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人工接種一般在接種箱、接種帳內或超淨工作臺上完成。接種箱是由木料和玻璃製成的密閉箱，上部裝有能啟閉的玻璃窗，木板側面開有兩個直徑15cm左右的圓孔，裝有套袖；在圓孔外側設有活動擋板，以便燻蒸時或接種結束後密封；必要時可在箱內頂部安裝紫外燈和日光燈。接種箱製作成本低，便於徹底消毒，移動方便，適合製備各級菌種，但容量較小，操作略有不便。接種帳採用鋼筋或竹竿等做成框架，圍上塑料膜，四周密封，內部可以消毒，由於投資小，容量大，可以移動，可以在栽培袋接種時使用。超淨工作臺可以獲得局部潔淨的工作區域，在小規模菌種製作時，可以用超淨工作臺代替接種箱工作。
工人在接種食用菌
人工接種前，接種箱及接種帳內需進行化學消毒，而化學消毒劑會對人體造成一定的傷害，因此越來越多人選擇在潔淨的接種室內進行機械接種。隨著種植規模擴大以及接種條件改善，機械接種將成為主要的接種方式。按照菌種形態不同，接種機械分為固體接種機和液體接種機；按照栽培方式不同，接種機械又分為袋栽接種機和瓶栽接種機。
食用菌
（一）固體菌種接種機
菌棒出菇方式決定了菌種接種方式，毛木耳等袋栽食用菌通常是菌棒頂端出耳，而香菇、黑木耳等食用菌通常是菌棒側面出菇（耳）。1.袋栽固體菌種接種機：針對菌棒頂端出菇設計的固體菌種接種機，必須使用特製的菌袋蓋。菌袋蓋包括蓋塞、定位環和套環，套環用於套住菌包塑料袋，起支撐作用，定位環起定位作用，蓋塞用來蓋住菌袋。
固體菌種接種機
針對菌袋頂端出菇設計的接種機在開始工作時，輸送裝置先將菌包筐送至設備中心位，頂升機構將筐頂升；小凸輪升降機構上行至上止點，套環被定位夾緊；小凸輪升降機構下行，菌袋回落（增大料面與套環之間的接種空間），提蓋機構將蓋塞提起，移位。取種機構將固體菌種挖取至接種料斗，接種機構將接種料斗送至設備中心位，接種料斗插入套環內，開啟無菌氣供給裝置將固體菌種接入菌包內。接種料斗回升，接種機構回至原位，大凸輪提蓋機構回位下壓將蓋塞蓋緊，套環定位夾緊機構鬆開定位環，頂升機構回位，將筐放置至輸送線上，驅動裝置將已接種的菌包筐送出，同時將新筐接送至設備中心位。
新鮮的香菇
接種機工作時，先將單個菌袋放在袋槽中固定，當菌袋運至整壓位置時，通過光電開關識別後定位；控制系統啟動整壓塊進行整壓，在整壓的同時對菌棒塗抹酒精消毒；之後將菌棒輸送到打孔位置，開始打孔；打完孔將菌袋輸送至接種工位，待接種；在菌種箱中設有菌料破碎裝置，將菌種棒進行無損傷破碎；再通過兩個物料推送氣缸，利用推種器將菌種壓入空穴中，壓實。接種完成後，將菌袋輸送至出袋口，完成接種。其中推種器中設有消毒機構，可以定量注入酒精，以達到對推種器消毒的目的，同時又不影響推種器的正常工作。在打孔之前，也經過了菌袋整壓和消毒，保證了接種過程的安全性。
新鮮的食用菌
2.瓶栽固體菌種接種機、瓶栽固體菌種接種機開始工作時，首先菌筐到位後，壓腳氣缸啟動下行通過菌瓶套板將菌瓶固定；當瓶頸被壓住之後打開菌蓋；同時接種瓶到達接種位，菌蓋提升到位後其信號傳給控制料斗中封門開閉的擺動氣缸，此時擺動氣缸打開封門，接入菌種；接種完畢將封門關閉並蓋上菌蓋，將電信號送至壓腳氣缸電磁閥，使壓腳抬起；輸送電機在光電開關的作用下旋轉，料筐前進。當菌種筐接種結束後，輸送至振動設備上振動幾秒鐘後自動送出。
不同品種的食用菌
（二）液體菌種接種機
按照栽培方式不同，液體菌種接種機可分為袋栽液體菌種接種機和瓶栽液體菌種接種機。1.袋栽液體菌種接種機、當接種機開始工作時，輸送裝置將菌包筐送至設備中心位；頂升機構將筐頂升，小凸輪升降機構上行至上止點，套環定位夾緊機構將套環定位，夾緊；小凸輪升降機構下行，菌包回落，以便增大料面與套環之間的接種空間；提蓋機構將蓋塞提起，移位；接種裝置將噴嘴插入套環內，開啟菌種分配器，將液體菌種接入菌包內；接種裝置回升，大凸輪提蓋機構回位下壓，將蓋塞蓋緊；套環定位夾緊機構鬆開定位環，頂升機構回位，將筐放置輸送線上；驅動裝置將已接種的菌包筐送出，同時將新筐接送至設備中心位。袋栽液體菌種接種機可實現在線清洗消毒，接種結束後，將清洗消毒裝置放置在輸送線上，啟動清洗、消毒程序，對菌種輸送管道實現自動清洗消毒。
液體菌種接種機
2.瓶栽液體菌種接種機、接種機開始工作時，先啟動工作程序，輸送輥道運行，瓶筐被送至接種位置時，光電感應開關得到信號，壓瓶機構將瓶壓住，同時壓蓋機構的頂腳壓在瓶蓋上，隨後啟蓋機構將瓶蓋拔起，接種開關得到信號，接種管路驅動機構移動，將接種管路裝置送到接種位置，發出電信號，使16個電磁閥同時通電，噴嘴噴出定量的液體菌種。然後接種管路驅動機構返回，發出信號，啟蓋機構復位；在復位過程中，等瓶蓋蓋到瓶口上，壓瓶機構復位鬆開瓶子，發出信號允許輸送輥道運轉，將瓶筐送出。
