所謂巫蠱，是一種巫術，漢武帝之時，人們以為用巫師祠祭，或用桐木偶人埋在地下 ，詛咒他人，就會應驗。
武帝朝之時，巫蠱流行，大量的巫師聚集長安，以旁門左道的幻術迷幻眾人，陳皇后被廢即因為行巫蠱之術，致被殺者三百多人。
晚年的漢武帝多病，一度懷疑是有人在行巫蠱來詛咒自己，派江充徹查巫蠱，為此，導致了自己精心培養多年的接班人太子劉據起兵於長安，最後自殺而亡。
衛子夫生劉據，立為太子
早年的漢武帝第一任皇后因為一直沒有生下皇子而被廢。已而衛子夫被冊立為皇后，並生下了皇子劉據。
所謂母以子貴，在寵愛衛子夫的同時，劉據在十歲的時候被立為皇太子。漢武帝二十九的時候才有了太子繼承人，大喜過望之下，甚至立求子之神位，並讓東方朔和枚皋作祝辭。
及至劉徹稍微長大，漢武帝又命其學習《公羊春秋》和《穀梁傳》。
等到劉徹成年之後，漢武帝為他建了博望苑，取其廣博觀望之意，並允許太子按著自己的喜好廣納賓客，也因此，很多異端九流之人出入於博望苑中。
此時的衛子夫不再年輕，失去了漢武帝的寵幸，然而太子的地位卻未有動搖，在漢武帝的心中，太子劉據就是自己未來的接班人。
巫蠱禍起，江充構陷太子
武帝朝之時，一些民間的女巫來到後宮之中，教導後宮之妃躲避災禍、獲得寵幸的巫術。後宮之人爭風吃醋之下，大埋木頭人詛咒對方，並相互告發對方，說對方詛咒漢武帝。
晚年多病的漢武帝大怒之下，將行巫蠱之術的人和一批受牽連的大臣全部誅殺，並開始疑心自己的身體不好，是否與有人用巫蠱詛咒有關。江充迎合著漢武帝的懷疑心理，被派去徹查巫蠱之人，一時間民間相互告發指責，官吏間也互相彈劾，導致從京師長安、三輔地區到各郡、國，因巫蠱而死的先後有數萬人。
江充曾抓住了漢武帝疑慮的心理，說宮中有蠱氣，進入宮中到處挖地搜查木頭人，甚至打壞漢武帝的皇座，在下面刨木頭人。
江充曾經參劾過太子，與太子和衛氏之人有過節，擔心漢武帝駕崩之後，太子劉據登基後會殺掉自己，便刻意構陷太子劉據。在太子宮中大挖特挖，並對漢武帝說在太子宮中挖出了大量的桐木人。
扶蘇之鑑，太子起兵
當時的漢武帝在長安外的甘泉宮避暑，只有太子和衛子夫在皇宮之中，太子見江充如此構陷自己，召來少傅石德詢問對策。
石德怕因為自己是太子的老師而被殺，勸太子說這種事你辯解也是說不明白的，不若矯詔抓捕江充，瞞住皇后，治江充的奸詐之罪。
又何況，漢武帝的身體一天不如一天，而奸臣卻如此囂張，難道忘了當年秦始皇身死，趙高詐殺太子扶蘇之事了麼？
劉據本想著去甘泉宮找漢武帝請罪，奈何江充卻步步緊逼不放，事情緊急之下，聽從了石德的建議。
太子當即便派自己的門客假冒皇帝詔書，去抓捕江充一夥兒人，韓說懷疑詔書的真假，被當場格殺，御史章贛受傷後逃了出來，去往甘泉宮。
此時，劉據派手下之人持節夜入未央宮，將所有發生的事情都告訴了自己的母親衛子夫。又調發皇后車馬運載射手，打開武庫，分發庫存兵器，並調動長樂宮的衛兵，告長安百官說江充謀反。
江充被斬，又於林中燒死了其手下一個作巫蠱的胡人。劉徹將自己手下的賓客們分別任命為將帥，巡視長安城。
漢武帝此時還是相信自己的兒子，認為太子只是害怕了，因為痛恨江充，才做出這樣的事情，便派使者去長安召劉據前來甘泉宮。結果使者害怕，沒進長安城，就回報說太子造反，要殺掉自己。漢武帝因而大怒，令丞相劉屈氂封鎖長安城，捕殺叛逆者。
太子所部兵馬和丞相兵馬大戰於長安城內，血流成河，因為百姓都聽說是太子造反，眾力不附，以致太子兵敗，出逃長安城。
漢武帝反悔，作思子宮
長安一戰，太子兵敗出逃，而皇后衛子夫也選擇自殺，逃至湖縣的太子行蹤洩露，被人追捕到，眼看著無法逃跑，便回到屋裡自縊身亡，連同自己的兩個孩子，也一同遇害。
隨著時間的推移，當初坐巫蠱之禍的事情被發現多有不實，漢武帝也感慨，當初太子只是被江充逼得，並不是要真的造反。
車千秋為太子伸冤，漢武帝提拔其為丞相，並族滅江充全家，與江充一夥的蘇文被燒死在渭橋之上，當初追捕太子的人，先是為北地太守，此後被族滅。
漢武帝愈發覺得太子無辜，於是建造了一座“思子宮”，並於湖邊築歸來望思之臺，願太子之魂歸來，天下聞而無不悲之。
巫蠱之禍導致的長安一戰後，漢武帝悉心培養的接班人送了性命，漢武帝死後，幼子劉弗陵登基為帝，結果劉弗陵死後無嗣，最終，太子劉據的孫子劉詢登帝位，為漢宣帝，皇位，再次回到了太子劉據的後人手中……
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