當年合併繳納，那麼如果出現這種情況，彙總後，應納稅所得額為1000-500=500，計算繳納企業所得稅為500*25%=125萬元。可以看出，從集團層面，所得稅就會少交。當然上述只是從單個年度來看，如果從長期來看，譬如五個年度來看，這個就需要結合分支機構後續的盈利能力來具體分析了，分析的不僅是當年的稅收問題，要考慮未來五年內集團層面的稅收問題。那樣問題就複雜的多了。但是原理是一樣的。
（2）增值稅
根據2017年11月19日《國務院關於修改〈中華人民共和國增值稅暫行條例〉的決定》第二次修訂）文件規定：固定業戶應當向其機構所在地的主管稅務機關申報納稅。總機構和分支機構不在同一縣（市）的，應當分別向各自所在地的主管稅務機關申報納稅；經國務院財政、稅務主管部門或者其授權的財政、稅務機關批准，可以由總機構彙總向總機構所在地的主管稅務機關申報納稅（特殊情況下）。
說明：第一，由上述文件規定可以看出，無論是子公司還是分公司，增值稅都是獨立在機構所在地繳納的，特殊情況下，要申報批准才可以彙總繳納。這個沒有很大的差別。
3.公司成立時候應該設立何種類型的公司，不僅要看公司的所屬行業，還要看具體的業務門檻等等，一般而言需要考慮以下幾個因素：
(1)行業准入門檻。有些行業是有準入門檻的，如果以子公司名義成立，那麼往往子公司並不具備那麼高的要求，因此此時設立成分公司的形式，往往是一個不錯的選擇。
(2)就是稅收角度，上述已經分析過總分公司在企業所得稅上以及增值稅上存在的差別，企業可以結合實際情況進行深入研究，選擇合適自己公司的結構模式。
(3)機構所在地要求。在設立分支機構時，往往要選擇合適的區域，有時當地政府會對企業在當地的每年納稅有要求，此時，可能選擇子公司的業務結構比較合適等等。
