存在問題：
一、合作社註冊註銷把關不嚴，成員數及帶動農戶數沒有實質性效果。合作社註冊流程相對簡單，註冊資金與實際情況有待核查，合作社固定資產表面化，大部分合作社帶動的農戶數據只是一個數據，沒有真正的起到帶動作用，多數合作社是獨家經營。多數合作社已有很長時間未經營，全年無產業發展情況存在，法定代表沒有去註銷。
二、合作社成員實際參與產業發展率低。合作社成員形同虛設，大部分合作社只是一家經營。大多數在成立之初虛報產業規模、註冊資金和固定資產，達到成立的效果，合作社產業發展的規模和合作社註冊情況完全不符合，造成總資產大，實際經營規模偏低，大多數合作社只有法定代表在經營很小的規模，或是隻註冊而沒有實際經營，合作社成員根本沒有參與經營管理。
三、合作社運作無章程，產業發展缺技術。有的合作社雖然有運作章程，但是形同虛設，沒有起到實質性的效果。合作社沒有技術人才，雖然都是種植多年的種植戶，有一定的實踐經驗，但缺乏理論知識和新科技知識。由於農民專業合作社參與者大多是農民，合作社的負責人一般由所在村組負責人或當地的種養殖大戶擔任，靠長久積累的經驗做事，難以適應現代農業規模化生產的要求。大部分合作社依據當地特色資源優勢發展經營，由於自身認知的侷限，對如何將產業做大做強以及對合作社和產品的定位模糊不清，對創優創牌方面的意識相當缺乏,從而導致產品缺乏核心競爭力。
四、規模還比較小，作用發揮不夠充分。因農民專業合作社成立時間較短，部分群眾對專業合作社的認識還比較模糊，往往把其與原來的村集經濟組織混為一談，因此對入會的興趣不高，參與的積極性不強，從而導致專業合作社發展緩慢、會員偏少。因規模較小，帶動性不強。這次調查的農民專業合社，註冊資金為100萬元以上，且從業人員為20人以上的不多，而大多數合作社註冊資金在10萬元以下，且從業人員為5人下，由於它們大多規模偏小，自身經濟實力不強，首先社員與專業合作社之間聯繫不夠緊密，沒有形成真正的利益共同體；其次專業合作社之間缺乏必要的再聯合，參與市場競爭和抵禦市場風險的能力較弱，不能充分發揮其帶動作用；最後是由於它們多數停留在種植、養殖等一些低層次服務上，合作層次不高。
五、是依賴現象十分突出。目前，農民專業合作社都希望政府資金扶助，依賴現象十分嚴重，還有的農民專業合作社自己不想辦法，在籌備階段就要求政府注入啟動資金，否則無法啟動。在資金扶持、信息、技術、管理服務等方面扶持和引導力度不夠，在補貼扶持上，對合作社運作補貼非常少。
六、缺乏合作社專業管理機構，市場監督管理局負責合作社成立，但是合作社運作情況如何，沒有那個單位過問，縣農業局負責技術指導，全縣合作社之多，效果可想而知，沒有對專業合作社進行管理，不利於發展壯大。
七、產業選擇方向不明朗，合作社成員素質低。合作社在產業發展選擇上矛盾突出，例如種植中藥材的品種有好幾種，因中藥材市場價格波動大，投入高，導致虧損嚴重，產業選擇上大多數合作社不能因地制宜。合作社成員大多數文化程度為初中及以下，對合作社發展有一定程度影響。
八、村級合作社帶動農戶數量多，有利益聯結機制，無分紅情況。
各村村級合作社帶動各村貧困戶入股發展產業，目前還沒有分紅等情況，合作社實際經營參與產業發展情況較少，貧困戶直接參與的產業發展很少。
對合作社的建議：
一、建立農民合作社培訓、監管制度，做好運行規範和定期監管工作。
二、分類分行業制定農民專業合作社的建立標準。
三、政府儘快出臺合作社場地使用的扶持政策，解決農機、養殖、種植等類合作社的燃眉之急。
四、政府應出臺人材引進政策，鼓勵“能人”、大學生領辦和創辦農民專業合作社。
五、政府出資建立風險基金、擔保基金，專門對合作社進行抵押和擔保。
六、政府要制定出臺加快推進農民專業合作社規範發展的意見，在合作社的組織形式、內部運行機制、內外部利益關係等方面進行規範指導。
七、做好合作社帶農戶直接參與產業發展，而不是“待動”農戶。
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