戚继光、俞大猷的战斗一直从浙江经福建转移到了广东，这几个地方平靖之后，大海也就基本安宁了。那么倭寇侵扰的地区何以不以明朝国赋所在的南直隶为主，或者别的地方呢？
自然地理条件的选择
在机械力替代人力和自然力之前，人类（尤其是东亚）对大海足够敬畏，即使在宋代远洋能力大大提升之后也是如此，妈祖在此时成为了海民的信仰。大海太过于难测，以至于现代的船舰在天气异常的情况下也要进港躲避风浪。
在宋以前，海上航行通常是一种赌博行为，日本的遣唐使折损率通常要达到70%-80%，各地区人民用生命逐渐才摸清了大海的脾气。
- 港口的选择
对于航海来说，海浪超过4米就会影响航行，中国沿海可以说是太平洋是非常不太平的一个海面，以1990年的平均值来看，超过4米的时间渤海26天，黄海95天，东海123天，台湾海峡90天，南海169天。即便在没有风的天气里，黄河在1855年之前是注入黄海的，黄海的波澜几乎是无时不在的。而且，由于泥沙堆积，黄海西岸很难找到一个良港，只有山东半岛附近才有为数不多的几个可以泊船的港口，因此黄海在很长时间里无法远航的。
东海由于海岸线非常复杂，拥有宁波、泉州、潮州、广州等著名港口，这些港口的存在必然要成为中国人远航的基地。
- 季风的动向
在汽船出现以前，航海的主要动力靠风，因此对季风的掌握直接关乎航海的成败。
在大多时间里，从中国乘风去日本较为便利，但要从日本前往中国则需要在夏天东南风稍强的短暂时间里勉强渡海。虽然如此，海上的天气又是多变的，一旦变天，船只只能任由波涛摆布。
- 造船技术的进步
中国造船史上最重要的事件莫过于水密隔舱技术的使用，为适应各海情况，分别发展出适宜黄海的沙船、适宜东海的福船、适宜南海的广船。中日交往更多的是福船。
沙船（平底）
福船（船头尖、船尾耸）
此外中国物资所出的地区以华中和华南为主，商品产地则集中在长江中下游一带，发展海外贸易必然要在中国的南方港口进行。
以上可见，中日之间的往来要充分利用自然条件，最优的航行地点就是宁波、泉州一带。
明朝的政策
元朝的欧亚贸易以白银的流通为支撑，明朝建立后这个贸易体制由于控制力的减弱自然就无法维持了。白银不受明朝的控制，自然就无法再作为主流的流通货币。此外，明朝建国东南沿海的张士诚、方国珍的海外势力，以及元末的外贸商人、海盗盘踞在沿海各岛，不服从明朝的统治。在这样的背景下，明朝一边清剿这些势力，一边开始禁海，开始设计出朝贡贸易的体系。
此图为明初倭寇横行之地，1555年入侵只是标在图上
这些海外势力中，包含有一部分日本人，因此在明初明朝和朝鲜的官方描述部分称之为“倭”，这些人的活动范围不仅在浙江、福建，要囊括几乎全部的中国沿海地区。在明朝的打击下，这些叛乱者跑到了黄海对面的高丽，在明朝政府的压力下，高丽政府开始取缔他们。他们同在高丽和中国的倭寇合作，开始在日本建立基地。
明朝则将朝贡贸易指定到固定的港口进行朝贡，洪武三年在宁波、泉州、广东设置市舶司。虽然也有过变动，但大致如此，日本朝贡船只通常由宁波入贡，在倭患爆发前就在宁波发生了争贡事件。
大时代下的重组
明朝中后期商品经济繁荣，江南市镇兴起，对外贸易的利益驱动使得沿海居民越来越多地选择铤而走险。（实际也不险）与此同时区域性的商帮开始兴起，最重要的是安徽的新安商人，之后五峰船主王直就是佼佼者。
新安商人由于股份制经营，优势很大，很快就控制了松江地区的棉布业，其后染指江南诸多产业。明朝的市场经济繁荣对白银需求量很大，而日本则新发现了大量的银矿，日本又对中国的铜钱、生丝等需求迫切，二者很快合流，形成了中国商人武装和日本领主、武士及浪人的利益集团，也就是明朝所称的“倭寇”。这些人的重心就在江浙一带。
明初的兰秀山曾经被明军攻破，将舟山一带的居民强制迁到大陆。这些无人岛屿被逃亡者、海商、日本人、葡萄牙人看上，他们渐渐在舟山建立起了海外贸易的基地。这个地方既离大陆近，又能避免明朝的控制。此外东南沿海的相似岛屿也成为了这群国际非法贸易集团的基地。
综上，地理上浙江、福建、广东一带有天然良港，而这些港口又恰好在日本的季风航线上。明朝的朝贡贸易将入贡的地点定在了宁波、泉州、广州，而海外贸易的发展又要求突破这些贸易限制。在大航海的时代下，货币白银化的浪潮中，东南注定是要走在国际贸易的前端。明朝的海禁政策注定要激起海商们的反抗，而剃发易服的王直自然要带领各支势力（明朝统称倭寇）在浙江、福建一带寻找突破口。
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